Но прежде чем приступить к сооружению соборного храма святой Филипп советовался с братией. «Отче! Господь Бог, внушивший тебе это, может тебе вспомоществать и при самом деле; мы же ни в чем не выступим из твоей воли», — смиренно отвечали иноки на слова своего игумена.
Тогда святой Филипп, видя сочувствие братии, послал за искусными мастерами в Новгород и по прибытии их, призвав на помощь Господа и Его Пречистую Матерь и чудотворцев Соловецких, ревностно приступил к делу. Постройка продолжалась пять лет, и в 1557 году, 15 августа, святой игумен освятил новый храм в честь Успения Божией Матери с приделом в честь Усекновения главы святого Иоанна Предтечи (Ангела царя). При храме была устроена обширная трапеза в 12 сажен длины и около нее несколько монастырских служб. Тяжелые своды трапезы опирались на один внутренний столп, который, поддерживая их, вместе с тем служил основанием колокольни, воздвигнутой над трапезой. На этой колокольне вместо старинных бил и клепал Филипп устроил настоящий звон из колоколов, вылитых в Пскове на деньги, пожертвованные царем.
Окончив построение Успенского собора, неутомимый игумен, однако, не успокоился. На следующий же год он объявил братии о своем намерении приступить к созданию еще более обширного и великолепного храма в честь Преображения Господня вместо деревянного, устроенного святым Зосимой на том месте, где преподобный видел чудесный свет и церковь на воздухе. Братия, зная недостаточные средства обители, удивлялись намерениям игумена и на этот раз кротко высказали ему свои опасения. Припоминая слово евангельское:
«Братия! — восторженно отвечал им Филипп. — Упование на Бога необманчиво; если будет Ему угодно дело сие, Он невидимо подаст нам от неоскудных Своих сокровищ на воздвижение дома святому имени Его».
Действительно, надежда святого Филиппа на помощь Божию не обманула его. Царь был вкладчиком в пользу и этого храма: он пожертвовал на его постройку 1000 рублей и оказывал обители разные льготы и милости. Ободренный милостью царя, Филипп, собрав лучших строителей и художников, в 1558 году приступил к сооружению нового обширного храма, весьма замечательного для своего времени.
Его основание в 170 квадратных саженей лежит на кладовых и погребах, а своды подпираются двумя огромными столбами. К главному алтарю примыкают приделы: справа — Соловецких чудотворцев и слева — Архангела Михаила, четыре других приделе устроены в соборных главах.
Впрочем, святой Филипп не успел при себе окончить строение Преображенского собора, но заранее приготовил для него утварь, разноцветные стекла в узорчатых рамах для окон, драгоценные ткани, серебряные подсвечники, кадила, книги, образа — все большей частью на собственные средства. С северной же стороны храма, под папертью, он сам ископал себе могилу, рядом с другой, в которой похоронил своего духовного наставника — иеромонаха Иону.
Усердно занимаясь возобновлением монастыря, постройкой новых храмов и зданий, святой Филипп не менее заботился и о сохранении всего, что было связано с воспоминанием о строителях обители и чудотворцах Соловецких. Он обрел чудотворный образ Одигитрии, принесенный преподобным Савватием на пустынный остров, и поставил эту святыню над его гробом, а его каменный крест водрузил в часовне, где покоился святой Герман, его сподвижник. Собственноручно исправил ветхую келейную Псалтирь преподобного Зосимы и вычинил его убогие ризы, в которые любил облекаться для священнослужения. Наконец, по распоряжению же святого Филиппа было дополнено житие преподобных чудотворцев Соловецких описанием чудес, совершенных угодниками Божиими со времени его прибытия на Соловки.
Распорядительный хозяин, беспримерный в иночестве, святой Филипп был в то же время мудрым правителем и опытным наставником в духовной деятельности. Он входил во все подробности монашеского быта, столь хорошо ему знакомого, и старался предупреждать все нужды монаха. Сознавая необходимость в здоровой пище при суровости северного климата, святой Филипп улучшил братии трапезу, завел однообразие и благоприличие в одежде, уставив, по сколько кто из братии должен иметь в келлии одежд и обуви. Для желающих уединения он учредил пустыньки в глуши лесов, а на Заяцком острове устроил на свои средства целый скит с деревянными келлиями и службами. Наконец, чтобы доставить покой и призрение дряхлым и недужным инокам и труженикам обители, а также вероятно и больным богомольцам, святой Филипп устроил в монастыре больницу.