5 июля эскадра прибыла к берегу, 6 июля начала погрузку войск, которой руководили капитан-лейтенанты Панфилов и Кокараки, и к вечеру завершила ее. Высадку при Псезуапе произвели утром 7 июля. Вновь Панфилов руководил флангом гребных судов, на сей раз левым1330
. Несмотря на то что после высадки первой волны десанта ветер и волнение усилились, Панфилов и другие офицеры, командовавшие гребными судами, делали почти невозможное, организуя выгрузку среди волн прибоя. Доставка на берег подкреплений и артиллерии позволила войскам оттеснить неприятеля и закрепиться1. Командовавший эскадрой С.П. Хрущев среди других отличившихся упомянул и Панфилова1331 1332. В 1839 году моряка наградили орденом Св. Станислава III степени1333.16 апреля 1841 года Панфилова за отличие произвели в капитаны 2-го ранга. Он находился в Керчи для распоряжения перевозкой грузов и войск в укрепления Черноморской береговой линии, потом находился в экспедиции против горцев. 6 декабря 1841 года за действия против горцев его наградили орденом Св. Станислава II степени с императорской короной и мечами. В 1844 году, командуя восьмью азовскими барказами с десантом, Панфилов сжег у восточного берега Черного моря, при ущелье Чисахадж, три контрабандных судна и захватил трехфунтовую пушку. 15 апреля 1845 года его за отличие произвели в капитаны 1-го ранга. Командуя семью азовскими барказами, он высадил десант на побережье Абхазии вблизи местечка Мамая, сжег судно контрабандистов и взял еще одно орудие. В 1848 году за 25 лет службы в офицерских чинах А.И. Панфилова наградили орденом Св. Георгия IV степени, 5 декабря 1849 года — орденом Св. Анны II степени. С 1849-го по 1853 год Панфилов ежегодно командовал кораблем «Двенадцать Апостолов». В 1853 году Панфилова произвели в контр-адмиралы и назначили командиром 1-й бригады 4-й флотской дивизии1334
.Во время летних учений 1853 года Панфилов в контр-адмиральском чине состоял еще командиром корабля «Двенадцать Апостолов», флагманского корабля вице-адмирала Нахимова. За время учебных плаваний выучка матросов корабля возросла, а за меткую стрельбу в цель ядрами и бомбами 6, 24 и 25 июня Нахимов объявил благодарность и выделил десяти комендорам по рублю из своих денег1335
. В учебном сражении 29 июня Панфилов командовал тем же кораблем в эскадре Нахимова, которая вела «бой» с эскадрой второго флагмана контр-адмирала Юхарина. Вице-адмирал в донесении отмечал, что корабль «Двенадцать Апостолов», не тратя зря снаряды, обстреливал по очереди приближающиеся корабли всем бортом, а затем и продольно по всей линии. Корабль сделал 868 выстрелов — больше любого другого корабля1336.8 августа 1853 года в ходе учений В.А. Корнилов отдал приказ о проведении учебной атаки Севастополя с моря: «По окончании практического плавания с кораблями «Двенадцать Апостолов», «Чесма», «Храбрый», «Уриил», «Три Святителя», «Париж», «Ростислав» и «Святослав» я намерен, войдя на Севастопольский рейд, атаковать примерно оставленные там мною корабли «Вел. кн. Константин», «Императрица Мария», «Варна», «Селафаил», «Ягудиил» и «Гавриил» под флагом контрадмирала Панфилова...»1
Эскадре контр-адмирала Панфилова Корнилов предписал занять позицию в одну линию посредине рейда носом ко входу. Атакующей эскадре следовало вступить на рейд двумя колоннами, между которыми шли пароходы «Владимир» и «Грозный». При прохождении батарей № 4 и Павловской корабли должны были направить заранее спущенные гребные суда к ближайшим берегам под прикрытием пароходов, тогда как линейным кораблям предстояло взять в два огня четыре передовых корабля Панфилова, а замыкавшим колонну фрегатам — вести огонь по за-тыльным орудиям батарей1337
1338. Маневр этот успешно осуществили 12 августа, причем два корабля эскадры Панфилова, не занятые атакующими, развернулись так, чтобы расстреливать атакующих продольным огнем1339.В приказе от 15 августа по результатам учений Корнилов отметил хорошую деятельность моряков. Он поручил Панфилову выйти в море с новыми кораблями «Великий князь Константин» и «Императрица Мария», чтобы 2 недели обучать моряков, заходя в порт лишь для пополнения запасов1340
.10 сентября при сформировании трех эскадр кораблей Панфилова назначили младшим флагманом при Нахимове; эта эскадра включала самые современные корабли. Панфилов поднял свой флаг на «Двенадцати Апостолах»1341
. При перевозке войск 13-й пехотной дивизии на Кавказ его флагманский корабль доставил 1369 человек Белостокского полка1342.Затем Панфилов крейсировал в Черном море, имея флаг последовательно на кораблях «Ягудиил», «Великий князь Константин» и «Двенадцать Апостолов».
16 октября 1853 года Корнилов при разделе флота на рейде Севастополя на две эскадры, контр-адмиралов Новосильского и Вульфа, определил Панфилова младшим флагманом в первую эскадру на корабле «Двенадцать Апостолов», пока не будет готова пароходная эскадра1343
. В этом качестве Панфилов участвовал в крейсерстве эскадры Новосильского под флагом Корнилова 29 октября — 5 ноября1344.