После слезных молитв подвижник начал устраивать себе жилище. Он выкопал в горе небольшую пещеру, в которой находил кратковременный покой от трудов своих. В ней он прожил одну зиму; с наступлением весны из леса, росшего на острове, построил себе на той же горе небольшую келлейку и часовню. В строгом уединении преподобный начал свои труды и подвиги, радуясь духом, вознося ум свой к небесному, помышляя всегда о часе смертном и о праведном воздаянии в будущей жизни; тело и душу он упражнял во всенощных стояниях и молитвах; беспрестанно поучался в законе Господнем и изливал душу свою пред Господом во
Пищу преподобный приобретал своими трудами: он возделывал землю мотыгою, сеял хлеб и сажал овощи, и таким образом ел хлеб, по слову Писания, в поте лица своего (Быт. 3, 19). Ненавистник добра диавол воздвиг брань на преподобного и здесь, на острове Столобном, как прежде в пустыне Серемхской. Однажды он явился подвижнику видимым образом и обратился к нему с такими словами: «Выйди отсюда, монах, зачем ты пришел на это место? Сам видишь, что место это пусто и ни к чему не пригодно, а окрестные жители злы. Зачем ты хочешь трудиться здесь без пользы?» Преподобный же, оградив себя крестным знамением, произнес псалом:
В другой раз, когда Нил оканчивал в келлии своей всенощное бдение, диавол пришел к нему в видении с целым полчищем бесов. Они принесли с собой веревки и, окружив келлию святого, как будто оцепили ее веревками и неистово кричали: «Потащим келлию и бросим ее в озеро». Но блаженный не устрашился, он вознес пламенную молитву к Богу об избавлении от напасти и говорил: «
Так при всех ухищрениях своих дух злобы не мог отвлечь преподобного от любви Христовой, удалить его с пустынного острова и, побежденный крепким дерзновением к Богу, оставил святого.
Ненависть людей также оказалась бессильной против подвижника, одинокого и безоружного, но сильного надеждой на Господа. Так, в одно время жившие против Столобного острова поселяне, завидуя святому, что он — дальний и чуждый пришелец — один владеет и пользуется островом, а они — соседние жители — не извлекают из него никаких выгод, пришли на остров рубить лес, чтобы потом сжечь его здесь же и распахать землю для посева. Преподобный умолял их: «Оставьте мне бор, по крайней мере, на одной горе». На этой горе была келлия его. Но они не послушали подвижника. Возбуждаемые бесовским внушением и завистью, крестьяне хотели совсем прогнать преподобного с уединенного острова или предать его смерти. Они вырубили весь лес, оставив одну только сосну близ жилища преподобного. Затем зажгли срубленные деревья, надеясь, что огонь дойдет до келлии святого и она сгорит. Действительно, огонь разлился по острову, с шумом и треском сжигая срубленные деревья, угрожая сосне, стоявшей близ келлии святого, и самой келлии и ее обитателю. Тогда святой Нил слезно молился Богу об избавлении от напасти, воспевая псалом Давида: