Священник консульской церкви иеромонах Филарет не задержался в Хакодате надолго: служба в Хакодате ему не понравилась. Он упросил Гошкевича отпустить его, и вскоре был назначен на корвет «Гридень». Осенью 1861 г. отец Филарет прибыл во Владивосток, где занялся строительством первой церкви, жертвуя все имеющееся у него средства на богоугодные дела. Его отъезд из Хакодате заставил И. В. Махова, члена церковного причта, взять на себя обязанности духовного наставника русских. Отсюда в дальнейшем возникла некоторая путаница: русские и японские историки возвели его в сан священника, видимо, перепутав с Василием Маховым, священником погибшего фрегата «Диана».
Следующим русским священником в Хакодате стал иеромонах Николай (в миру Иван Дмитриевич Касаткин), впоследствии начальник Русской духовной миссии в Японии. Именно ему Иван Махов передал хранившийся у него золотой наперсный крест, некогда приобретенный Азиатским департаментом МИД. А началось все примерно за год до этого, когда он случайно задержал взгляд на строках: «Не пожелает ли кто отправиться в Японию на должность настоятеля посольской церкви в Хакодате и приступить к проповеди православия в указанной стране?» «В этот же день за всенощной я уже принадлежал Японии», — записал в дневнике будущий равноапостольный Николай Японский.
Он родился 1 августа 1836 г. в семье дьякона села Береза Вельского района Смоленской губернии, и при рождении его назвали Иоанном. Вначале мальчик учился в Вельском духовном училище, а затем в Смоленской семинарии, которую окончил в 1856 г. и был отправлен за казенный счет в Санкт-Петербургскую духовную академию. В июне 1860 г. Иван Дмитриевич Касаткин принял монашеский постриг с наречением именем Николай в честь святителя и чудотворца, покровителя путешествующих на море, и был рукоположен в иеромонахи. 1 августа он отправился через Сибирь в Японию, чтобы занять должность настоятеля консульской церкви в Хакодате, но на последний пароход летней навигации опоздал и остался зимовать в Николаевске-на-Амуре. В Хакодате иеромонах Николай прибыл на судне «Амур» только 2 июля 1861 г. Консул Гошкевич предупредил его, что в Японии не только остается в силе закон о запрещении христианства, но и вообще не любят иностранцев. Он предложил молодому священнику не торопиться с проповедями, а начать с изучения японского языка, истории и культуры страны.
Настоятеля консульской церкви интересовало все, связанное с Японией: события, погода, экономика, история, демография. Он наблюдал жизнь японцев, стремился общаться с ними, ходил по городу, посещал храмы, наблюдал за службами, беседовал с бонзами. Особенно увлекся отец Николай изучением религий, распространенных у японцев, — буддизма, синтоизма и конфуцианства. Он обратил внимание на то, что простые японцы были более образованы, чем россияне. Его, в частности, поразили «ходячие библиотеки»: за небольшую плату японцы разносили книги жителям Хакодате и окрестных сел.
Японскому языку священник учился у местных жителей, Судзуки Рикуци (Рикухей) и горбуна Кимуры Риокичи родом из Оодате. Обучение поначалу давалось с трудом, и в своих записках отец Николай признавался, что часто призывал на помощь все свое терпение, но через восемь лет неустанных занятий ему удалось добиться замечательной эрудиции даже по японским меркам. Он выучил и английский язык, который в Японии считался общепринятым для общения с иностранцами. По мере освоения иероглифики отец Николай стал читать книги по литературе и искусству, буддийские и конфуцианские религиозно-нравственные сочинения, имевшиеся в консульской библиотеке. Обсуждая конфуцианские идеи с японскими священниками, он давал им собственное толкование, которое весьма заинтересовало японцев.
Гошкевич писал: «Иеромонах Николай — один из деятельнейших членов нашего консульства. В короткое время он изучил японский язык до такой степени, что свободно объясняется, не нуждаясь, подобно другим, в пособии переводчика. Это обстоятельство в связи с его уживчивым характером чрезвычайно сблизило его с японцами и доставило ему многих друзей».
Священник заинтересованно искал в Хакодате следы Головнина. Один из его учителей японскому языку мальчиком видел пленных русских моряков и рассказал об этом священнику. Много позднее, в 1897 г., отец Николай встретится с лейтенантом Головниным, внуком В. М. Головнина, пришедшим в Иокогаму на броненосце «Рюрик», и расскажет ему о некоторых неизвестных подробностях посещения Японии той давней миссией.