По содержанию сочинения епископа Феофана распадаются на три отдела: нравоучительный, истолковательный и переводный. Особенно большую ценность для богословской науки представляют многочисленные труды по христианской нравственности. В своих нравоучительных произведениях преосвященный Феофан изобразил идеал истинной христианской жизни и пути, ведущие к его достижению. Излагая свои мысли ясно и доступно для широкого круга читателей, святитель Феофан в сочинениях преподает основы святоотеческой психологии. Обозревая душевные и духовные способности человека, преосвященный Феофан глубоко проникает в его внутренний мир, в сокровенные тайники человеческой души.
Среди творений епископа Феофана почти не встречается трудов специального догматического характера, но поскольку нравственное учение христианства стоит в неразрывной связи с христианскими догматами, то в разных местах его трудов можно увидеть раскрытие и догматического учения. Догматический элемент в творениях свт. Феофана особенно важен потому, что разъяснения автора касаются высочайших и труднейших пунктов христианской догматики.
Одним из важнейших дел жизненного подвига преосвященного Феофана являются его замечательные труды по изъяснению слова Божия, которые представляют собой ценный вклад в русскую библиотеку.
В тесной связи со всеми трудами епископа Феофана в области богословия стоит его переводческая деятельность. Важнейшей из переводных работ святителя является «Добротолюбие», главный предмет которого составляют писания о духовной жизни основателей и великих учителей христианского аскетизма.
Особый вид литературных трудов преосвященного Феофана представляют его многочисленные письма, которыми он обменивался со всеми, кто просил его советов, поддержки и одобрения. Со всех концов России поступали в Вышенскую пустынь письма к епископу-затворнику; нередко почта приносила их до 20–40 в день. «К нему обращались за советом, за разрешением недоумений, в нем искали утешение в скорби, облегчение в бедах все, начиная с сановников и кончая простолюдинами». В письмах епископ Феофан высказал те же положения, что и в своих творениях, но в более простой, ясной форме и в применении и к нравственному, и к общественному положению собеседников. Святитель, чутко улавливая духовные потребности писавшего, не жалея сил, обстоятельно и сердечно разъяснял все вопросы и недоумения. Он как-то особенно умел войти в положение писавшего и сразу установить с ним самую близкую духовную связь, где преобладали полная искренность и откровенность. Эту искренность и любовь к людям святитель сохранил до своей блаженной кончины.
Постоянным вниманием к себе, трезвением и бодрствованием подвижник-затворник достиг высокой степени духовного совершенства и сделался образцом веры и благочестия. Самоотверженная любовь к людям, которая видна из содержания обширной переписки святителя, была в нем той особенной нравственной силой, которая влекла к нему современников и продолжает влечь к его памяти и творениям последующие поколения христиан.
Все духовные академии Русской Православной Церкви избрали святителя Феофана своим почетным членом, а Санкт-Петербургская присвоила ему в 1890 году звание доктора богословия за многополезные богословские сочинения.
При всех своих добродетелях и высоких достоинствах епископ Феофан считал себя ниже всех. «Я вот и книги читаю, и пишу, — говорил он, — а у меня нет ничего похожего на то, что творили угодники Божии». Он готов был считать всех людей добрыми и святыми.
Дни жизни святителя-затворника постепенно умалялись, и он, сознавая это, спокойно ждал смерти. «Умереть, — писал владыка, — это не особенность какая. И ждать надо. Как бодрствующий днем ждет ночи, чтобы заснуть, так и живущим надо впереди увидеть конец, чтобы опочить. Только даруй, Боже, почить о Господе, чтобы с Господом быть всегда».
6 января 1894 года, около четырех часов дня, епископ Феофан мирно скончался в день престольного праздника своего келейного храма Крещения Господня. Когда было подготовлено тело почившего к погребению и его стали одевать в архиерейское облачение, все присутствовавшие увидели, что на лице его просияла блаженная улыбка. Было ли это прощальное приветствие опечаленной братии обители или отражение блаженного ликования души — ведомо одному Богу!
Отпевание почившего епископа-затворника было совершено 11 января епископом Тамбовским Иеронимом при огромном стечении духовенства и народа. Тело почившего архипастыря было погребено в Казанском соборе Вышенской пустыни, в правом Владимирском приделе. Над могилой почившего усердием настоятеля обители архимандрита Аркадия и почитателей памяти епископа Феофана было воздвигнуто великолепное надгробие из белого мрамора с изображением трех книг Святителя: «Добротолюбия», «Толкования Апостольских посланий» и «Начертания христианского нравоучения».