Становление боевых кланов ниндзя (не имеющих древней традиции, связывающих их с учением монахов-воинов сохэй и мировоззрениями ямабуси) шло параллельно с возникновением и развитием самурайства и почти тем же путем. Помимо приверженцев сюгэндо, в лесах того времени скрывалось немало бродяг, беглых крестьян, не имевших пристанища простолюдинов и просто разбойников. Однако, если многие из них уходили на дальние, необжитые земли (например, на Север, где были созданы первые дружины самураев), то некоторые предпочитали оставаться вблизи от родных мест. Власти строго преследовали бродяг и боролись с разбойниками, что заставило эти разрозненные группы объединяться в организации, преследующие общие интересы, главной целью которых стала защита собственной жизни. Спустя некоторое время эти люди обрастали семьями, строили свои деревни в горах и лесах и внешне практически ни чем не отличались от обычных крестьян, но по своей сути это было "общество в обществе", не признававшее никаких установившихся общественных норм, законной власти и церкви, подчинявшееся только своим старейшинам и учившееся "истинной вере" у живущих неподалеку ямабуси. Бывало и так, что подобные организации возникали в обычных деревнях для зашиты своих родных и крова от нападений вооруженных отрядов — что было далеко не редкостью в те времена. Некоторые японские историки определяют этот социальный пласт как «Воинов-земледельцев» (ДЗИ-ДЗАМУРАИ по яп.).
Само существование подобных организаций, как и общин сюгэндзя, ставила первейшим условием соблюдение секретности во всем, что касалось целей, методов и состава участников. Разглашение подобных сведений властям могло повлечь за собой гибель многих людей, поэтому за такую «провинность» предатель всегда карался смертью. Причем, — даже если его предательство и было успешным, то даже один оставшийся в живых участник обязан был отомстить изменнику. Месть ниндзя вошла в народные сказания как нечто страшное и неотвратимое, поэтому и в те времена, и в последствии в кланах, практиковавших нин-дзютсу, практически не было предателей. Впоследствии ниндзя предпочитал вытерпеть все мучения или убить самого себя, но не выдать врагу секретных сведений. Эти качества он впитывал с молоком матери, и они стали одной из отличительных черт "Искусства терпеливых".
Система подготовки и методы, используемые для достижения той или иной цели, варьировалась от клана к клану, однако как в системах Сохэй, так и в "деревенских общинах было много общего. Это объясняется схожестью целого ряда задач и способностей, которые были заложены в эти системы самой жизнью. Это умение молниеносно маскироваться, используя любые подходящие для этой цели средства; мастерски вживаться в образ другого человека для того, чтобы скрыть свои истинные намерения (что впоследствии было развито до совершенства и с упехом использовалось в шпионско-диверсионных операциях); владение подручными средствами и голыми руками для того, чтобы противостоять вооруженным воинам при нападении, что потребовало от мистически настроенных монахов и мирных крестьян особой изобретательности и изощренности в совершенствовании известных им приемов; умение быстро, долго и далеко бежать, чтобы уйти от погони и развитие всех чувств, чтобы вовремя распознать опасность; владение основами лечения настоями из трав и прижиганиями, а также управление энергией КИ. Практически все основные кланы, т. е. семейно-целевые организации, независимо от размеров (от нескольких десятков до многих сотен членов) сложились на рубеже 11–12 веков, совершенствуясь от поколения к поколению. Их селения были разбросаны по всей стране, однако естественными центрами развития искусства ниндзя стали лесистые горные районы ИГА-МОНО и КОГА-МОНО, где развились два основных направления нин-дзютсу — ИГА-РЮ и КОГА-РЮ, насчитывавшие десятки ответвлений и сотни участников.
В этот период японской истории в стране шла жестокая борьба между двумя большими феодальными кланами МИНАМОТО и ТАЙРА (11–12 в.в.), результатом которой стало падение дана ТАЙРА и установление в 1185 г. Камакурского сёгу-ната, что повлекло за собой то, чта основной политической силой в Японии стали самураи. Приход к власти ЙОРИТОМО МИНАМОТО повлек за собой резкое обострение противоречий между кланами самураев и вся страна оказалась раздираемой мятежами, конфликтами и войнами князей друг против друга. В этот период кланы ниндзя часто пополнялись за счёт ронинов — самураев, потерявших своего сюзерена, которые в благодарность за оказанное гостеприимство делились секретами своего боевого мастерства, чем пополнили и без того уже обширные знания теневых воинов. Однако со временем доступ в горные общины был практически прекращен и кланы ниндзя превратились в полностью закрытые организации, построенные на строжайшей дисциплине, скрепленные узами семейного родства и окутанные покровом тайны.