Но прежде чем сделать это, он постарался привлечь к этому высокому делу пастырей Церкви, молчаливо покорявшихся всем приказаниям грозного царя. Призывая их к самоотвержению, он говорил им: «На то ли собрались вы, отцы и братия, чтобы молчать, страшась вымолвить истину? Но ваше молчание душу цареву в грех вводит и своей душе делает горшую погибель, а православной вере наносит скорбь и смущение. Боитесь ли лишиться славы тленныя, но никакой сан мира сего не избавит вас от муки вечной, если преступим заповедь Христову и забудем наш долг пещись о благочестии благоверного царя, о мире и благоденствии всего православного христианства. На то ли взираете, что молчит царский синклит? Но бояре связаны попечениями житейскими, нас же Господь освободил от них. Мы поставлены право править великую истину, хотя бы и душу положили за порученное стадо. Вы сами знаете, что за истину будете истязуемы в день судный».
Горячий призыв архипастыря не нашел, однако, отклика и поддержки среди пастырей. Им не хватало мужества, чтобы противиться царю, а потому на все убеждения святого Филиппа они уклончиво отвечали: «Добро было во всем царя слушати и волю его творити, а не разгневляти».
Впрочем, некоторые из них, по крайней мере в глубине души, сочувствовали святому Филиппу. А святой Герман, архиепископ Казанский, и не скрывал своего сочувствия митрополиту. Другие же, напротив, всеми силами старались повредить ему. Самоотверженность святителя была невыносима для их честолюбия. В числе последних были Пимен, архиепископ Новгородский, мечтавший сам быть митрополитом, Пафнутий Суздальский, Филофей Рязанский. Но более всех восставал против митрополита духовник государев, благовещенский протопоп Евстафий, пользовавшийся расположением и доверием царя, несмотря на то, что был в запрещении от митрополита. Он тайно и явно при всяком удобном случае доносил царю на первосвятителя все те клеветы и наговоры, которыми старались его враги раздуть в душе царя искру подозрительности, зароненную первым требованием Филиппа об отмене опричнины.
Несмотря на такое малодушие духовенства, святитель не устрашился один обратиться с увещаниями царю, надеясь словами Писания укротить его гнев и успокоить его возмущенную душу. Увещания эти сначала были тайные. Но когда они не подействовали, святитель перешел к открытым обличениям. 21 марта 1568 года в неделю Крестопоклонную в соборном храме святой Филипп обратился к Грозному с такими словами: «Державный царь, ты облечен от Бога самым высоким саном и потому должен чтить более всего Бога. Но скипетр земной власти дан тебе для того, чтобы ты соблюдал правду в людях и царствовал над ними законно. По естеству ты подобен всякому человеку, как по власти подобен Богу. Подобает же тебе, как смертному, не превозноситься и, как образу Божию, не гневаться, ибо только тот по справедливости может называться властелином, кто сам собою обладает и не работает позорным страстям, но побеждает их с помощью своего ума. Слышано ли когда было, чтобы благочестивые цари возмущали свою державу? Не только при твоих предках, но даже у иноплеменников никогда ничего подобного не бывало».
Не привыкший к таким обличениям царь с гневом сказал Филиппу: «Что тебе, чернецу, за дело до наших царских советов? Или не знаешь, что мои же хотят меня поглотить?» «Я, точно, чернец моему Христу, — кротко возражал на это святитель, — но по благодати Святаго Духа, по избранию священного собора и твоему изволению я — пастырь Христовой Церкви, и вместе с тобой мы должны иметь попечение о благочестии и мире всего православного христианства». «Одно, говорю тебе, честный отче, молчи, — повторял Иоанн, — а нас благослови действовать по нашему изволению». «Благочестивый царь, — отвечал Филипп, — наше молчание ведет тебя к греху и всенародной гибели, ибо худой кормчий губит весь корабль. Так и мы, если будем следовать воле человеческой, то как скажем в день пришествия Господня:
Слова любви несколько успокоили раздраженного царя, и он стал оправдывать свою жестокость тем, что его окружают тайные враги, говоря словами пророка Давида: «Владыко святый! Восстали на меня