Чтение, которое Алексей Михайлович чрезвычайно любил, развило в нем очень глубокую и очень сознательную религиозность. И этим чувством он был проникнут весь, много молился, строго держал посты (некоторые дни в Великом посту даже ничего не ел), знал все церковные уставы. Его главным духовным интересом было спасение души, и с этой точки зрения он судил и других, напоминая при каждом выговоре виновному, что тот губит душу и служит сатане. По представлению общему в то время, путь к спасению души Алексей Михайлович видел в строгом исполнении обрядов. В этом отношении для нас любопытны записки диакона Павла Алеппского, который был в России в 1655 году с патриархом Макарием Антиохийским и описал нам Алексея Михайловича в церкви и среди клира. Из этих записок, как и из вопросов, которые царь задавал патриарху Макарию, всего лучше видно, какое значение придавал царь обрядам, как он их знал и как следил за точным их исполнением. Но обряд и некоторый аскетизм не подавляли и не исчерпывали религиозного сознания Алексея Михайловича, из-за формы он не забывал и содержания, и религия у него была не только обрядом, но и нравственной дисциплиной. Будучи глубоко религиозным, он, по его мнению, не грешил, смотря комедию и лаская «немцев» (сами иностранцы свидетельствуют о милостях к ним царя Алексея Михайловича). В глазах его это было не преступление против религии, а совершенно позволительное и полезное, а в то же время и приятное новшество. Он ревниво оберегал чистоту религии и был, конечно, один из православнейших москвичей; но дело в том, что его ясный, практический ум и начитанность позволяли ему не так узко понимать православие, как понимало большинство.
Алексей Михайлович был философ-моралист, и его философское мировоззрение было строго религиозным: он все судил с религиозной точки зрения и на все окружающие явления отзывался с высоты своей религиозной морали. Но эта мораль, развившись в мягкой, доброй, светлой душе, являлась не сухим кодексом отвлеченных правил, суровых и безжизненных, а сказывалась мягким, прочувствованным, любящим словом или жизненным, полным ясного смысла положением. Склонность к мышлению и наблюдению (Алексей Михайлович был прекрасный наблюдатель, как большинство охотников) вместе с добродушием и мягкостью выработали в нем замечательную для того времени тонкость чувства, почему и его мораль высказывалась им порою поразительно хорошо, тепло и симпатично, особенно тогда, когда ему приходилось кого-нибудь утешать. Такая теплота чувства сквозит, например, в каждом слове письма царя к князю Одоевскому, о котором упоминалось выше. «Да будет тебе ведомо, – пишет Алексей Михайлович, – судьбами всесильного и всеблагого Бога нашего и страшным Его Повелением изволил Он, Свет, взять сына твоего, первенца, князя Михаила, с великою милостью в небесныя обители; а лежал огневою три недели безо дву дней, а разболелся при мне, и тот день был я у тебя в Вешнякове, а он здрав был; потчевал меня, да рад таков, я его такова радостна николи не видал, да лошадью он да князь Федор челом ударили, и я молвил им: „Потоль я приезжал к вам, что грабить вас?” И он плачучи да говорит мне: мне-де, государь, тебя не видать здесь; возьми-де, государь, для ради Христа, обрадуй, батюшка, и нас, нам же и довека такова гостя не видать. И, видя их нелестное прошение и радость... взял жеребца темно-сера. Не лошадь дорога мне, всего лутчи их нелицемерная служба и послушание и радость их ко мне, что они радовалися мне всем сердцем».