Радея о храме, о. Амфилохий собирал пожертвования, исправлял ветхости, увеличил число колоколов. Но участие старца к этому месту должно было выразиться в размерах поразительных. Ему, бедному незнаемому страннику, обязана пустынь полным восстановлением своим.
Как самое дело, длившееся несколько десятков лет, так особенно участие в нем о. Амфилохия, замечательны.
Земли, принадлежавшие упраздненной Реконской пустыни, как незаселенные крестьянами, должны были, по отобрании монастырских земель в казну, при Екатерине II, оставаться в духовном ведомстве. Между тем, в 1820 г., значительнейшая часть этой земли отмежевана частному лицу, а затем наследниками его продана купцу.
Когда пономарь Захаров обратился в Тихвинское духовное правление, об отпуске леса на поправку церкви и на колокольню, это прошение послужило началом дела восстановления пустыни. Через семь лет, по подаче прошения, Тихвинский уездный суд опредлил храму отвесть количество земли, установленное для сельских приходских церквей; было отмерено 45 десятин, и больше уже ни церкви, ни восстановленной затем при ней пустыни ничего не отводилось.
В это время, по собственному свидетельству старца, о. Амфилохий трижды являлся преп. Александр Свирский, повелевая ему ходатайствовать о возвращении всей отчужденной земли и восстановлении обители, и обещая свою помощь. О. Амфилохий решился, несмотря на несомненную, по-мiрски, невозможность этого дела — начать его, и стоять за него до конца.
На решение уездного суда о. Амфилохий послал всеподданнейшую жалобу императору Александру I; ему было отказано, а за подачу жалобы он отсидел 6 месяцев в тюрьме. Тем не менее, он неотступно продолжал хлопотать, и в продолжение 15 лет не получая удовлетворения, в 1837 г. принес снова всеподданнейшую жалобу императору Николаю I. За это, равно как за отказ объявить свое имя и звание, он был заключен в Тихвинский тюремный замок, судим уездным судом и приговорен к наказанию 5 ударами плетей и ссылке в Сибирь. Но в ту минуту, когда дело казалось невозвратно потерянным, единственным ходатаем за погибшее дело явилась помощь Божия.
В Петербурге прошел слух о праведной жизни и беспримерной стойкости старца; в деле приняла участие известная православною ревностью своею, влиятельная Т. Б. Потемкина; и по докладу Государю обер-прокурора Протасова о бескорыстных движениях старца в деле о Реконской земле, велено было старца освободить и оставить в Рекони.
В это же время отысканы подтвердительные документы, и о. Амфилохий, начав дело вновь и получив отказ от Новгородской гражданской палаты, принес жалобу в Правительствующий Сенат; в жалобе, между прочим, значилось:
"Живя многие десятилетия в пустыни и тщательно вопия о правосудии, вот уже пятое десятилетие веду тяжбу, и, за всеми препятствиями, наконец, дохожу до высшего судилища. Умоляю оное оказать справедливую защиту не мне, столетнему старцу, стоящему уже на краю гроба и не имущему в сей тяжбе для себя никакой корысти, а желаю я собственно восстановить древне учрежденную святыню, милостью царя. Впрочем, во всем да будет святая воля Божия".
По разногласию сенаторов, дело было передано в общее собрание департаментов, а оттуда в Государственный Совет. Наконец, состоялось Высочайшее именное повеление: так как владение не может быть восстановлено без нарушения прав частных лиц, то вознаградить Духовное Ведомство суммою, заплаченною настоящим владельцем земли, с добавлением процентов за непользование (всего 42.000 руб. слишком); пустынь же велено восстановить с наименованием ее заштатным общежительным монастырем.
Из полученной суммы 25.000 руб. зачислены в неприкосновенный капитал, а остальные 17.000 р. израсходованы на восстановление пустыни.
При окончании дела, о. Амфилохия спрашивали, не укажет ли он кого в настоятели, но он, по смирению, отказался. Тогда настоятелем был назначен из Валаама о. Даниил, имевший в Петербурге, где заведывал он Валаамской часовней, знакомства, полезные при обновлении обители. Когда о. Даниил с несколькими монахами прибыл в Реконь, о. Амфилохий не вышел к нему на встречу, а принял его, сидя в своей землянке. У о. Даниила явилась мысль, что старец недоволен его назначением, и это послужило причиною нерасположения о. Даниила к старцу. О. Амфилохий выговаривал иногда приехавшим монахам за их недостатки, это не нравилось им. Монахи же, видя, что о. Амфилохий живет своеобразно, были на него немирны. От неудовольствий их о. Амфилохий ушел за 3 версты от монастыря, и поселился в землянке (теперь там стоит скит); стечение народа к старцу становилось все значительнее, и он, получая приношения, одною рукою передавал бедным то, что другою принимал от имущих.