С 1943 года А. А. Кондаков — первый секретарь Костромского горкома ВКП(б). В год коренного перелома было особенно важно, чтобы опытный партийный работник координировал выполнение костромскими предприятиями важнейших военных заказов по выпуску самоходных артиллерийских установок, бронекатеров, корпусов мин, обеспечивал создание надлежащих условий для формировавшихся в Костроме артиллерийских и авиационных полков, военных учебных заведений, в том числе таких, как Военно-транспортная академия, Третье Ленинградское артиллерийское училище, Ленинградское военно-инженерное училище, Высшая офицерская школа технических войск. В 1944 году по решению ВКП(б) А. А. Кондаков был вновь переведен на партийную работу в Ярославль.
Воссоздание в соответствии с Указом Президиума Верховного Совета СССР от 13 августа 1944 года Костромской области потребовало привлечения опытных кадров. 16 августа 1944 года решением ЦК ВКП(б) А. А. Кондаков, как партийный работник, хорошо знающий социально- экономический потенциал региона, был утвержден в должности первого секретаря Костромского горкома и обкома ВКП(б). Несмотря на то что в годы Великой Отечественной войны область не стала полем битв, не испытала на себе ужасов фашистской оккупации, последствия войны были тяжелы: огромны людские потери; сократилась численность рабочих на предприятиях; не хватало специалистов и квалифицированных рабочих; оборудование нуждалось в обновлении и ремонте. Сельское хозяйство испытывало аналогичные проблемы. Актуален был вопрос о перестройке работы промышленных и сельскохозяйственных предприятий с режима военного времени на мирный лад.
В этих трудных условиях важнейших задачей в области сельского хозяйства первый секретарь обкома ВКП(б) обозначил повышение культуры агропроизводства, преодоление социальных причин низкой урожайности, полагал необходимым повышение роли агронома, который «должен стать первым советником и помощником секретаря райкома партии и предрайисполкома».
Обком партии много работал с народом, поддерживал трудовые инициативы специалистов различных отраслей народного хозяйства. Так, в ноябре 1944 и январе 1945 года было поддержано начинание рабочих и механиков Судиславской МТС по развертыванию социалистического соревнования за своевременное и качественное проведение ремонта тракторов и сельскохозяйственных машин, обращение лесорубов, возчиков, инженерно-технических работников Мантуровского района с призывом ко всем работникам лесной отрасли выполнить государственный план по рубке леса.
Организационные усилия А. А. Кондакова по развитию сельского хозяйства наглядно проявились во внимании к развитию молочно-товарного животноводства. На страницах областной газеты «Северная правда» — органа Костромского обкома, горкома ВКП(б) и областного Совета депутатов трудящихся, в ряде центральных изданий, таких, как газеты «Правда» и «Известия», регулярно публиковались материалы о достижениях животноводов, создавших новую продуктивную породу крупного рогатого скота, которая получила название костромской. Академик Е. Ф. Лискун, многократно посещавший племсовхоз «Караваево», колхоз «XII Октябрь», в статье «Новая порода крупного рогатого скота» (1945) писал: «За очень длительный период времени впервые довольно крупный массив прекрасного рогатого скота признан самостоятельной породой». Он отметил особенно большой вклад в это важнейшее государственное дело директора племсовхоза «Караваево» В. А. Шаумяна, старшего зоотехника С. И. Штеймана, директора Костромского государственного племенного рассадника Н. А. Горского, селекционера племсовхоза «Караваево» А. Д. Митропольской и заведующей молочнотоварной фермой колхоза «XII Октябрь» П. А. Малининой.
Характерной чертой партийно-политической работы А. А. Кондакова было пристальное внимание к традициям культурного развития Костромского края, героическому опыту костромичей в борьбе за независимость Родины. При его непосредственной поддержке в области были проведены юбилеи выдающихся русских писателей А. Н. Островского и А. Ф. Писемского.
Руководство области способствовало увековечению подвига гвардии рядового Юрия Смирнова. Решением Главного управления трудовых резервов при СНК СССР Макарьевскому ремесленному училищу, которое закончил Герой Советского Союза, было присвоено его имя. Там же было решено установить бюст Ю. Смирнова. Для учащихся, успешно окончивших школу трудовых резервов, были учреждены три ежегодных премии имени Ю. Смирнова в размере 1000 рублей каждая.
А. А. Кондаков зарекомендовал себя как ответственный партийный, советский работник. Избиратели Шарьинского избирательного округа выдвинули его в 1946 году кандидатом в депутаты Совета Союза Верховного Совета СССР. Проводя предвыборную кампанию, А. А. Кондаков регулярно встречался с трудящимися Костромской области, проявлял повседневный интерес к наболевшим вопросам их трудовой деятельности, вопросам материально-бытового обеспечения.