В 1472 году вооружились латины на православных — решили воздвигнуть гонение на богоспасаемый град Псков и подвластное ему православное население, чтобы насадить среди него латинскую веру, утверждаясь главным образом на правилах Флорентийского собора, положившего насильственно восстановить единение Церквей. Между тем уже многие годы пресвитер Исидор беспорочно служил при храме святителя Николая Чудотворца, как звезда, сияя между христианами своей паствы. И вот старейшина города Юрьева, немец по имени Юрий, прозванием Трясиголов, восстав на Исидора и на христиан православных, клеветал на них бискупу Андрею и городским начальникам латинской веры и всем посадским людям Ливонской земли, говоря, будто слышал он от иерея русского и всей его паствы хулу на веру латинскую и служение на опресноках и похвалу одной только греческой вере. Таким образом он возбудил ярость в бискупе и вельможах, и латины с того времени искали, как бы истязать православных христиан города Юрьева.
Настал праздник Богоявления Господня — 6 января 1472 года. Пресвитер Исидор вышел со всеми православными на реку Омовжу с честными крестами освятить воду. Там, на водах богоявленских, немцы, посланные от бискупа и от старейшин, захватили Исидора, учителя христианского, и бывших с ним мужей и жен и, как волки лютые, повлекли их к бискупу и судьям городским. Великое было истязание на судилище добрым воинам Христовым о вере их, от которой их принуждали отречься. Но Исидор и все православные с ним исповедники как бы едиными устами сказали, обращаясь сначала к бискупу, потом ко всем судьям своим: «Не буди то, враг истины, чтобы нам, православным, отречься от Христа истинного и веры православной; не пощадим телес наших за Христа Бога, сколько бы ты нас не мучил; но вас, нечестивые, умоляем: пощадите души свои Господа ради, ибо и вы создание Божие».
Тогда с великим дерзновением обличал Исидор латинские лжемудрования и отступления от истины христианской. Разгневанный бискуп ввергнул православных в темницу, а всех державцев местных пригласил из окрестных замков, якобы для суда над православными. Пока они собирались, святой Исидор поучал в темнице дружину свою.
«Братия и чада, — говорил он, — Господь собрал вас со мною на подвиг сей духовный, желая увенчать вас от вседержительной руки Своей неувядаемыми венцами; вы же, братия, добре пострадайте от беззаконных, без всякого сомнения, и не убойтесь горьких сих мук, ниже ослабевайте, зане супостат ваш диавол,
Потом святой Исидор с дружиной своей, став в темнице лицом к востоку, начал петь и молиться со слезами и с воздыханием сердечным; причастился сам запасными Дарами Святых Животворящих Таин и причастил всех бывших с ним мужей, жен и детей. Все исполнились духовной радости, и благоговейный пресвитер поучал их еще о воздаянии благ вечных за благие дела и о вечных муках за дела тьмы. «Ни один из вас, — сказал он дружине своей, — от мала до велика да не страшится угроз и самых мук да не убоится, но добре постраждет за Сына Божия, Господа нашего Иисуса Христа, и приимем почесть страдания нашего в день судный».
Потом все единодушно громким голосом воспели церковную песнь в честь мучеников: «Святии мученицы, иже добре страдальчествовавшии и венчавшиися, молитеся ко Господу спастися душам нашим».