Дорога, которой он направлялся к Москве, шла через Новгород. И вот навстречу святому Филиппу версты за две вышли новгородцы — мужчины, женщины и дети. Приблизившись к нему, они кланялись и слезно молили его: «Отче, будь ходатаем за нас и за город наш пред царем. Заступись за свое отечество, ибо мы слышали, что царь держит гнев свой на нас».
Благосклонно выслушав их просьбы, он вступил в город, где и был радушно принят его наместником.
Но недолго оставался святой в Новгороде. По зову царскому он спешил в первопрестольный град Москву, где его ждала торжественная встреча. Много внимания оказал сам царь прибывшему игумену. Он осыпал его щедрыми дарами, ласково беседовал с ним и угощал на своей трапезе. Наконец решил открыть причину его вызова в Москву. Но зная смирение святого, царь начал свою речь издалека: описал ему тяжелое положение Церкви без пастыря, дружески раскрыл пред ним свое затруднение в выборе первосвятителя и в заключение объявил, что по его державной воле и всего освященного собора Филипп должен быть митрополитом.
Эта беседа происходила в присутствии высшего духовенства и бояр. И все собрание вслед за царем единогласно признало Филиппа достойным митрополичьего престола.
Изумился смиренный игумен, что на его долю выпала такая высокая честь, и, прослезившись от волнения, смиренно отвечал: «Нет, милосердный государь, не разлучай меня с пустынею и не возлагай на меня дела выше сил моих. Отпусти, Господа ради, отпусти, ибо ненадежно вручать ладье малой бремя великое».
Но царь настаивал на своем предложении, а епископы словами Писания убеждали Филиппа не прекословить Божественному призванию и воле царской и не зарывать в землю Богом данный ему талант.
Тогда святой Филипп, будучи «понуждаем» царем и собором на митрополию, объявил, что он готов исполнить царскую волю, если только царь отменит опричнину; иначе ему быть митрополитом невозможно, а если его и поставят, он принужден будет покинуть митрополию; святой Филипп требовал соединить воедино разделенное царство, как было прежде, то есть уничтожить опричнину.
Это смелое требование сильно раздражило царя, казалось, что и Филипп, подобно Герману, будет отвергнут с бесчестием. Но царь еще слишком благоговел перед соловецким игуменом, чтобы решиться на его удаление, и потому по просьбе архиепископов и епископов он смягчил свой гнев на Филиппа и велел им добиваться от него, чтобы Филипп «ставился на митрополию, но не вступался в дела двора и опричнины, а советовался бы с царем, как прежние митрополиты с его отцом и дедом».
Духовенство и бояре от себя слезно молили святого Филиппа принять сан митрополита. Убежденные в его добродетелях, они надеялись, что он на месте первосвятителя твердостью своего духа и благоразумием возвратит Иоанну и всему царству прежнее спокойствие. После этих убеждений Филипп не мог не согласиться и «дал свое слово архиепископам и епископам», как говорится в нарочито составленной грамоте, что он «по царскому слову и по их благословению соглашается стать на митрополию, что в опричнину и в царский домовый обиход ему не вступаться и по поставлении из-за опричнины и царского домового обихода митрополии не оставлять».
Так, после долгих убеждений, изъявил святой Филипп покорность воле царской. Но, отказавшись от вмешательства в политически и личные отношения царя, он оставил за собою право печаловаться за невинно гонимых и говорить царю о правде евангельской и о правах Церкви во всех тех случаях, когда они попирались.
20 июля соборный приговор был подписан нареченным на митрополию соловецким игуменом Филиппом, а через пять дней — 25 июля 1566 года — в Успенском соборе в присутствии царя и царской фамилии, всего двора и многочисленного народа, при соучастии почти всех святителей с земли Русской торжественно совершено было рукоположение святого Филиппа в митрополита всея Руси.
По совершении литургии царь вручил новопоставленному святителю пастырский посох святого Петра митрополита, а сонм архиереев возвел его на святительское место, откуда святой Филипп произнес свое первое глубоко прочувствованное слово к царю. Он говорил царю о его долге — быть отцом для своих подданных, кротко выслушивать просящих помощи, внимать в нищете страждущим, а не превозноситься высотою своего положения, зная, что и над ним есть высшая небесная власть. Убеждал принимать советы людей добрых, но отвращать свой слух от клеветников и льстецов, которые ослепляют ум царей, заботясь не о пользе государства, а лишь об угождении власти и своих выгодах; быть твердым в православной вере и защищать отечество от вражеских нападений; но, охраняя правила доброго закона от посягательства на него со стороны людей злых, наипаче всего помнить, что сила и величие царя заключается не столько в ратных подвигах, сколько в любви, которой он приобретает сердца своих подданных.