Все эти внешние видения и искушения подвижник побеждал силою крестного знамения. Дважды был избран о. Серафим в игумены и архимандриты монастырей, но отказался. Видя такое смирение, враг ополчился на него новою бедою и воздвиг в его душе со страшною силой соблазна мысленную брань — самую ужасную из бед… Трудно было о. Серафиму. Призвав на помощь Господа Иисуса Христа и Пречистую его Матерь, он решился для победы над кознями на новый подвиг.
В лесу, на полпути от келлии в Саров, лежал гранитный камень громадной величины. На нем решился о. Серафим начать жизнь столпника. Всю ночь теперь он стал проводить на этом камне, в молитве, стоя во весь рост, или на коленях, с воздетыми руками, взывая, как мытарь: "Боже милостив буди мне грешному!" — В келлии о. Серафим на весь день становился на другой камень, сходя с него только для принятия пищи и редкого отдыха. Так прожил он тысячу суток — и мысленная брань утихла от великого труда плоти и непрестанной молитвы.
Но болезнь в ногах открылась опять, и уже не оставляла старца до конца его дней. Достигнув цели, он окончил этот подвиг, совершенный в такой тайне, что никто о нем не знал, — и только пред смертью он, в назидание, рассказал о том ближайшей братии. Когда его спросили, как он мог это перетерпеть, была ли ему Божья помощь, он отвечал:
"Да иначе сил человеческих не хватило бы. Внутренно подкреплялся и утешался я этим небесным даром, нисходящим от Отца светов. Когда в сердце есть умиление, то и Бог бывает с нами".
Камни о. Серафима существуют. Но от большого остался только один осколок. Многие откалывали себе от них куски. В семьях встречаются эти куски, иногда с изображением молящегося о. Серафима. Богомольцы пробили в пустынь Серафимову вместо тропинки просторную дорогу, по которой ездят экипажи.
А старца ждало новое испытание, изгонявшее его из пустыни.
12-го сентября 1804 года, когда он рубил в лесу дрова, к нему пришли три неизвестные крестьянина, и нагло стали требовать денег. Он ответил: "Я ни от кого ничего не беру". Первый бросившийся на него упал, и они все испугались, а о. Серафим, хотя был очень силен и был при топоре, вспомнил слова Спасителя: "Вси приимшии нож, ножем погибнут". Он опустил топор, сложил на груди крестом руки и сказал: "Делайте, что вам надобно". Они ударили его обухом топора в голову — из рта и ушей хлынула кровь, старец упал замертво. Разбойники повлекли его к келлии, продолжая топтать его ногами, связали веревками — и, думая, что он убит, кинули его, и бросились в келлию для грабежа. Но нашли только икону и несколько картофелин; на злодеев напал страх, и они убежали.
О. Серафим, придя в чувство, кой-как развязал себя, поблагодарил Бога за безвинное страдание, помолился о прощении грабителей и к утру приплелся в обитель, в самом ужасном виде, истерзанный, окровавленный, с запекшейся кровью. Врачи нашли, что голова проломлена, ребра перебиты, грудь оттоптана и по телу смертельные раны, и удивлялись, как он еще жив. Когда они совещались по-латыни, что делать, о. Серафим уснул и имел видение.
Пресвятая Владычица, во славе, с апостолами Иоанном Богословом и Петром явилась к его одру и произнесла в ту сторону, где были врачи: "Что вы трудитесь?", а старцу: "Сей от рода нашего!" — слова, уже слышанные старцем.
Проснувшись, о. Серафим отклонил лечение, и, в тот же день почувствовав возвращение сил, встал с постели. Но пять месяцев он провел, оправляясь, в обители, а там снова возвратился в пустыню.
Когда грабители были уличены, о. Серафим объявил и Саровскому настоятелю, и их помещику, что, если крестьян накажут, то он навсегда уйдет из Сарова в дальние места. По мольбе старца, злодеев простили; но в скором времени пожар сжег их дома; они раскаялись и приходили к о. Серафиму.
С той поры он остался навсегда совсем согбенным (еще прежде он был однажды придавлен деревом, при рубке леса), и ходил, опираясь на топорик, мотыгу или палку.
Умножая свои труды, о. Серафим после 1806 года, приступил к подвигу молчальника, основываясь на словах св. Амвросия медиоланского: "Молчанием я видел многих спасающихся, многоглаголанием же ни единого" — и еще другого учителя: "Молчание есть таинство будущего века; словеса же — орудие суть мира сего".
Он не выходил теперь, если кто посещал его в пустыне; встречаясь с кем в лесу, он падал ниц, пока не уходили. Он перестал ходить в обитель; однажды в неделю ему приносили оттуда пищу. Услышав стук, он на коленях, как Божий дар, принимал в сенях пищу с земли, куда ставил ее приносивший монах, не смотря на него, и клал возле кусочек капусты или хлеба — чтобы показать, в чем он нуждается на следующий раз. Сущность же подвига состояла в отречении от всех житейских помыслов.
Около трех лет провел о. Серафим в таком молчании, и от него перешел к новому высшему подвигу, называемому затвором.
Ему было тогда пятьдесят лет.