Тогда святой Филипп, взглянул на царя и подойдя к нему, произнес: «Государь, кому поревновал ты, изменив благолепие твоего сана и облекшись в неподобающий тебе образ? С тех пор, как светит солнце на небе, не слыхано, чтобы благочестивые цари так возмущали собственную державу. Убойся Божия суда и постыдись своей багряницы! Полагая законы другим, для чего сам делаешь достойное осуждения? Правда царева в суде, по слову Писания; а ты лишь неправду творишь твоему народу. Как страждут православные! У всех народов, даже у татар и язычников, есть закон и правда, только у нас их нет; всюду находим милосердие, а в России и к невинным и праведным нет жалости. Мы, государь, приносим здесь чистую и Бескровную Жертву Господу о спасении людей, а за алтарем льется невинная кровь христианская. Хотя и образом Божиим возвеличен ты, однако же и ты смертный человек, и Господь взыщет все от руки твоей. Ты глубоко изучил Божественное Писание, отчего же не следуешь ему?
Но Грозный уже не слушал слов праведника, в гневе махал рукой на святителя, грозил ему изгнанием и разными муками. «Нашей ли державе смеешь ты противиться? — кричал он, — увидим твою твердость». «Я пришлец на земле и переселенец, — тихо отвечал на это святитель, — как и все отцы мои подвизаюсь за истину благочестия и хотя бы мне пришлось и сана лишиться, и лютые страдания претерпеть, не смирюсь пред тобою».
Вне себя от гнева вышел царь из храма, решив погубить своего обличителя. Но он еще не смел наложить рук на уважаемого всеми святителя. Нужно было прежде уронить его во мнении народном. Здесь открывалось широкое поле для всякого рода клеветников. Так, еще в соборе враги святого Филиппа, желая унизить его всенародно, подготовили на старца самую гнусную клевету, которую подучили произнести перед всеми юного чтеца домовой митрополичьей церкви. Выслушав отрока, Пимен Новгородский и другие епископы — угодники царские, как бы веря его словам с негодованием воскликнули: «Царя обличает, а сам делает гнусности». Услышав это, святой Филипп заметил Пимену: «Хотя ты и человекоугодничаешь и чужой престол домогаешься восхитить, но скоро лишишься и своего».
Епископы, сочувствующие святому Филиппу, конечно понимали всю нелепость возведенного на него обвинения, но не смели сказать ни слова в его защиту; они только молили святителя простить невольного клеветника, который тоже со слезами на глазах сознался перед своим дядей — соборным экономом Харалампием, что говорил неправду по принуждению и из-за страха. Видя раскаяние отрока, добрый пастырь ласково сказал ему: «Буди к тебе милостив Христос и да даст тебе прощение; но и ты отпусти тем, которые тебя этому научили». Затем, обратившись к епископам, святитель сказал: «Вижу готовящуюся мне кончину, но знаете ли, почему меня хотят изгнать отсюда и возбуждают против меня царя? Потому что не льстил я пред ними, не дарил их богатыми одеждами и не угощал их пирами. Впрочем, что бы ни было, не перестану говорить истину, да не тщетно ношу сан святительский».
После этого столкновения с царем святой Филипп переехал из Кремля в монастырь святого Николая Старого (ныне греческий монастырь на Никольской улице). Между тем ужасы опричнины продолжались как в столице, так и далеко за ее пределами. Как бы назло митрополиту царь дозволял себе всевозможные мерзости: казнил князя Василия Пронского, только что принявшего монашество, а сам неистовствовал в окрестностях Москвы: жег боярские села и усадьбы, увозил их жен и истреблял даже скот. Видя в святом Филиппе своего защитника, народ не оставлял его, а царь при встречах не мог говорить с митрополитом без раздражения.