Подобное воззрение было тогда некоторой новостью, и критика твердила, что «учение об Отцах есть учение о Предании», почему выражалось, что «патрология вовсе не должна заниматься обозрением тех сочинений, где Отцы Церкви являются обыкновенными учеными, философами, знатоками естественных наук и пр.». Наоборот, архиеп. Филарету представлялось, что «это смахивает на недобросовестный папизм», если «критик решается показать Отца Церкви в таком виде, как ему угодно, а не в том, каким был Отец Церкви на самом деле». Ведь «Отцы Церкви держались Предания, где было нужно, точно так же, как благоговейно описывали деяния Церкви и частных лиц. Но они же размышляли о слове Божием, о предметах веры, о правилах жизни, они спорили и ораторствовали, философствовали и были филологами и при этом даже ошибались; потому говорить, что учение об Отцах Церкви то же, что учение о Предании, значит не понимать Отцов Церкви или, намеренно закрыв глаза для предмета, толковать о нем по своему произволу. Если хотите, можете извлекать из учения Отцов Церкви учение Предания, но это будет особая работа, но не учение об Отцах».
Преосвящ. Филарет справедливо оградил всесторонность освещения в патрологических исследованиях и основательно защитил для них строго историческое рассмотрение, при котором всё получает для себя фактическую мотивировку, непосредственный смысл и подлинную ценность по генезису, содержанию и влиянию. Но при этом историческая конкретность могла поглощать внимание настолько, что индивидуально-частное, хотя бы и характерное, способно было заслонить то, почему именно и собственно некоторые церковные писатели являются «Отцами», восприявшими и передающими унаследованное христианское разумение в его последовательном раскрытии. Иначе была бы обычная история литературы, только фиксированная в специальной области. К этому выводу и подходил близко, например, проф. К. И. Скворцов, провозглашавший, что «Патристика должна представить Отца, как писателя». К сему присоединилось колебание насчет объема патрологической науки. Преосвящ. Филарет простирал ее на всю православную область, внося в свой обзор некоторые славяно-русские церковные авторитеты (свв. Кирилл и Мефодий, Климент Величский, митр. Иларион, прп. Феодосии Печерский, митр. Иоанн, прп. Нестор, Кирилл Туровский), а проф. К. И. Скворцов привлекал и рассмотрение апокрифических евангелий.
Всеми этими неясностями и недоразумениями затрагивались сами устои патрологии, лишавшейся незыблемых опор для своего научного бытия. Отсюда получилось, что еще в конце 60-х годов XIX столетия С.-Петербургская Духовная Академия «находила возможным, без ущерба для полноты богословского образования, совершенно исключить из круга преподававшихся наук патрологию, пастырское богословие и гомилетику», как Московская Академия считала для первой «излишним преподавание», ибо «всё содержание ее входит частью в церковную историю, частью в исторический отдел догматического богословия и церковного красноречия». Однако эта дисциплина удержалась в академическом обучении сначала под именем «Патристики» (по уставу 1869 г. — на богословском отделении, по уставу 1884 г. — в числе общеобязательных предметов), которую (по уставу 1910 г.) сменила «патрология» с сохранением общеобязательности для всех студентов и даже при двух преподавателях. Положение этой отрасли возвышалось до такой степени, что некоторые (г. Н. Л.) относили к основным богословским наукам только две — о Свящ. Писании и об Отцах и учителях Церкви.
Тем не менее, и отсюда бесспорно, что данный вопрос не получил окончательного решения и нуждается в принципиальных комментариях. «По существу своему, полнота Божественной истины хранится в Церкви, созидаемой Отцом чрез Сына в Духе Святом. Эта истина сообщается человечеству в Откровении, которое закрепляется в слове Писания и разъясняется из неиссякаемого источника подлинного церковного Предания. Второе неразрывно от первого фактически и должно занять место наряду с ним при научном познании. Так при библиологии обязательна патрология с подробным изучением соответственных памятников… Его задача заключается вовсе не в одном чисто литературном обозрении сохранившихся документов, а, главнее всего, в том, чтобы отчетливо проследить непрерывное развитие, взаимную преемственность и внутреннее согласие в ходе исторического раскрытия церковного Предания. С этой точки зрения индивидуальная оригинальность того или иного патристического автора лишается обычной ценности, иногда получая характер даже случайного уклонения от нормы, и наоборот, вся сила сосредоточивается на принципиальном тождестве морально-догматического учения с библейско-христианскими первоосновами. По своему замыслу патрологическое изыскание должно быть устремлено на догматическую стихию в ее солидарном, хотя бы и многообразном, освещении, в конечном же итоге оно обязано сводиться к догматическому объединению и завершаться последним. Ясно, что патрологическое изучение может иметь полную важность лишь при неотлучной связи с патристикой».