В 1489 году скончался митрополит Геронтий, человек несомненно православный но своим убеждениям, но дававший потачку еретикам: быть может, ненавидя Геннадия, он неохотно принимался за дело, поднятое последним, и не доверял справедливости всего, что выставлял новгородский владыка. Еретики до того взяли верх при дворе Ивана Васильевича, что своим ходатайством могли доставить митрополичью кафедру такому лицу, какое им было нужно. Протопоп Алексий, взятый Иваном Васильевичем из Новгорода в Москву, скончался. Незадолго до своей смерти он указывал на архимандрита Симоновского монастыря Зосиму, как на самого достойного быть преемником Геронтия. Великий князь очень любил Алексия и поддался его внушениям. В сентябре 1490 года состоялся выбор: духовные власти избрали митрополитом Зосиму, зная, что этого хочет «державный», как они величали великого князя. Геннадия не пригласили на собор: он хотел ехать, но великий князь приказал ему оставаться на месте: от него потребовали только письменного согласия, так называемой «повольной» грамоты. Геннадий не противился выбору Зосимы, потому что еще не имел ничего сказать против него, но сильно оскорбился тем, что его не пустили лично присутствовать на выборе.
Как только Зосима уселся на митрополичьем столе, тотчас потребовал от Геннадия исповедания веры. Это значило, что Геннадия подозревают в неправоверии. Геннадий ясно видел, что к нему придираются, что враги составляют против него козни: враги эти – еретики, и главным из них считал он Захара, – и новгородский владыка усилил против них свою ревность. Геннадий не послал Зосиме исповедания, объяснивши, что он уже дал его, по обычаю, при своем поставлении в архиерейский сан, а со своей стороны настоятельно требовал приняться немедленно за строжайший обыск над еретиками и казнить их без милосердия. Геннадий напоминал митрополиту, что он обязан настаивать перед великим князем на преследовании еретиков: «Если великий князь того не обыщет и не казнит этих людей, то как нам тогда свести срам с своей земли! Вон фряги какую крепость держат по своей вере; сказывал мне цезарский посол про шпанского короля, как он свою землю-то очистил!» Геннадий указывал на государева дьяка и любимца Феодора Курицына, как на корень всего зла: «От него вся беда стала; он отъявленный еретик и заступник еретиков перед государем». Геннадий этим не ограничивался: он смело обличал распоряжения самого великого князя, касающиеся церкви. По поводу перестроек в Москве были разобраны ветхие церкви и перенесены на другие места; кости мертвых свезены были на Дорогомилово, а на месте церковной ограды, служившей для погребения, разведен был сад. Этот поступок Геннадий называл «бедою земскою» и «нечестью государскою» и сообщал свои рассуждения, очень любопытные как образчик умствований того времени. «Кости мертвых, – писал Геннадий, – вынесены, а тела остались на прежнем месте, рассыпавшись в прах: и на них сад посажен: а Моисей во Второзаконии не велел садить садов и деревьев подле требника Господа Бога. Гробокопателям какова казнь писана: а ведь это оттого, что будет воскресенье мертвых; не велено мертвых с места двигать, опричь тех великих святых, коих Бог чудесами прославил. Где столько лет стояли Божьи церкви, где стоял престол и жертвенник, – эти места не огорожены: собаки ходят по ним и всякий скот!..» Зосима требовал от Геннадия согласия па поставление коломенского владыки, но не сообщал ему имени того, кто будет этим владыкою. Геннадий догадывался, что могут на это место посадить такое лицо, которое станет мирволить еретикам, и наотрез отказал. «Не управивши дела еретического, писал он, нельзя ставить владыку; не из иной земли добывать нам человека на владычество, а тутошним нашим нужно обыск учинить и тем, что с еретиками служили или с ними были в общении, назначить разные эпитимии, кому отлучение, а кому до конца извержение».