Повесть «В плену» состоит из трёх частей. Все они принципиально мозаичны и составлены из множества отдельных, композиционно выстроенных рассказов, которые первоначально публиковались самостоятельно, затем постепенно перегруппировывались в циклы, циклы организовывались в главы, а главы – в повесть. Первая часть состоит из 12 безымянных главок, 12 фрагментов душевного состояния героя, который стремится к пониманию своего места в мире. Вторая часть менее дробна, в ней всего шесть главок, причём каждая имеет своё название («В вагоне», «Тараканий пастух», «Черти», «Кандальники», «В больнице», «Коробка с красной печатью»). Эта часть наиболее эпична, в ней рассказаны истории других арестантов. Третья часть воссоздаёт мир северной природы и представляет собой синтез «лирической» первой и «эпической» второй частей; здесь герой и окружающий его мир находятся в единстве. Такая композиция влечёт за собой постоянную изменчивость стиля повествования: от лирического к эпическому и – наоборот.
Польская исследовательница творчества А. Ремизова X. Вашкелевич, рассматривая композицию повести «В плену», выделяет три оппозиции, каждая из которых не только соотносится с определённой частью: оппозиция «я и я» (1-я часть), «я и они» (2-я часть), «я и природа» (3-я часть), но и естественным образом вытекает из ситуации одиночного заключения, а затем условий этапной и ссыльной жизни героя. В каждой из частей повествование подчиняется главенствующей в ней оппозиции. В первой части («я и я») герой в сказовой манере передаёт свои мысли и ощущения. Повествование здесь почти всё время обращено внутрь души героя, реальные события оказываются оттеснёнными на второй план:
Во второй части («я и они») А. Ремизов усложняет форму наррации: здесь повествует не только и не столько герой-рассказчик, сколько другие арестанты (Яшка, Тараканий пастух, арестант из секретной, Васька), которые от своего имени – опять-таки сказом – излагают важные для себя события. Однако их судьбы служат лишь поводом к размышлениям героя, аргументом в его споре с собственной судьбой, толчком для нового оттенка чувства. Так, рассказ арестанта из секретной завершается ремаркой героя: