Так, в процессе жестокой селекции, где мерилом существования того или иного способа ведения боя или методики подготовки стало лишь одно — жизненность и практическая эффективность, из сугубо защитных систем "лесных крестьян" и последователей учения Эн-но Гедзя выростали те традиции многочисленных РЮ нин-дзютсу, которые не перестают поражать нас своей законченностью и совершенством, подобно ограненному алмазу. Кстати сказать, "Алмазная молния" ("КОНГО" по яп.), чей символ пришел в нин-дзютсу из учения ТАНТРА, стал для ниндзя визуализированным образом высочайшей мудрости и чистоты помыслов, крепости духа и мощи сознательной воли.
Остановимся несколько подробнее на истории создания различных РЮ, их основателях и тех областях, в которых они действовали, основываясь на тех фактах, которые дошли до нас из глубины веков.
История наиболее известного в наше время стиля нин-дэютсу, ТОГАКУРЭ-РЮ ("Спрятанная дверь" по яп.) связывается с именем ДАЙСУКЭ НИШИНА, чье имя было присвоено данному направлению спустя три поколения после его смерти. Она была основана в конце 12 века. В юности Дайсукэ перенял методы сюгэндо в горах ТОГАКУРЭ. Поэтому некоторые считают школу нин-дзютсу Тогакурэ-рю прямым продолжателем традиции монахов-воинов Тогакурэ-сюгэндзя, которая была основана в 637 году якобы самим Эн-но Одзуно, Это учение передавалось в течение 500 лет от поколения к поколению, пока не было передано юному Дайсукэ вместе с магическими методами самообороны воинственными мистиками. Несколько лет НИШИНА занимался на плато ДЗЁСИНЕТСУ укреплением тела и духа под руководствам учителя-отшельника. Его воодушевление методами Земли, Человека и Неба (ТЭН-ЧИ-ДЗИН), которые были запечатлены в его сознании наставниками, выдержало тяжелое испытание в тe времена, когда отряды ХЭЙКЭ выступили против них, чтобы подавить местное сопротивление. Сборщик чая Дайсукэ был вовлечён в 1181 году в партию КИСО ЙОСИТАКА. Через три года войска месных правителей были разбиты и в конце 12 века правительственные войска овладели всей страной. Чтобы спасти свою жизнь, Дайсукэ бежал. Он оставил родной Север и отправился на Юг, в дальнюю провинцию Ига. Здесь он встретил ямабуси по имени КАИН ДОСИ, который раскрыл ему еще глубже методы и пути борьбы. Таким образом, Дайсукэ изучил, помимо методов ямабуси гор Тогакурэ, Внешнее (ОМОТЭ) и Внутреннее (УРА) проявления мировой перспективы. Он набрался опыта и обогатил свои знания, изучая преимущества Света и Тьмы. Как символ своего нового рождения на новом уровне знания, Дайсукэ Нишина взял себе новое имя Дайсукэ ТОГАКУРЭ. Таким образом он почтил свое происхождение и расцвет новой судьбы. Этим он заложил краеугольный камень традиции нин-дзютсу, которая позже получила название Тогакурэ-рю, эзотерическому мироощущению воинов-призраков средневековой Японии.
ГЁККО-РЮ нин-дзютсу развивалось как способы ближнего боя и сейчас является старейшим стилем, принадлежащим программе обучения "БУСИНКАН ДОДЗЁ" (см. ниже). Он передавался и совершенствовался многими поколениями в местности ИГА, прежде чем приверженцы этой школы решили присвоить своим методам имя китайского монаха-люгая ЧЗАО ГОКАЯ (ЦЗЁ ГЁККО по яп.). Последний передал японцам свою альтернативную концепцию невооружённой борьбы, отблагодарив тем самым за гостеприимство.
НАКАГАВА-РЮ была основана Накагава Кохайуато, область деятельности — округ АОМОРИ.
ХАГУРО-РЮ зародилась в округе ЯМАГАТА, было развито воинственными аскетами-сюгэндзя с гор ХАГУРО.
УЕСУГИ-РЮ создана Усами Суроганоками Сандаюки (округ НИАГАТА) для удельного князя Уесуги Кэнсина как чисто военно-шпионская организация.
КАДЗИ-РЮ основана Кадзи Оминоками Кагэхидэ, ученикам основателя Уесуги-рю. Имеет связи с патриархами Хаттори-рю (провинция ИГА).
МАЦУДА-РЮ — действовала в провинции ИБАЦАКИ.
МАЦУМОТО-РЮ — действовала в округе ТОХИГИ.
КОЮО, НИНКО-, ТАКЭДА-РЮ основаны Такэда Сингэн для агентурной работы. Использовали шпионов, переодетых в бродячих монахов или торговцев.
ФУМА-РЮ НИН-ПО — действовала в округе КАНАГАВА, основана Фума Котаро и специализировалась в организации диверсий и политических убийств.
АКИБА- и ИХИЦЭН-РЮ (округ АИХИ) основаны Хахисукэ Короку Масакатсу, знаменитым воином тех мест..
МИНО-РЮ (округ ГИФУ) развилась во времена господства Сайма Дасан и включало группу КУРОКАВА-ниндзя местности КОГА.
ЁХИОУЭН-РЮ действовала в округе ТОЙОМА. Основана ИГА-ниндзя, которому посчастливилось уйти от войск ОДА НОБУ-НАГА.