Вскоре по обретении мощей святителя Никиты один из начальствующих города обнаружил свое сомнение в их нетленности. Чтобы рассеять его сомнения, архиепископ Пимен открыл покров на мощах святого до персей. Увидев лицо святителя, как у здорового спящего человека, градоначальник раскаялся в своем грехе. Несмотря на это, вскоре затем пришли к архиепископу городские священники с просьбой дать им возможность убедиться воочию в нетленности мощей святого Никиты. Архиепископ наложил на них семидневный пост для покаяния в своих грехах, по истечении которого духовенство собралось к мощам святителя Никиты, и тогда архиепископ, сняв покров с них, показал им тело святого до конечностей ног, затем подложил свои руки под голову святителя так, что она приподнялась, а с ней и все тело пришло в движение. Священники были поражены чудом и просили архиепископа дозволить им ежегодно в память этого происшествия отправлять всем собором при мощах святителя молебное пение, почему и установлен был архиепископом праздник в пяток второй седмицы в неделе Всех святых.
Требование, предъявленное духовенством Новгорода к своему архипастырю об осмотре мощей святителя Никиты, можно объяснить так. В то время сильно была распространена ересь Феодосия Косого, отвергавшая, между прочим, почитание святых икон и мощей; она имела свое действие и на духовенство и поколебала отчасти его веру в чудеса.
Между тем чудес при мощах святителя Никиты, по обретении их, совершилось немало: получали исцеление расслабленные, хромые, сухорукие, прокаженные, бесноватые, но особенного внимания достойно то, что преимущественно получали исцеление больные глазами, слепые или с испорченным зрением.
Когда были обретены честные мощи святителя Никиты и совершилось поразительное исцеление одного расслабленного, многие жители Новгорода и окрестностей начали притекать к мощам чудотворца со своими недужными. Среди больных была приведена старая и слепая Ксения, ничего не видевшая 12 лет. В то время шла литургия. Ксения молилась Господу об исцелении, обращалась своей мыслью к святителю Никите, а потом со слезами сказала во всеуслышание архиепископу Пимену, стоявшему в храме: «Молюсь тебе, преосвященный архиепископ: помолись своему сослужебнику, великому святителю и чудотворцу Никите, чтобы он даровал мне прозрение».
И не раз повторяла слепая мольбу свою. Видя настойчивость женщины и ее слезы, архиепископ сказал: «Отойди от меня, старица, отойди, иди ко святому Никите, и он спасет тебя по вере твоей, если восхочет».
У гроба святого Ксения усердно молилась, и один глаз ее прозрел. Но она взяла смелость снова обратиться к архиепископу Пимену, припадая к ногам его, и со слезами радости опять умоляла, чтобы молитвами архиепископа прозрело и другое око ее. Владыка ей ответил: «Вижу, старица, что тебе много лет, и довольно бы одного глаза на службу тебе до смерти твоей».
Но Ксения с прежней настойчивостью слезно умоляет архиепископа. Тот посылает ее снова ко гробу святителя Никиты со словами: «Тот, кто отверз тебе одно око, откроет и другое».
Ксения опять приходит к раке чудотворца, прилагает к слезам слезы и сплетает молитвы с сердечными воздыханиями и верою. И надежда женщины не была напрасной: прозрела она и на второй глаз к общему удивлению бывших тогда в храме Святой Софии.
Иконописцу Симеону архиепископ Пимен приказал написать икону Богоматери с Богомладенцем, а пред Ними стоящего и молящегося с воздетыми руками святителя Никиту. У святителя совсем не было бороды. И иконописец думал, что следует изобразить на иконе хотя бы малую браду на лице святого Никиты. Размышляя об этом, Симеон начал дремать, пошел к постели своей и заснул. И вот в тонком сне он внезапно услышал голос: «Симеон, ты думаешь написать браду у епископа Никиты! Не помышляй об этом, ибо не было брады у него. И прочим иконописцам возвести, чтобы не писали на иконах епископа Никиту с брадою».
Симеон проснулся, но никого не видел. Поспешил передать видение свое архиепископу Пимену, и архиепископ прославил Бога. Образ святителя написан был так, как он сам повелел.
В то же время на всяком месте и при всяких обстоятельствах святитель Никита являлся на помощь тем, которые с верой и молитвой прибегали к нему. Во время обретения мощей святителя Никиты, по молитвам его, Бог увенчал победой русское оружие в войне с ливонцами. При взятии Ругодива и в русском войске, и в неприятельском видели, что святитель Никита ездит по берегу реки Наровы на коне в святительских одеждах и с жезлом в руке, увенчанным крестом, отражает врагов от русских полков. Это засвидетельствовали сами воины, вернувшиеся в Новгород; то же подтвердил и старейшина града Ругодива — латинянин, по имени Иоанн, когда увидел образ свт. Никиты.