Рановременная кончина Христова философа причинила тяжкую потерю не только ближайшим сотрудникам его, но и всей Церкви Православной.
В нем лишилась она одного из самых даровитых и ревностных учителей и защитников веры святой. По распоряжению папы Адриана, ко гробу почившего угодника Божия должны были предстать все: и греки, бывшие тогда в Риме, и римляне, петь над ним погребальные песни со свечами и проводить его с полной торжественностью, как бы проводили они самого папу. Всякое усердие к нему было принято папой как дело истинно богоугодное. Св. Мефодий объявил папе, что их мать заповедала им, чтобы тот из них, кто переживет другого, непременно перенес отшедшего ко Господу в свой монастырь. Адриан так и велел было сделать. Для этого по его же приказанию гроб почившего был поставлен в особый ящик и забит гвоздями. По истечении семи дней после того, когда все еще шли приготовления к пути, римские епископы стали просить папу оставить мощи святого в Риме. «После многих путешествий по разным странам, — говорили они, — Господь привел его наконец в Рим; здесь и взял душу его. Прилично ему, как мужу честному, и покоиться здесь же». Принял папа и эту просьбу, изъявив желание — большее сделать. «Если так, — отвечал он епископам, — то из уважения к святости почившего и из любви к нему я, преступив обычай римский, погребу его в моем собственном гробе в церкви св. Петра». Ясно открывалось из всего этого, что Сам Господь избирал Рим в место вечного упокоения для святого пришельца с Востока, дабы он и по смерти своей не переставал обличать папство в уклонении от чистоты учения первобытной Церкви Христовой, оставаясь вместе предстателем пред Господом о новообращенных чадах своих в землях славянских, смущаемых кознями вражьими. Святой Мефодий понял намерение Божие и оставил прежнее свое желание; но, чтобы, с одной стороны, сделать доступнее святыню для истинных чтителей ее, а с другой, отклонить от нее земное величие, которого избегал при жизни смиренный слуга Христов, и, с тем вместе, очевиднее показать намерение Божие о ней, он решился просить папу положить честные останки единокровного сотрудника своего не в гробе папском, а в храме св. Климента, с мощами которого они пришли в Рим. Папа и на это охотно согласился. По его повелению немедленно собрались епископы, иноки и народ и с подобающей честью проводили святые останки до означенной церкви. При этом Господу было угодно земные почести, достойно оказанные усопшему праведнику, запечатлеть знамением Своей силы. В храме епископы хотели посмотреть, не похищена ли какая часть от его святых мощей, но сколько ни силились, не могли вынуть гвоздей, которыми был заколочен гроб. Так вместе с ящиком и поставили они гроб по правую сторону алтаря. Вскоре гроб святого сделался источником многоразличных чудес и дарований Божиих. Чем более обнаруживалась сила благодати, которую стяжал на небе угодник Божий, тем более возрастало благоговение к нему. Римляне поставили на гробе икону его, день и ночь возжигали елей пред ней, воздавая хвалу Богу, прославляющему прославляющих Его.
В том обстоятельстве, что просветитель славян святой Кирилл скончался и погребен в Риме, издревле видели великую славу его, равную славе первоверховных апостолов. В каноне святому Кириллу, составленном еще в IX веке, помещен стих следующего содержания: «Господь Бог повелел ему с ними (т. е. апостолами Петром и Павлом) причастный покой прияти, как третьему (после них) свершителю Своего смотрения, как светилу, восполняющему лучами славы своей сияние двух верховных светил». Нельзя не увидеть глубоко знаменательного значения в том, что святой Кирилл погребен в церкви св. Климента. Святой Мефодий, отклонив почетное предложение папы Адриана похоронить брата в Ватикане в пышной папской гробнице и избрав местом вечного покоя для него бедную, забытую церковь св. Климента, тем засвидетельствовал, что апостолу Восточного Православия подобало почивать не среди папских гробниц в ватиканском храме, представляющем собой в настоящее время, по мнению многих, скорее пышный мавзолей и апофеоз папства, нежели дом молитвы, а именно здесь, в церкви св. Климента, которая одна из всех римских церквей через много веков сохранила в себе характер православного храма первых времен христианства, как бы для того, чтобы стать достойным и знаменательным надгробным памятником свв. Климента и Кирилла, которые оба, как истинные преемники апостолов, едиными усты и единым сердцем исповедовали Единую, Святую, Соборную, Апостольскую Церковь.
Память равноапостольного Кирилла отмечается также 11/24 мая вместе с памятью святого брата Мефодия.
В иконографическом предании древних Церквей святой равноапостольный Кирилл изображается в святительских одеждах, как, например, на фреске Софийского собора в Киеве или фреске IX века в церкви святого Климента в Риме, где изображается посвящение святого Кирилла в епископа, или на миниатюре из кенигсбергского списка летописи конца XV века. Эти факты свидетельствуют о том, что святой Кирилл был в сане епископа.