Блаженная кончина преподобного Григория последовала в 1093 году. Случилось однажды, что монастырский сосуд был осквернен нечистым животным. Для очищения этого сосуда блаженный пошел к Днепру почерпнуть здесь воды. В то же время пришел сюда князь Ростислав Всеволодович, намереваясь зайти в Печерский монастырь ради молитвы и благословения, ибо в то время он хотел вместе с братом своим Владимиром Мономахом иди войной против половцев. Слуги Ростислава, видя старца, начали смеяться над ним и досаждать срамными словами, научаемые врагом диаволом. Старец, пророчески провидя духом, что близок час их смерти, сказал им: «О, чада! Если вам нужна молитва, то зачем вы творите злое и неугодное Богу? Плачьте о своей погибели и кайтесь о своих согрешениях, чтобы получить отраду в страшный день; ибо для вас скоро наступит суд: все вы будете потоплены в воде вместе с князем вашим». Слыша это и считая слова преподобного не за пророчество, а за насмешку, Ростислав сильно разгневался: «Мне ли, умеющему хорошо плавать, предсказываешь ты смерть от воды! Сам ты примешь эту смерть». И тотчас, не имея страха Божия в сердце, он приказал связать старцу руки и ноги, повесить на шею камень и бросить его в воду. Так был потоплен преподобный чудотворец. Между тем братия искали его два дня и не находили. Придя в третий день к келлии и войдя в нее, нашли преподобного здесь мертвого, связанного по рукам и ногам, с камнем на шее. Одежды его были мокры, а лицо светлое, и все тело как бы живое. Все удивились столь великому чуду: каким образом и кем был перенесен сюда старец, так как и келлия была закрыта. Воздавши хвалу Богу, творящему чудеса во святых Своих, братия вынесли чудотворные мощи и положили их в пещере, где пребывают они и доныне нетленными.
Ростислав, не сознавая своей вины и дыша яростью, не вошел в монастырь, как хотел сначала, и, не приняв благословение, удалился. Владимир же Мономах, брат его, зашел в монастырь и получил благословение. Во время битвы у Триполя, перейдя реку Стугну, князья были побеждены половцами. Владимир, брат Ростислава, ради молитв и благословения Печерских святых, спасся, а двадцатилетний князь Ростислав со всем воинством на глазах у своего брата был потоплен в реке Стугне. Так исполнилось предсказание преподобного Григория чудотворца: «в нюже меру мери злый убийца, возмерися ему».
Григорий чудотворец скончался в 1093 г. и погребен в Ближних пещерах. Память ему совершается также 28 сентября/11 октября и во 2-ю неделю Великого поста.
Благоверный великий князь Ярослав, во святом крещении нареченный Георгием, сын святого равноапостольного великого князя Владимира, в 1030 году покорил своей власти чудское племя, жившее в пределах Новгородских и Псковских, потом на реке Омовже (или Эмбахе) основал город и выстроил в нем церковь во имя святого великомученика Георгия. И было наречено имя городу Юрьев. С половины XII века стали проникать в эту землю морем католики немцы, начали там селиться и, укрепившись, овладели ею, так как в Русской земле были тогда междоусобия и нестроения. Поработивши местных жителей-язычников, немцы более силою, нежели волею, обратили их в латинскую веру, которую сами содержали, и вместе с тем начали притеснять живших среди них православных христиан.
Во дни великого князя московского Иоанна III Васильевича православные христиане, бывшие под властью немцев, имели в городе Юрьеве Ливонском в русском конце две церкви: святителя Николая Чудотворца и святого великомученика Георгия. Служили в тех церквах два пресвитера: один — именем Иоанн, по прозванию Шестник (то есть пришлец), из Московской земли, а другой — Исидор. Когда же немцы то ласками, то угрозами начали увлекать в латинство живущих в городе православных, тогда священник Иоанн, прослуживший в Юрьеве всего два с половиной года, ушел оттуда в Псков и вскоре после этого, приняв иночество с именем Ионы, основал в Псковской земле, на границе с Ливонией, Псково-Печерскую обитель, где прожил свято, сподобился блаженной кончины о Господе. Исидор же остался в Юрьеве и имел с немцами большие прения о православной вере. Нередко укорял он иноверцев, внушая им отступить от веры латинской, или римско-католической, и присоединиться к Православию.