Крестный ход был уже за Сретенскими воротами, у Напрудного, когда показалось шествие со святыми мощами, которые были приостановлены подле приходской церкви Троицы на Капельках, на месте, доныне называемом «у Креста», потому что в память описываемого события здесь поставлен дубовый крест, сохраняющийся и теперь в часовне. Тут произошло неожиданное и печальное событие. Престарелый митрополит Варлаам, несмотря на все убеждения царя, хотевший принять участие в торжестве, так изнемог от утомления, что, не успев достигнуть раки святителя Филиппа, сел в кресла и скончался. Отдав нужные распоряжения, государь поспешил навстречу святому Филиппу. Он пал на землю перед его нетленными останками и со слезами умиления благодарил Господа, давшего ему узреть мощи святого угодника Божия, возвращающегося со славою в первопрестольный град, откуда он так позорно был изгнан его царственным предком. После того рака со святыми мощами была принята царем и боярами на головы и шествие направилось через город к Кремлю. Оно живо описано самим царем в письме к одному воеводе.
Стечение народа по всему пути от Напрудного до кремлевских соборов было настолько велико, что «нельзя было и яблоку упасть». Среди пения и звона колокольного раздавались вопли бесчисленных больных, которые на коленях или лежа на одрах взывали к угоднику Божию о помощи. Произошло при этом несколько чудесных исцелений. При встрече у Напрудного получила исцеление немая и бесноватая женщина, которая тут же стала говорить и сделалась совершенно здоровой. У Лобного места произошло другое чудо — исцеление девицы. Когда же святые мощи были поставлены на Лобном месте для молебна и сразу стали видимы даже стоявшим вдали, то все прослезились, умиленные видом торжества, с которым пастырь, изгнанный напрасно, возвращается опять на свой престол. Медленно подвигаясь сквозь густые толпы народа, священная процессия достигла Кремля, где на площади у Грановитой палаты еще был исцелен слепой. Наконец, святые мощи были внесены в Успенский собор и поставлены на том самом амвоне, с которого святой митрополит Филипп при жизни раздавал благословение, поучал паству и обличал грозного царя. Тотчас же по внесении святых мощей в собор отслужена была Божественная литургия. Десять дней стояли мощи святителя Филиппа среди собора, переполненного с утра до вечера молящимися, и при них — неутомимый в своей ревности Никон, читавший молитвы над больными и благословлявший людей от имени новоявленного чудотворца. Все эти дни раздавался звон колоколов, как на святой неделе; радость была всеобщая.
Перед святыми мощами постоянно служили молебны, и от них изливались новые чудеса. Не было дня, пишет царь, чтобы кто-нибудь не получил исцеления; самое меньшее, когда в сутки исцелялось двое или трое, но было по пяти, шести и даже до семи чудесных исцелений, и не только болевшие восемь лет, но и двадцать и тридцать лет страдавшие всякими болезнями, кровоточивые и бесноватые, с равной легкостью исцелялись. Поразительный случай исцеления жены Стефана Вельяминова. Будучи слепой и глухой восемь лет, она кроме того страдала еще и головной болью. Страдания эти настолько усилились, что она уже велела читать отходную и забылась, но явился ей чудотворец и сказал: «Вели себя нести к моему гробу!» И как только ее принесли к мощам святителя Филиппа, она в тот же час прозрела, начала слышать, встала на ноги и, возблагодарив Бога и Его великого угодника, пошла домой вполне здоровой.
17 июля в Успенском соборе происходило особое празднество перед мощами святителя Филиппа по случаю их перенесения. Накануне этого дня торжественно отслужены были вечерня и всенощное бдение, а в самый праздник — литургия. На все богослужения выходил государь в праздничном наряде. Празднество закончилось обильным угощением у государя. Можно думать, что именно в этот день мощи святителя, переложенные в новую серебряную раку, были поставлены на приготовленное для них место — с правой стороны собора, близ иконостаса, у придела святого великомученика Димитрия Солунского. Здесь они находятся и доныне.
С этих пор память святителя Филиппа стала чествоваться особенно торжественно. День страдальческой кончины его, 23 декабря, праздновался в Москве соборным служением патриарха; не менее торжественно отправлялся и праздник 17 июля в честь перенесения мощей святого Филиппа. Но так как торжество 23 декабря ослаблялось службою наступавшего сочельника перед Рождеством Христовым, то иногда оно переносилось на Рождественские праздники и на первые числа января и даже на февраль месяц. Праздник в честь перенесения мощей святителя также переносился на другие числа июля и даже на август. Наконец, в 1661 году праздники в честь святителя Филиппа были окончательно перенесены по воле царя Алексия Михайловича с 23 декабря на 9 января и с 17 июля на 3 число того же месяца. В эти дни празднуются они и доныне.