Русская консульская церковь в Хакодате находилась в ведении епископа Камчатского, Курильского и Алеутского, начальника эскадры Тихого океана и Российского императорского консульства. Даже жалованье консульский священник получал от двух ведомств. Но все эти деньги отец Николай отдавал приходу: «Долги начинают просто душить меня! Пью чай без сахару, курю японский табак, а все еще должен и по сие время ровно 1400 бу». Жилище отца Николая тоже было незавидным. Одну из комнат своего дома он приспособил под класс, вторая служила рабочим кабинетом, а заодно и служебным помещением, а третья, похожая на конурку, — спальней. Дверь заменяла широкая доска, которую прикрывал бумажный щит. От холода это не спасало. Если только не топился камин, в доме было холодно, как на дворе. Всю зиму священник, страдавший от ревматизма, был вынужден спать не раздеваясь, под двумя шерстяными одеялами. «И так-то придется жить еще года два, если не больше, — писал он. — В Питере вовсе не чувствуют неудобств нашей жизни. Конечно, им, нашим отцам, лучше про то знать, нужна ли нам представительность, или нужно нас на позор свету закупоривать, как сельдей в бочке, и в бочке-то чужой, — и изнурять простудами».
Бытовые неудобства, тем не менее не могли помещать отцу Николаю выполнять свою миссию. Он не только обслуживал консульских православных, но и начал понемногу проповедовать православную веру среди японцев, стараясь найти единомышленников, открыл при приходе русскую школу для японских детей. Он считал, что через русский язык и русскую культуру он сможет ближе познакомить японцев с Россией и привлечь в церковь японских прихожан. У него появились конкуренты: два католических миссионера, которые, по слухам, собирались построить большую церковь — такую, чтоб могла вместить всех жителей Хакодате. «Ревностно подвизаются, — писал православный священник, — пока в подбирании учеников: французский язык, пожалуй, привлечет в их школу побольше людей, чем русский в мою. Посмотрим, как они станут обращать этих учеников! Увидим, много ли привлекут вообще из жителей Хакодате. Уж мой Симмей и сам японец, а при всех стараниях не может найти людей в Хакодате. Мы с ним покраснеем до ушей, если патеры будут успешнее нас».
В первые годы жизни в Японии положение отца Николая было весьма сложным. Поначалу его принимали за европейского шпиона и спускали на него собак, а встречные самураи грозили иеромонаху клинками. Особенно это проявилось и во время Цусимского инцидента. Сам священник в дневнике описал, как много лет позднее историк Иидзима Хандзюро приехал к нему в Токио «отобрать у меня сведения касательно Цусимского дела в 1861 году. Начал странным приветствием:
— Вы тогда уладили это дело, так имеете подробные сведения о нем, и так далее.
И не первый раз я слышал эту нелепость. Источник ее не местный: значит, меня представляют не учителем веры, а политическим агентом, посланцем «главы Церкви» Императора, имеющим власть вершить такие дела, как нападение русского военного судна на Цусиму, но зато лишенным всякого права на уважение добрых людей, — политическим развратителем Японии, готовящим ее к завоеванию русскими».