Но этим небольшим училищем не довольствуются – и вот появляется проект академии, характер которой выходит далеко за пределы простой школы. В ней должны были преподаваться грамматика, пиитика, риторика, диалектика и философия – «разумительная», «естественная» и «правая». Учителя академии должны были все быть с Востока и, кроме того, с ручательством патриархов. Но этим еще не исчерпывалась задача академии – академия должна была следить за чистотою веры, быть орудием борьбы против иноверцев, из нее должны были выходить апологеты православия, ей присваивалось право суждения о правоверии всякого – и иноземца, и русского. «Московская академия по проекту царя Феодора, – говорит Соловьев, – это цитадель, которую хотела устроить для себя православная церковь при необходимом столкновении своем с иноверным Западом; это не училище только, это страшный инквизиционный трибунал. Произнесут блюститель с учителями слова „виновен в неправославии” – и костер запылает для преступника». Нужно заметить, что академия была учреждена после смерти Феодора и первыми ее учителями были вызванные с Востока ученые – братья Лихуды (Иоанникий и Софроний).
Другим замечательным актом царствования Феодора было уничтожение местничества. В конце 1681 года в Москве были собраны две комиссии: одна состояла из выборных от служилого сословия и была призвана с целью обсуждения лучшего устройства военных сил, или, как сказано в указе, «для устроения и управления ратного дела», а другая состояла из выборных от тяглых людей и занималась выработкой новой системы податей.