Игумен Алексий давно уже обратил внимание на подвиги, смиренномудрие и рассудительность юного подвижника. Находясь теперь в преклонном возрасте, он сделал Филиппа своим помощником в делах управления монастырем, поручив ему надзор за начальными послушниками. И Филипп всеми силами старался оправдать доверие к нему настоятеля; через усердное исполнение его заповедей он стал его правой рукой и опорой в старости. С нежностью сына он покоил старца в болезнях и утешал его в скорбях.
Прошло девять лет иноческой жизни святого Филиппа. Отягченный недугами престарелый Алексий захотел сложить с себя должность настоятеля. Имея в виду достоинства Филиппа и общую любовь к нему братии, он открыл о своем желании передать ему управление монастырем; затем призвал и высказал свое желание иметь его преемником своим. Но тот и слышать не хотел о предлагаемой ему власти, считая по своему смирению более для себя приличествующим повиноваться, нежели наставлять других. Тогда игумен собрал на совет всю братию и сказал: «Я стар, и немощные силы мои требуют успокоения: кого бы вы вместо меня избрали себе настоятелем?»
На вопрос игумена все единогласно отвечали: «Нет лучше Филиппа к нашему наставлению, ибо никто не может сравниться с ним житием, разумом и опытностью».
После того Филипп не смел прекословить общему избранию и согласился на принятие сана игуменского. Алексий немедленно отправил грамоту к архиепископу Новгородскому Феодосию, в которой просил его от имени всей братии возвести Филиппа в сан игумена соловецкого. Грамоту доставили в Новгород несколько старцев, посланных от обители.
Приняв благословение архиепископа, они сказали ему: «Владыко святый! Собор Соловецкой обители молит тебя поставить нам в игумены посланного с нами монаха Филиппа».
Феодосий благосклонно принял просьбу соловецких старцев, так как и раньше слышал о Филиппе, однако спросил их об избраннике, по смирению уклонившемся от представления своему владыке: «Отчего не вижу его между вами?» — и велел привести его к себе.
Филипп вошел к святителю и принял от него благословение. Из беседы с ним архиепископ убедился в его опытности и дарованиях; поэтому он вскоре рукоположил святого Филиппа во пресвитера и вручил ему жезл игуменский. А обращаясь к сопровождавшей его братии, сказал: «Вот отец ваш, имейте его во Христов образ и подчиняйтесь ему со всяким послушанием».
Получив от архиепископа для обители церковную утварь и от многих граждан богатые дары, соловецкие иноки отправились в обратный путь.
Новому игумену устроена была в обители торжественная встреча. Бывший игумен Алексий, собрав свои дряхлые силы, со всей братией вышел навстречу. Святого Филиппа торжественно ввели в церковь и затем, когда по произнесении ектении за государя была во всеуслышание прочитана грамота от архиепископа, его возвели на настоятельское место. Потом новый игумен сказал братии свое первое поучение и предложил иереям и диаконам готовиться к Божественной службе. 17 августа 1548 года он соборне совершил первую литургию. В тот день вся братия приобщились из рук его, и все видели лицо его просветленным, как бы лицо Ангела.
Приняв на себя сан игумена вопреки своему желанию и вследствие болезни Алексия, святой Филипп, как только увидел, что силы его предшественника восстанавливаются, опять ушел в пустыню. Алексий вторично принял на себя управление обителью. Филипп еще строже подвизался в безмолвии, приходя в монастырь только по праздникам для принятия Святых Христовых Таин.
Так прошло полтора года, и Алексий занемог. Чувствуя приближение кончины, он вызвал отшельника из пустыни и, собрав всю братию, сказал: «Уже я отхожу в путь отцов моих, вы же изберите себе отца и наставника». Затем простился со всеми и тихо предал дух свой Богу.
Похоронив старца, братия обители по общему совету, как прежде, стали умолять Филиппа принять над ними старейшинство. И тот, сознавая себя законным настоятелем обители, с благословения архиепископа снова принял игуменство, от которого бежал в пустыню.
Филипп все силы свои употребил на благоустроение Соловецкой обители.
В то время монастырские дела были расстроены. Случившийся в 1538 году пожар уничтожил весь монастырь до основания, и, несмотря на заботы игумена Алексия, он оставался почти совершенно не обстроенным, ибо строительного материала и денег было недостаточно для того, чтобы восстановить обитель хотя бы в прежнем ее виде. Между тем число братии увеличивалось и необходимо было заботиться о ее содержании и в то же время о расширении обители. Много и других забот и трудов предстояло новому игумену, но они не могли устрашить его.
Благодаря своим необычайным хозяйственным способностям и личным средствам святой Филипп в короткое время привел монастырь в цветущее состояние. И справедливо потому он может считаться новым устроителем Соловецкой обители, ибо очень многое в ней до сих пор напоминает о его деятельности.