Громадный труд употребил святитель Николай в переводе на японский язык Священного Писания и богослужебных книг. И этот труд он один и мог только исполнить. По этому поводу он сам говорил: «Я не из гордости говорю, но по глубокому сознанию, что я действительно теперь могу лучше всякого другого заниматься переводом богослужебных книг. Я знаю русский и славянский языки, знаю и греческий, а потому могу сличать славянский текст с греческими оригиналами; знаю японский и китайский языки и потому могу излагать переводы. Наконец, я имею уже опытность в деле переводов, и потому мне лучше всего сосредоточить все свое внимание на удовлетворении именно этой, самой важной, нужды Церкви». И святитель с великим усердием трудился над этим делом. В течение 30 последних лет, минута в минуту, в шесть часов вечера входил в его келью его постоянный сотрудник по переводам Накаисан, садился рядом с архиепископом на низенький, аршина полтора в квадрате, табурет, на котором лежала подушка, называемая по-японски «забутон», и начинал писать под диктовку архиепископа переводы. Работа эта продолжалась в течение четырех часов и оканчивалась в 10 часов вечера. Откладывалась она только в дни вечернего богослужения и праздников. В часы работы над переводами двери келлии высокопреосвященного были абсолютно закрыты, и входил туда только слуга преосвященного Иван-сан, чтобы подать чаю. «Хотя бы небо разверзлось, — говорил владыка, — а я не имею право отменить занятий по переводу». И святитель перевел на японский почти весь Ветхий Завет, весь Новый Завет, весь круг богослужебных книг (Октоих, Триодь постную и цветную и все другие богослужебные книги), Православное вероисповедание свт. Димитрия Ростовского, Катихизис, Краткую Священную историю и многое другое. В этом случае он один сделал то, чего не смогли бы так сделать десятки других в течение многих лет. Благодаря его трудам на японском языке совершается все православное богослужение во всем его годовом разнообразии, благодаря его трудам Японская Церковь читает слово Божие на своем родном языке.
Кроме сего святитель устроил прекрасную православную библиотеку. «Библиотека Православной Японской Миссии, — пишет собеседник святителя Д. Позднеев, — представляет собою поистине удивительное учреждение. Каким образом архиепископ Николай успел собрать такую чудную коллекцию книг, известно одному Господу Богу! Библиотека эта помещается в специальном здании, построенном со всеми противопожарными приспособлениями, какие только возможны. Одних европейских книг в ней насчитывается свыше 12 тысяч названий, из коих большинство на русском языке, но много также книг английских, французских, немецких. Независимо от этого существуют также особые коллекции книг — японская и китайская. Миссийская библиотека является удивительнейшим доказательством аккуратного и любовного отношения почившего архиепископа к миссийскому делу и к миссийской собственности. Каждая получавшаяся книга не только заносилась им собственноручно в каталог, но после переплета он даже сам наклеивал ярлыки и ставил книги на полку. Библиотека до сих пор в глазах православных японцев составляет как бы святилище, куда доступ разрешается только лицам, преданным научным знаниям и стяжавшим полное доверие архиепископа. До самых последних лет архиепископ собственноручно в назначенные часы выдавал книги из этой библиотеки, собственноручно записывал их в отпускной журнал и собственноручно делал отметки о возвращении. Ясно, что при таком порядке библиотека оставалась и остается в идеальном порядке и сохранности. Только в самое последнее время выдача и получение книг доверяется владыкой ректору семинарии Сэнума».
Основаны владыкой православные японские журналы: «Православный Вестник» («Сэикёо симпоо»), «Православная Беседа» («Сэикёо ёова»), издавались также и другие. Под руководством святителя Николая переведены на японский язык все наши лучшие богословские сочинения, издано много и других книг. Есть богословские православные сочинения, написанные самими японцами.
Все это совершено святителем среди крайней скудости средств, без особенной посторонней помощи, единственно своим упорным, не знавшим отдыха, трудом, твердостью своего железного характера, постом, молитвой и всесильной помощью Божией.