ЙОСИЦУНЭ-РЮ (округ ФУКУИ) создана Йосицунэ Минамото. Эта РЮ являлась смесью шпионажа Исэ Сабуро и различных традиций ямабуси.
КОГА-РЮ — региональная традиция нин-дзютсу, обьеди-нявшая более пятидесяти семей.
ИГА-РЮ — также региональная традиция нин-дзютсу, состоявшая из нескольких больших и влиятельных семей, в том числе кланов ХАТТОРИ и МОМОТИ. Клан ХАТГОРИ-РЮ связан с именем наиболее удачливого дзенина средневековья ХАТТОРИ ХАНСО, или, как его ещё называли, ВАТАНАБЭ ХАНСО и ЯРИ-НО ХАНСО (Хансо — копьё). Степень и сила разведки этого ниндзя удивляла самого ТОКУГАВУ. Позднее Хансо был назначен на пост главы охраны центральных ворот ЭДО ("крепости, принадлежавшей Токугава). По сей день эти ворота все ещё называются ХАНСОМОН или "Ворота Хансо". Умер Хансо своей смертью в возрасте 55 лет в 1596 году. Клан МОМОТИ-РЮ носит имя ещё одного легендарного дзенина Иги, одной из самых загадочных личностей в истории нин-дзютсу, МОМОТИ САНДАЮ. По легенде, он был учителем известного разбойника-героя средневековой Японии ИСИКАВА ГОЭМОНА. Существует много версий идентификации его личности. Некоторые считают что он и дзенин МОМОТИ ТАНБА ЯСУМИТСУ — одно и тоже лицо. Другие утверждают что он был племянником Ясумитсу, однако ни то, ни другое ничем не подтверждено. Ещё одна версия устанавливает его как ФУДЗИБАЯСИ НАГАТО. Однако достоверно известно, что погиб МОМОТИ в бою, известном как ТЕНСЁ ИГА-НО РАН, a 1581 году, когда войсками ОДА НОБУНАГА были уничтожены практически все селения и опорные базы ниндзя. Однако последователи и представители клана МОМОТИ живут в районе НАБАРИ (Ига) по сей день. ФУДЗИБАЯСИ НАГАТО, ещё один дзенин ИГА-РЮ, по легендам, руководил кланом совместно с МОМОТИ ТАНБА ЯСУМИТСУ, однако о его судьбе практически ничего неизвестно.
НЕГОРО-РЮ основана Сугинобо Мюосан, которому приписывалось изобретение деревянной пушки. Специализировалась по методам, связанным с применением огня,
САНГА-РЮ готовила специалистов по этому же профилю.
НАНОТИ-РЮ основана Натори Сандзиро Мастакэ, автором "СО-НИН-КИ НИН-ДЗЮТСУ (справочник по искусству ниндэя).
Все эти РЮ, начиная с НЕГОРО и заканчивая КИСЮ, действовали в округе ВАКАЯМА.
БИЦЕН-РЮ происходит из округа ОКАЯМА.
ФУКУСИМА-РЮ (округ СИМАНЭ) развито Надзиридзиро Дэироуэмон Наримаса.
КУРОДА-РЮ (округ ФУКООКА) поддерживала семью Курода.
НАНБАН-РЮ действовала в окрестностях Нагасаки.
САЦУМА-РЮ (округ КОГАСИМА) поддерживала семью Симацу.
На фоне всех вышеописанных организаций мне бы хотелось особо выделить одну, поскольку аналогов ей во всей истории средневековья я не нашёл. Ни для кого не секрет, что женщины в кланах ниндзя сражались наравне с мужчинами, и были не менее искусными и изощрёнными воинами. По традиции ниндзя-женщин называют «КУНОИТИ» (смертоносные цветы). Школа, о которой пойдёт речь, целиком состояла из женщин. Вот история этой организации.