Помимо Эн-но Одзуно (или, как его еще называли, ЭН-НО ГЁДЗЯ — "Эн-но — Отщельник"), канонизированного в буддизме под именем ДЗИМБЭН как бодхиддсаттва (ДЭИМБЭН-ДАЙБОСА-ЦУ по яп.) и называемого в синтоизме потомком божества СУСАННОО ("НИХОН РЁИКИ" — древний религиозный трактат), большое влияние на формирование основных доктрин сюгэндо оказал основатель его разновидности, школы «СИДЗЭНТИСЮ» ("Учение о естественной мудрости (или разуме)") — китайский монах-люгай ШЕНЬЧЖУЙ, появившийся в Японии в 793 г. нашей эры. Вместе с учением «ВИДЖНЯНАВАДЫ» и поклонением бодхиддсаттве АКАШАГАРБХЕ Шеньчжуй принес в Японию форму т. н. "Естественной школы У-ШУ" (ЦЗЫЖАНЬ У-ГУН), которая в измененном виде стала практиковаться в среде ямабуси.
В связи с тем, что во время царствования императрицы КОКЭН вся реальная власть в стране сосредоточилась в руках монаха-министра ДОКЁ, гонения на неофициальную церковь — сторонников сюгэндо — значительно усилились. Особым указом Докё запретил строительства лесных пагод и молелен, по его приказу вооруженные отряды солдат охотились за ямабуси и арестовывали их. Всё это привело к изоляции ямабуси, чьи общины превратились в практически закрытые кланы. Еще одной очень важной особенностью этого периода является вызванная ужесточением условий жизни «военнизация» ямабуси. Существовавшие зачатки знаний о боевых искусствах, почерпнутые у люгай, были пересмотрены, усовершенствованы и превращены в обособленную систему, призванную служить защите лесных молелен от нападений вооруженных отрядов, посылаемых властями. В этой системе была впервые развита техника «ГОТОН-ПО» ("Методы маскировки по системе Пяти Стихий"), превратившаяся затем в нин-дзютсу в один из главнейших видов тактики ведения боя. Среди самих ямабуси выделилась особая каста монахов-воинов (СОХЭЙ по яп.), отвечавших за оборону санриндодзе.
Большую роль в совершенствовании воинского искусства "горных мудрецов" сыграл тот факт, что после поражения мятежа ФУДЗИВАРА, направленного против Докё в 764 г., сам HAKAMQPO ФУДЗИВАРА и его сторонники, среди которых было немало первоклассных воинов, которые скрывались от преследований в скитах последователей Эн-но Гёдзя, передавая им секреты "БУГЭЙ» ("Воинского искусства" по яп.), многие разновидности которого прочно вошли в багаж знаний ямабуси.
Система, первоначально предназначенная для защиты скитов и молелен, постепенно переросла в семейную традицию монахов-воинов, превратившись во всеобъемлющую методику подготовки, направленную на обучение адаптационным методам выживания и приспособления ко всему, владение практически любым видом оружия, использование маскировки и переодевания и т. д., базирующуяся на глубоком знании законов природы, древних мистических учениях континентального происхождения и местных суевериях. Практикуемая многими поколениями монахов-воителей, эта система стала основой для создания первых РЮ ("Школа, стиль" по яп.) нин-дзютсу, хотя сами они еще не осознавали себя как школы "Искусства быть невидимым". По сути дела, первые такие РЮ нин-дзютсу сложились уже к 1 тысячелетию н. э., постепенно переростая в клановые общины, практикующие какую-либо свою, отличающуюся от других систему подготовки и стиль ведения боя.
Средние века знаменуются как небывалым расцветом в истории нин-дзютсу, так и уходом от истинных духовных идеалов в сторону сугубо прагматичных, сверхэффективных средств и способов ведения боя, направленных на достижение поставленной цели любой ценой. Это объясняется историческими условиями средневековой феодальной Японии, раздираемой междуусобными распрями и мятежами.