Обратное путешествие митрополита Никона из Соловков в Москву совершилось в один месяц и без особенных препятствий. Весь путь от берегов Белого моря до Москвы, путь которым святой Филипп возвращался в престольный град свой после осуждения, изгнания и мученической кончины, представлял из себя необычную и умилительную картину, ибо народ выходил всюду большими толпами с крестами и хоругвями, чтобы встретить и проводить святые мощи страдальца Христова.
Первую ночь пути Никон провел на острове Заяцком, где некогда святой Филипп устроил пристань и гостиницу для плавателей. Пробыв здесь два дня в ожидании погоды, 10 июня Никон отправился в море и во время плавания по нему только на несколько времени останавливался у острова Кия пред устьем реки Онеги, где он к своей радости нашел целым поставленный им еще в 1639 году крест в благодарность Богу за спасение от потопления во время морской бури. На Онежском устье, куда Никон со святынею вошел 11 числа утром, его уже давно ждали царские гонцы с важными письмами из Москвы.
В них царь Алексий сообщал своему любимцу, что по случаю кончины Святейшего Патриарха Иосифа «сделалась вдовствующею мати наша Соборная и Апостольская Церковь», и умолял его поспешить возвращением в Москву, чтобы поскорее приступить к избранию нового первосвятителя, давая ясно понять Никону, что он хочет видеть его патриархом всея Руси.
Митрополит не мог ослушаться царского повеления и ускорил свой путь. Пересев на речные суда, отправились вверх по реке Онеге и 20 июня вечером достигли Каргополя. За версту от города святые мощи были встречены духовенством с крестами и множеством народа. В городе мощи были внесены в соборную церковь Рождества Христова, и митрополит Никон отслужил перед ними молебен. На другой день Никон совершил здесь литургию и после полудня продолжал плавание по рекам и озерам до пристани Волока-Короткого, откуда сухим путем направился к Кириллову монастырю. В деревне Взвозе, принадлежащей названной обители, раку с честными мощами поставили опять в судно и плыли реками Шексною и Волгою до Ярославля, куда после пятидневного плавания и прибыли 30 июня. Здесь плавание должно было окончиться, и Никон, не теряя времени, продолжал дорогу сухим путем через Переяславль Залесский на Троице-Сергиеву лавру. 3 июля, не доезжая верст семи до обители преподобного Сергия, митрополит Никон остановился в ожидании царского указа; но так как никаких грамот от царя не было получено, то утром 4 июля, накануне дня обретения мощей преподобного Сергия, мощи свт. Филиппа были торжественно внесены в лавру и поставлены в соборе Живоначальной Троицы.
Никон служил здесь молебен и литургию и после обеда отправился далее, спеша согласно прежнему царскому указу скорее достигнуть Москвы. Но едва он успел отъехать шесть верст, как был встречен государевым стольником с запоздавшим царским повелением остановиться в Троице-Сергиевой лавре и ждать здесь дальнейших распоряжений. Чтобы не возвращаться назад, Никон расположился ожидать повелений в селе Воздвиженском, в 12 верстах от Троицы. Святые мощи не были внесены в местную деревянную церковь за многолюдством стекавшегося отовсюду для поклонения им народа и за опасением пожара от множества горевших свечей, но были помещены под царским шатром.
Сюда же в село прибыли посланные царем для встречи и сопровождения святых мощей до Москвы митрополит Казанский Корнилий и Вологодский архиепископ Маркелл с духовенством и боярин князь Трубецкой со своей свитой.
Это новое почетное посольство прибыло в село Воздвиженское в ночь на 6 июля и утром 7-го, после молебна перед мощами святителя Филиппа, торжественное шествие снова и на этот раз уже не так поспешно направилось к Москве. Митрополит же Никон после проводов из Воздвиженского, согласно царскому повелению, отбыл вперед в Москву. 8 июля мощи святителя Филиппа были перенесены в село Ростокино и поставлены в шатре близ церкви за невозможностью пронести их через узкие церковные двери.
Между тем в Москве готовилась царем великолепная встреча первосвятителю Христову. Она состоялась 9 июля.
Рано утром весь путь от Кремля до нынешней Крестовской заставы был занят толпами народа. Из Успенского собора вышел крестный ход. Во главе многочисленного духовенства и архиереев шли митрополит Никон и митрополит Варлаам Ростовский. За ними в богатейшем наряде с драгоценным посохом в руке шествовал сам царь, окруженный блестящей свитой.