Настойчивые требования Геннадия, обращаемые к митрополиту, могли остаться без внимания, так как и прежде того Геннадий не раз уже писал в Москву, присылал разные доносы и улики на еретиков, а им в Москве не давали ходу: очевидно, люди, принадлежавшие к ереси и приближенные к государю, представляли Геннадия вздорным, беспокойным человеком. Но Геннадий, защищая православие, защищал разом и самого себя от подкопа, который вели против него враги. Вслед за письмом к митрополиту разразился он посланием, обращенным к русским архиереям: ростовскому, суздальскому, тверскому и пермскому; он убеждал их всех не соглашаться на поставление коломенского владыки, требовать немедленного созвания собора и суда над еретиками, и притом суда самого строгого. По мнению Геннадия, современных ему еретиков следовало наказывать строже, чем наказывали проклятием прежних еретиков на соборах. «От явного еретика человек бережется, – писал он, – а от сих еретиков как уберечься, если они зовутся христианами. Человеку разумному они не объявятся, а глупого как раз съедят!» Геннадий давал своим товарищам владыкам совет ни под каким видом не допускать на предстоящем соборе прений о вере. «Люди у нас просты, – писал он, – не умеют по обычным книгам говорить, так лучше о вере никаких речей не плодить, только для того и собор учинить, чтобы еретиков казнить, жечь и вешать. Они, еретики, взяли у меня было покаяние и эпитимию, а потом убежали: надобно их пытать накрепко, чтоб дознаться: кого они прельстили, чтобы искоренить их совсем и отрасли их не оставить». Уликами для еретиков должны были служить показания, отобранные Геннадием под пыткою у тех, которых прежде выслали к нему из Москвы. Уже он посылал эти показания в Москву, но им не верили, говорили, что они вынуждены были муками; и на это недоверие горько жаловался Геннадий архиереям. «При допросе, – писал он, – был я, святитель, двое бояр великого князя, да мой боярин, да опричь того несколько детей боярских, да игумены и священники, и все-таки тому не верят, да еще и на меня со лжою. Говорят, что я Самсонка мучил; не я его мучил, а сын боярский великого князя; мои сторожи только стояли, чтоб кто-нибудь посула не взял. Самсонко объявил, как он бывал у Федора Курицына, как приходили к нему Алексий протопоп, да Истома, да Сверчок, да Ивашка Черный, что книги пишет, и ругались над православием. Как бы тот смерд Самсонко знал, что у Курицына делается, если бы к Курицыну не ходил? Вот он знает, что у Курицына живет венгерец Мартынка, что из угорской земли с ним приехал: почем бы Самсонко знал это, если бы не был вхож в дом к Курицыну?» Геннадий убеждал архиереев стараться, чтобы великий князь непременно послал за новгородским архиепископом, и убеждал их без него не начинать никакого дела.
В показаниях Самсонка и других были признания в том, что еретики изрекали хулу на Христа, Пречистую Богородицу и всех Святых, ругались над иконами и над другими священными вещами. Сам Самсонко сознавался, что он с попом Наумом расщепляли святые иконы, а Наум, проходя мимо иконы Богородицы, показал ей кукиш. Другой еретик, Алексей Костев, вытащивши из часовни икону Успения, бросил на землю и начал поливать скверною водою. Третий, Юрка, бросил икону в лохань. Иные спали на иконах, другие мылись на них. Макар дьяк, который ел в пост мясо, плевал на икону, а Самсонко вырезывал из просфор кресты и бросал кошкам и собакам и пр.