Зосима недолго мог скрываться. Ревнители благочестия скоро разгадали его, соблазнились его поведением, его двусмысленными выходками, о которых слух расходился в народе, и стали обличать его. Митрополит, прежде проповедовавший милость ко всем, теперь сам стал жаловаться великому князю на своих врагов, и великий князь подверг некоторых заточению; но в 1493 году смело и решительно поднялся против Зосимы Иосиф Волоцкий, написавший в самых резких выражениях послание к суздальскому епископу Нифонту, призывая его со всеми товарищами, русскими иерархами, стать за православную веру против отступника митрополита. «В великой церкви Пречистой Богородицы, на престоле Св. Петра и Алексия, – писал он, – сидит скверный, злобесный волк в пастырской одежде, Иуда Предатель, бесам причастник, злодей, какого не было между древними еретиками и отступниками». Затем, изобразивши развратное поведение митрополита и упомянувши о соблазнительных речах, которые он произносил в кругу приближенных, Иосиф убеждал всех русских иерархов свергнуть отступника и спасти церковь. «Если не искоренится этот второй Иуда, – писал он, – то мало-помалу отступничество утвердится и овладеет всеми людьми. Как ученик учителя, как раб государя, молю тебя: поучай все православное христианство, чтоб не приходили к этому скверному отступнику за благословением, не ели и не пили с ним». Это послание, вероятно, написанное заодно с Геннадием, произвело свое действие. В 1494 году митрополит, увидевши, что вся церковь против него вооружается, добровольно отказался от митрополии, всенародно положил свой омофор на престол в Успенском соборе, объявил, что по немощи не может быть митрополитом, и удалился сначала в Симонов, а потом в Троицкий монастырь. Великий князь не стал его преследовать, быть может, потому, что считал его только пьяницей, но человеком, безвредным для веры по удалении своем от управления делами церкви. Не ранее, как на следующий год, в сентябре следующего года, избран был новый митрополит Симон, бывший игуменом Троицко-Сергиевого монастыря. Геннадий и на этот раз не участвовал в поставлении нового митрополита. Достойно замечания, как вел себя великий князь в этом случае: предшествовавшие события показали ему, что церковь, так сильно содействовавшая усилению верховной мирской власти, способна была, однако, заявлять свою независимость против этой власти. Мысль эта уже тяготила Ивана, и этим-то, должно быть, пользовались приближенные к нему еретики, отклоняя его от слишком ревностного преследования вольнодумцев. Иван был отчасти доволен: охлаждение к духовенству, распространявшееся в народе, могло содействовать видам Ивана. Во-первых, он видел в этом средство поставить свою власть выше всякого противодействия со стороны представителей церкви; во-вторых – возможность осуществить со временем свое тайное желание овладеть церковными имуществами, желание, которое уже давно он выказал своими поступками, отнявши у новгородского владыки и у новгородских монастырей значительную часть их имений: в дополнение к прежнему, он в последнее время запретил Геннадию приобретать куплею новые земли. Чтобы приучать русских к мысли о первенстве государя над церковью, после наречения Симона митрополитом, Иван в Успенском соборе всенародно взял нового митрополита за руку и «предал его епископам», знаменуя тем, что соизволение государя дает церкви первопрестольника. Подобное повторилось и при посвящении: государь громогласно «повелел» митрополиту «принять жезл пастырства и взойти на седалище старейшинства». Это был новый, невиданный до сих пор обряд, имевший тот ясный смысл, что поставление митрополита, а тем самым и всех духовных властей, исходит от воли государя.