На борту русского корабля побывал с официальным визитом принц Арисутава Такехито. На пристань Охато его сопровождали генерал-лейтенант Каваками, известный своими прогрессивными стремлениями контрадмирал Ито, секретарь его величества Санномия, церемониймейстеры барон Маденкози, говоривший по-русски и православный, и Яманоучи.
21 апреля русской эскадре предстояло уйти из Нагасаки в Кагосиму, а затем в Кобе. Перед отходом наследник со свитой завтракал в доме консула Григория Александровича де Воллана. Он прожил в Японии шесть лет и был большим знатоком Востока. В этнографической коллекции, которую консул все эти годы собирал, были в большом количестве представлены образцы дерева, резные черенки кинжалов, различные виды бумаги и обоев, используемые японцами для раздвижных стен жилища, а также традиционная обувь, музыкальные инструменты и модели земледельческих орудий, шелковая и цветная бумага для изготовления вееров и пр. В 1910 г. дипломат передаст около 340 предметов своей коллекции этнографическому отделу Кунсткамеры.
Предполагалось, что цесаревич проведет в Японии месяц, но поездка в Оцу сократила сроки визита. Обставленный с помпой визит цесаревича в Японию продолжался, приближаясь к своему горькому концу. По пути в Киото цесаревич Николай со своими спутниками заехали в Кагосиму (Конгусима), оплот противодействия Западу. Не в этом ли кроется причина нападения? В Кагосиме гостей особенно поразил японский сад.
После Кагосимы русские прибыли в Кобе. Здесь жили около 600 европейцев и американцев. Европейцы построили «гладкие точно паркет, широкие улицы-аллеи», которые тянулись от моря до близлежащих холмов. Всюду было много зелени. Комфортабельные виллы иностранцев окутывал густой плющ. Английская колония устроила площадку для крикета, яхт-клуб и пляж для купанья. Русское консульство в Кобе начало свою работу в 1891 г., перед самым визитом в Японию наследника российского престола цесаревича. Первым консулом стал Георгий Августович фон Вендрих.
Увлекательное путешествие по Японии продолжалось. Киото, древняя столица Японии, поразила своей экзотикой: «Крыши японских пагод низки и неуклюжи, менее изящны, чем индокитайские и китайские, оригинальны скорее по обстановке, чем по замыслу. У входа к каждому значительному святилищу по бокам грандиозного и безыскусного портика изображены стражи кумирни с ужасными темными лицами и угрозой в движениях. Идешь по коридорам — преддверьям любого старинного храма, который весь построен из дерева (без малейшей металлической скрепы), — и половицы не то стонут под нашими тяжелыми шагами, не то пищат как цыплята. Внутри обширные храмины с массивными столбами из одного куска, алтарь с золоченными фигурами, приношения из лотосов, курильницы, бронзовые журавли… Так и смотрят в душу посетителей капища застывшие в иератической позе великолепные Будды. Над этими кумирами особенным обрядом совершается «открытие очей», перенесение в них, так сказать, силы и жизни, иными словами, освящение важнейших предметов культа», — писал Ухтомский.
В своем путешествии цесаревич Николай и его спутники совершенно не замечали другой Японии, которая всячески сопротивлялась иностранному влиянию. Именно Киото, где под буддистским влиянием нормой поведения стали суровое воздержание и аскетические взгляды, был одним из очагом противодействия чужеземцам. Все началось после прогулки на маленьком пароходике по озеру Бива, когда гости отправились к губернатору завтракать. Николай Александрович был очень доволен оказанной ему встречей и благодарил губернатора. При возвращении в Киото впереди шел местный полицмейстер, затем церемониймейстер, а уже за ними на джинерикше ехал цесаревич. Тележку тащил один возница, а двое сзади подталкивали. Внезапно из толпы, собравшейся вдоль дороги, выскочил японец и, обнажив саблю, нанес удар по голове цесаревича, но промахнулся. Тот же, обернувшись и увидев, что японец замахивается второй раз, выскочил из коляски. В то же мгновение принц Георгий, сопровождавший наследника, соскочил со своей коляски и ударил нападавшего сзади бамбуковой тросточкой. Подскочивший возница принца Георгия, увидев, что злодей выронил саблю при падении, поднял ее и ударил по шее и спине.
Первыми словами цесаревича Николая были: «Это ничего, только бы японцы не подумали, что это происшествие может чем-либо изменить мои чувства к ним и признательность мою за их радушие». Наследник престола, похоже, нисколько не пострадал и отказался от какой-либо помощи.
30 апреля (12 мая) в 11 часов вечера его навестил император Японии, которого встретил посланник Д. Е. Шевич. Император был крайне взволнован, его голос дрожал. Он заявил, что не оставит Николая, пока тот не выздоровеет. На следующий день они встретились в гостинице и говорили 20 минут. Микадо сам отвез Николая на «Память Азова». 4 (16) мая пришла телеграмма из России: царь приказал Николаю следовать во Владивосток. Отход назначили на 7 (19) мая. Император прибыл на корабль проводить гостей. Все были в японских орденах, включая Николая. Распрощались очень дружно.