Отец преподобного Кирилла скончался через три года после пострижения. Оплакав его, Кирилл сказал самому себе: «И я смертен» — и усугубил свои подвиги. Он усердно трудился в поварне, пекарне и исполнял все другие монастырские работы, с благоговением стоял в храме, имел совершенное повиновение не только игумену, но и всей братии, изнурял себя постом, упражнялся во бдении и молитве, днем и ночью читал в келлии слово Божие и жития святых, пел псалмы и беспрестанно источал обильные слезы, вспоминая о смертном часе. Его духовная зрелость была признана всей братией и, казалось, готовила ему высокую участь в монастыре. Но преподобный Кирилл, оградив себя кротостью и смирением, не имел на земле другой заботы, кроме заботы об угождении Богу. Движимый стремлением все к большему и большему совершенству, он задумал покинуть общежитие и поселиться в пустыне. Получив одобрение своего намерения от преподобного игумена, Кирилл помолился и вышел тайно из монастыря в одной рваной одежде.
Он пошел на север, к океану. Там, обходя все Поморье, скитаясь в пустынях, горах и лесах, питаясь грибами, травой и сосновой корой, видя более зверей, чем людей, провел он много лет. Покинув север, он обошел подмосковные страны и доходил до Новгорода и Псковской области, везде посещая святые места. Нигде он не заходил в мирские дома и не принимал подаяния, за исключением небольшого количества пищи. Днем странствовал по улицам, а ночи проводил в молитве и пении псалмов. В храмы приходил к началу пения и с точностью исполнял церковные уставы. Ходил в заплатанной одежде и босой, страдая от мороза, солнца, дождя, комаров и других насекомых, и изнурял себя постом и жаждою. Не довольствуясь, однако, этим, он захотел для большего удобства подвигов избрать себе для пребывания одно определенное место. Став на молитву, он просил указаний у Спасителя и Богоматери и вдруг услышал голос с неба: «О, блаженне Кирилле, возлюбленниче Мой! Ты уже совершил все доброе, сохранил заповеди Мои и прошел тесный и прискорбный путь. Ныне иди к Белоозеру — там уготовано тебе место, в котором ты можешь спастись». Вместе с этим яркий свет блеснул к стороне Белоозера. Преподобный Кирилл пошел в этом направлении и, достигнув Тихвинского монастыря, провел трое суток в молитве на паперти монастырского храма. Когда утомленный бдением он задремал, во сне ему явилась Богоматерь и сказала: «Угодниче Пресвятыя Троицы, рабе Мой Кирилле, ступай к востоку, к Белоозеру, и явит тебе Господь, Сын мой и Бог, покой старости твоей».
Взяв с собою икону Тихвинской Божией Матери, преподобный Кирилл отправился в путь, достиг Белозерского уезда, миновал Андоезеро и взошел вблизи Нового озера на Кобылину гору. Осмотревшись здесь, он увидел в восточной части Нового озера красивый местный островок и в нем огненный столп, поднимавшийся от земли до неба. Это был Красный остров, принадлежавший крестьянам соседней деревни Шиднем — Дию, Григорию и Давиду. Кирилл пошел на остров и на восточной его стороне нашел большую ель. Пригнув ветви дерева к земле, он устроил род хижины и поселился в ней в 1517 году, 4 марта, на память «преподобнаго Герасима, иже на Иордани». В первую ночь ему явился Ангел в образе мужа в белых ризах и возвестил, что Красный остров назначен ему Господом для упокоения. На другой день он отправился в деревню Шиднем и испросил у Дия, Григория и Давида разрешения поселиться на острове.
Поселившись на Красном острове, преподобный Кирилл своими руками построил себе небольшую келлию и рядом с нею келлию для собирающейся братии. В следующем 1518 году он построил две небольшие церкви во имя Воскресения Христова и Пресвятой Богородицы Одигитрии и, получив посвящение, стал непрерывно совершать Божественную службу. Постепенно обитель наполнялась иноками и устраивалась. Среди первых учеников преподобного известен Дионисий. Преподобный Кирилл сам строил дома для монастырских служб, рубил лес, пахал землю и садил овощи. Являлись благотворители, дававшие обители средства и припасы и тем обеспечивавшие ее существование. Великий князь Василий Иоаннович пожаловал на прокормление обители деревни Кобылино и Шиднем, князь Иван Васильевич Пеньков выдал грамоту о ежегодной даче от своего дома монастырю по 40 мер жита, 20 пудов соли, 2 пуда масла и по 20 кругов сыра. Случайные посетители монастыря, приходившие к преподобному Кириллу, приносили обители более или менее значительную милостыню. С самого начала, как видно из обстоятельств жизни преподобного, монастырь пользовался рыбной ловлей в озере и был действительным собственником острова.
Трудясь над устройством монастыря, преподобный Кирилл немало перенес затруднений и испытаний. Так, в самом начале часто приезжали рыболовы, которые притесняли и оскорбляли подвижника. Их вражде святой противопоставил терпение и кротость. «Зачем, — говорил он, — скорби многие и пакости наносите мне, люди? Это бесовское научение».