Больше всех на русском кладбище в Хакодате оставил своих моряков корвет «Посадник». В 1861 г. здесь нашли последний приют Никита Кузмин (15 октября) и Василий Мясников (16 октября), в 1862 г. — Федор Степанов (17 февраля), Евтропий Гвоздев (9 марта), утонувшие гардемарин Андрей Попов и матрос Степан Гомзиков (18 марта), Иван Кузнецов (27 августа). Впору было назвать русский погост в Хакодате «Посадским», по аналогии с тем, как это сделали в Нагасаки. Там первым названием русского кладбища было «Аскольдова могила» — по имени корвета «Аскольд».
1863 г. принес новые жертвы: 20 июля утонул Людвиг Шачковский, 6 августа умер конопатчик корвета «Рында», чье имя остается неизвестным, 16 августа — матрос «Новика» Казимир Непогода, 27 августа — матрос шхуны «Первая» Филипп Пагудин. 8 ноября 1864 г. застрелился мичман Амурского флотского экипажа Петр Строгов, служивший на канонерской лодке «Морж».
В 1865 г. в хакодатском госпитале находились на лечении около 50 больных. В основном моряки страдали от хронических болезней и сифилиса. Венерические заболевания не щадили никого, ни матросов, ни офицеров. На лечение в 1865 г. был вынужден остаться гардемарин Ф. В. Дубасов, будущий адмирал. В то время он служил на канонерской лодке «Морж» и где-то, то ли в Нагасаки, то ли в Хакодате, подхватил сифилис.
Окончательно Хакодате потерял свою притягательность как место стоянки военно-морского флота в середине 60-х гг. XIX века. По представлению корабельного врача корвета «Аскольд» Садокова в 1866 г. госпиталь в Хакодате закрылся, и всех русских пациентов перевели в Нагасаки. Соответственно сократилось и число случаев смерти русских в Хакодате.
В апреле 1868 г. произошло важное событие, к которому так стремился отец Николай: состоялось первое обращение в православную веру: крещение бывшего синтоистского жреца Такумы Савабэ, в дальнейшем посвященного в сан священника. О нем отец Николай писал: «Он был дворянин и весьма славился в искусстве фехтования. Вследствие этого наш консул приглашал по временам его к себе для обучения в этом искусстве русских. Здесь-то я впервые увидел о. Павла и затем продолжал встречаться с ним довольно часто. Но при каждой такой встрече меня постоянно поражало какое-то сердитое, почти озлобленное выражение его лица. Раз как-то зашел в мою комнату и с таким же точно выражением, исполненным негодования, начал злословить христианскую веру. Я тогда спросил его, знает ли он ту веру, которую так поносит. Ответ был отрицательный. Тогда я заметил, что было бы более справедливо предварительно познакомиться с учением этой веры и тогда уже произносить такой или иной приговор, и тут же предложил выслушать изложение этого учения. Мое предложение было принято охотно. И что же? Какова была моя радость, когда я стал замечать, что мой слушатель с напряженным вниманием стал прислушиваться к изложению нового неведомого ему учения, и его дотоле горделивая мысль стала смиренно склоняться пред его поражающей истиной! Видно, сам Бог направил его мысли на истинный путь. Это был первый и самый главный шаг по пути обращения о. Павла в христианскую веру; остальное получилось само собою».
Вторым христианином в Хакодате стал Сакаи Иоанн, местный врач и близкий друг Савабэ, который сначала сам старался склонить его к православию. Но, по словам русского священника, Сакаи был силен в диалектике, и переубедить его было трудно. Тогда Савабэ стал чаще приглашать друга к отцу Николаю, и они вдвоем убеждали его перейти в православие. Наконец и Сакаи был крещен и тоже стал священником. Третьим христианином был Уран Яков, также бывший врач, следом за ним в Хакодате крестился Иоанн Оно и некоторые другие.
В 1868 г. Япония повернулась на путь реформ и сближения с европейскими странами. В ходе начавшейся гражданской войны в Хакодате прибыли восставшие князья Кувана, Итакура, Огасавара и Такенака под командованием Инамото. Командиры устроили пирушку у отца Павла Савабе, который тогда еще был синтоистским жрецом. Позвали и отца Николая, который вспоминал: «Князь Кувана так печально играл тогда на свирели. А Такенака собирался со мной в Россию — бежать от грозы, совсем уже налегшей на них, и только недостаток средств остановил его».