Геннадиево послание оказало немедленное действие. Зосима не хотел собирать собора, но не мог противиться общему требованию архиереев и большинства духовенства, которое единогласно домогалось суда над еретиками. Собор открылся 17-го октября. Геннадия опять не пригласили, и архиереи решились приступить к делу без Геннадия, хотя он просил их добиваться, чтоб его непременно пригласили на собор. Кроме архиереев здесь было несколько монастырских настоятелей, священников и старцев, и между ними знаменитый в свое время Нил Сорский. До нас, к сожалению, не дошли подробные известия о ходе дел на этом соборе; мы знаем только его приговор. Основываясь на показаниях, присланных Геннадием, и на некоторых свидетельствах, собранных в Москве, собор обвинил новгородского протопопа Гавриила, священников: Дениса, Максима (ивановского), Василия (покровского), дьякона Макара, зятя Денисова Васюка, чернеца Захара и дьяков Гридю и Самсона в том, что они не поклонялись иконам, ругались над ними, называя их, зауряд с идолами, делами рук человеческих, признавали тело и кровь Христову простым хлебом и вином с водою. Уличили ли их при этом в прямом «жидовстве» – мы не знаем. Еретики упорно отпирались от обвинений, а в том, в чем нельзя было отпереться, каялись и просили прощения. Собор лишил их духовного сана, предал проклятию и осудил на заточение. Некоторых из них – неизвестно кого именно, но, вероятно, тех, которые были из Новгорода, – отправили к Геннадию в Новгород. Архиепископ приказал встретить их за 40 верст от города, надеть на них вывороченную одежду, посадить на вьючных лошадей лицом к хвосту, в берестовых шлемах с мочальными кистями, в соломенных венцах с надписью: се есть сатанино воинство. В таком виде ввезли их в город. Со связанными руками, они сидели, обращенные лицом на запад, по выражению Иосифа Волоцкого, смотря в ту сторону, где их ожидал вечный огонь. Владыка велел народу плевать на них, ругаться над ними и кричать: вот враги Божии, хулители христианские! После такого обряда на головах их зажжены были берестовые шлемы. По известию Иосифа, Денис скоро умер, за месяц перед смертью лишившись рассудка. Подобная участь постигла и Захара.
Но для искоренения еретического духа этим еще сделано было немного. Соборное осуждение постигло указанных нами лиц собственно не за жидовскую или какую-нибудь определенную ересь, а за противные церкви поступки и выражения, которые могли одинаково быть последствием разных заблуждений и даже просто беспутной жизни и пьянства. Важные еретики оставались без преследования и жили в Москве, пользуясь покровительством властей. Таковы были Федор Курицын, брат его Волк, Сверчок, Семен Кленов, Максимов и другие. Иван Максимов нашел возможность совратить в ересь невестку великого князя вдову Елену. Распространению всякого рода безверия, а тем самым и всяких еретических толкований, способствовало то обстоятельство, что в это время окончилась седьмая тысяча лет, считаемая от сотворения мира. Уже долгое время было в ходу верование, не только на Руси, но и на православном Востоке, что миру должно существовать только 7000 лет. Верование это чрезвычайно древнее и исходит еще от первых веков христианства: один из ранних отцов церкви, Ириней, конца II века писал, что во сколько дней создан мир, через столько тысяч лет последует его конец: с тех еще пор это мнение повторялось многими и в различных видах. Сообразно с этим мнением, пасхалия, которою руководствовались для преходящих праздников, составлена была на 7000 лет, и русские сроднились с мыслью, что конец пасхалии согласуется с концом мира. Но пасхалия была на исходе, конец мира не приходил, и надобно было составлять дальнейшую пасхалию. Митрополит Зосима изложил пасхалию только на следующие двадцать лет, но в то же время поручил Геннадию, приехавшему для того в Москву, составить свою пасхалию, чтобы согласие между тою и другою послужило мерилом истины. Геннадий написал пасхалию на семьдесят лет. Она оказалась дословно сходною в тех годах, на которые составил пасхалию Зосима, и Геннадиева пасхалия была разослана по всей Руси с предисловием, где объяснялся процесс составления пасхалии и проводилась мысль, что нельзя человеку знать времени кончины мира. «Мы написали это для простых людей, говорит Геннадий, думающих о скончании мира; пугаться его не должно, а следует ждать пришествия Христова во всякое время, потому что оно никому не ведомо, как установлено. Как седьмая тысяча изошла и пасхалия рядовая окончилась, а тут еще кто-то написал: вот будет страх, скорбь как при распятии Христовом; вот последний год, кончина явится, ожидаем всемирного пришествия Христова; и сделалась тревога не только между простыми, но и не простыми, и многих взяло сомнение. Вот мы и написали это в обхождение временам, поставили круги солнечные и лунные и „рукам числа“: по чем можно знать и лунное течение, и пасху, и мясопусты и все праздники».