Человеколюбец Бог принял истинное покаяние Никиты и поставил его пастырем словесного стада Христова. В 1096 году святой Никита Божиим Промышлением был избран и посвящен во епископа Великого Новгорода, где Господь прославил Своего угодника даром чудотворений. На втором году своего святительства Никита молитвами своими прекратил большой пожар в Новгороде. В другой раз во время засухи, грозившей Новгородской земле голодом, по его молитвам дождь оживил поля и луга с полями и травами.
По сказанию жития преподобного Антония Римлянина, подвижник чудесным образом прибыл в Новгород при жизни святителя Никиты и с его благословения основал свой монастырь.
Святитель Никита был озабочен устройством и украшением храмов Божиих в Новгороде, но из церквей, построенных в его время, уцелела до наших дней одна — Благовещенская на Городище. И доныне существует памятник его забот о благоустройстве Новгородского архиерейского дома — это каменный корпус, который и в памятниках письменности, и в народном предании известен под именем Никитинского. Святитель Никита имел намерение украсить живописью стены храма Святой Софии; но это не удалось ему: «на иждивение святителя» роспись собора была произведена лишь после его кончины, спустя несколько месяцев. Преставился святитель Никита 30 января 1108 года, после 13-летнего управления Новгородской епархией. Честные мощи его были погребены в соборном Софийском храме, в приделе богоотец Иоакима и Анны.
Вероятно, местное празднование памяти святому Никите началось вскоре после его кончины. От половины XII столетия сохранилось известие: «И ныне со святыми чтут его, святаго и блаженнаго Никиту». Но неизвестно в какое время, во всяком случае до половины XVI века, в Новгороде прекратилось чествование его памяти. Повсеместное празднование святому Никите установлено было если не на Московских Соборах 1547 и 1549 гг., то вслед за открытием его мощей, которое совершилось 30 апреля 1558 года.
Обретение честных мощей святителя Никиты произошло при следующих обстоятельствах. В 1551 году вечером в Великую Субботу, когда христиане собрались в Софийский собор, чтобы слушать чтение Деяний апостольских перед светлой заутреней, пришел туда и боярин, который ведал царские дела в городе, и, обходя паперти соборные, занятые гробницами епископов, зашел в придел богоотец Иоакима и Анны, в котором гробница святителя Никиты находилась в полном небрежении. Церковный чтец в это время спал, опершись на нее. Выйдя из предела, боярин пошел в главный храм, где на левой стороне близ дверей, ведущих в жертвенник, сел и вскоре сам задремал. Во сне он услышал голос, который говорил ему: «Покрыт должен быть гроб епископа Никиты».
Повинуясь этому голосу, боярин пошел домой; оттуда вскоре вернулся с покровом, который и возложил на гробницу святого Никиты, прежде очистив ее от пыли и сора. Побуждаемый желанием взглянуть на мощи святителя, боярин проделал щель в гробнице и увидел, что тело святителя лежит покрытое покровом на церковном помосте, совершенно целое, без признаков разрушения. Мало-помалу об этом узнали и другие жители этого города, время от времени посматривали в щель гробницы и дивились виденному. Так продолжалось до 1558 года. В этом же году архиепископ Пимен, убедившись через других и лично в нетленности мощей святителя Никиты, письменно донес об этом царю и митрополиту, которые с великой радостью повелели ему открыть гробницу святого, переложить тело его в новую деревянную гробницу так, чтобы оно открыто почивало, и установить общецерковное празднование святому. Чтобы открыть гробницу святого, пришлось разбирать иконостас, так как придел богоотец Иоакима и Анны был очень мал и половина гробницы святителя была в алтаре. Когда гробницу открыли, то увидели, что тело святого покоилось в земле, на два локтя ниже помоста церковного; оно было покрыто плащаницей, а лицо святителя озарено небесным светом; правая рука его благословляющая лежала на персях, левая же была простерта к коленям; правая нога обращена была подошвою вверх, левая же в сторону. Облачив святителя в новые архиерейские одежды, его снова положили в гробницу на прежнем месте.
В назначенное время архиепископ Пимен с многочисленным собором духовенства совершил при гробнице святителя Никиты молебное пение, во время которого честные мощи его были переложены на «уготованный одр» и перенесены в главный соборный храм, где затем было отслужено всенощное бдение. Во время богослужения, когда происходило уставное чтение и священнослужащие сидели, одному из игуменов было видение, что святитель Никита, восстав из гроба, в фелони и с кадилом в руках пошел сначала кадить в алтарь, а затем в храм и вскоре сделался невидим. По окончании всенощного бдения народ приложился к мощам святителя, а архиепископ переложил их в гробницу, которая временно, по повелению митрополита, была поставлена на правой стороне храма у малого столпа против амвона до окончания работ по расширению придела богоотец Иоакима и Анны.