Прп. Нил обладал также даром совета и разума духовного. Поселянин Феодор Харитонов, живший нерадиво, пришел к нему, оскверненный плотским грехом. Преподобный, хотя и допустил его к себе, но обличил в грехе и дал ему наставление и увещание вести чистую жизнь. Слушая со вниманием наставления святого, Феодор пришел в страх Божий, начал часто навещать преподобного для душеполезных наставлений, провел остальное время жизни в целомудрии и чистоте и скончался добрым христианином. Для простого народа, косневшего во тьме невежества, прп. Нил был поистине светильником пресветлым. На уединенный Столобный остров, как прежде в пустыню Серемхскую, к подвижнику приходило множество народа, жаждавшего получить от него наставление, совет, утешение или молитвенную помощь. Особенно почитали святого и часто бывали на острове осташковские жители. Видя, какие чудеса творит Бог по молитвам угодника Своего преподобного Нила, благочестивые осташковцы с верою начали призывать угодника Божия на помощь и прибегать к его молитвам. Замечая на озере обуреваемых волнами пловцов, святой Нил своими молитвами укрощал ветры и избавлял плавающих от опасности потопления; и во всяких скорбях и напастях он был скорым помощником и утешителем для всех, призывавших имя его в подкрепление молитв своих.
Проводя дни и ночи в молитве и помышлении о Боге, прп. Нил не позволял себе и на краткое время ложиться на одр. Когда же доходил до крайнего изнеможения, то, стоя на коленях, для отдыха он опирался руками на два больших деревянных крюка, вбитые в стене его келлии. Прп. Нил живо содержал всегда смерть в памяти своей. Но чтобы еще более усилить память смертную, подвижник еще за много лет до кончины выкопал в часовне могилу и, поставив в ней вытесанный своими руками гроб, приходил к нем каждый день плакать о грехах своих.
Среди неослабных подвигов поста, бдения и молитв преподобный приблизился к исходу из сей временной жизни, и Господь даровал ему извещение об этом. Теперь подвижник усердно молил Бога, да сподобит его причаститься Святых Христовых Таин, и молитва его была услышана.
Вскоре после того, по устроению Божию, прибыл на остров Столобное для посещения преподобного настоятель Никольского Рожковского монастыря игумен Сергий, духовный отец подвижника, и принес с собою Святые Дары. Увидев отца духовного, преподобный исполнился великой радости. По его просьбе игумен Сергий исповедал и приобщил его Святых Таин. После того, беседуя с Сергием, прп. Нил исполнился пророческого вдохновения и сказал своему духовному отцу: «Отче святый! По моем отшествии к Богу на сем острове Бог воздвигнет храм в прославление Своего имени, и место сие будет жилищем иноков» (это сбылось через 40 лет по преставлении преподобного). Когда же игумен расставался с подвижником, то преподобный сказал ему: «Отче святый! Приди опять, посети меня грешного, приди Господа ради, приди». Игумен обещался посетить преподобного и отправился в свой монастырь.
Оставшись один, преподобный всю ночь провел в своей келлии на молитве. По окончании ее, почувствовав крайнее изнеможение, он оперся подмышками на крюки и в таком положении, предстоя пред Богом на молитве, уснул вечным сном. Кончина прп. Нила последовала 7 декабря 1554 года. На другой день игумен Сергий и братия пришли посетить подвижника и нашли его уже почившим. Лицо святого было светло, как у живого; вся келлия наполнилась благоуханием. Опрятав честное тело преподобного и совершив надгробное пение, игумен Сергий с братией положили его во гроб, который сам угодник поставил для себя в часовне. Всего преподобный прожил в пустыне 40 лет; у реки Серемхи — 13 лет и 27 — на Столобном острове. Во все это время он неисходно пребывал в пустыне: не выходил ни в город, ни в села, непрестанно молился Богу, Которого возлюбил от утробы матери своей и от Которого восприял за то блага, уготованные любящим Его.
Спустя немного лет по преставлении прп. Нила на Столобенский остров пришел иеромонах Герман — из братии близлежащего Николаевского Рожковского монастыря. Много слыша о жизни и подвигах прп. Нила, он питал к нему в душе великое благоговение и любовь и желал, пополнив сведения о святом, написать его житие. Поэтому несколько раз посещал он Столобенский остров как для молитвенного общения с преподобным, так и для того, чтобы слышанное о нем проверить и пополнить на месте свидетельствами лиц, знавших преподобного. В то время пустынный остров стали посещать любители уединения, и некоторые проживали в келлии прп. Нила довольно долгое время.
Первым поселился здесь игумен одного из новгородских монастырей Антоний, с которым Герман прожил вместе на острове три года. Пустынники возобновили над могилой преподобного часовню, а поверх могилы устроили гробницу и накрыли ее покровом. Прожив три года, Антоний и Герман оставили остров. В это время над мощами преподобного время от времени стали совершаться чудеса и знамения.