Внутреннее состояние Церкви Японской, созданной святителем, таково. Все православное население разделено на общины, во главе которых стоят священники. Ежегодно архиепископ объезжает эти общины. При посещении каждого прихода община собирала совет, и здесь вместе с архиепископом решали свои дела. Кроме того, в каждой общине периодически происходят собрания, где клир и народ вместе беседуют, молятся, слушают поучения и рассуждают о своих приходских нуждах. Высшей же инстанцией церковного управления являются Соборы. Они собираются ежегодно, попеременно то в Токио, то в Осака в конце июня. Сюда собираются духовенство, катихизаторы и выборные от мирян. Собор собирается в церкви, у амвона для архиепископа и старших священников ставят стол, а прочие садятся на полу. Архиепископ открывает заседание молитвой и поучением; затем читается отчеты о состоянии приходов, решаются важнейшие вопросы по устройству и управлению Японской Церковью, производятся выборы священника, назначаются катихизаторы. О внутреннем состоянии своей Церкви святитель говорил так: «Как в первоначальной Церкви проповедь Христова учения сначала была устной, а потом в помощь и утверждение ей являлась проповедь письменная, так точно было и у нас. В помощь проповеди с первых времен Церкви основалось общество переводчиков, первоначальником которых явился сендайский молодой ученый Савва Хорие; трудами переводчиков образовалась наша уже весьма значительная богословская литература. Явились издатели журналов и писатели, произведения которых составляли порядочную литературу оригинальных сочинений, по преимуществу брошюр. Женская половина нашей Церкви также являет на себе ясные следы попечения Божия о ней. Учащие наших женских школ в главном составе своем суть жены, навсегда и всецело посвятивший себя Богу, те же монахини, кроме монашеского одеяния; без помощи воодушевляющей благодати Божией не возможны такая решимость и такая преданность в служении Божьему делу. Воспитавшиеся под их влиянием ныне жены церковнослужащих или еще девицы везде по церквам ревностно и разнообразно помогают церковному делу, т. е. благочестивые жены Японской Церкви совершают то же служение, которое совершали благочестивые жены Церкви первоначальной. Женское же усердие и искусство украшает наши храмы иконами, как вот эти, что на стенах храма, и как множество других во многих иконостасах провинциальных церквей. Наконец, Господь наш Иисус Христос, Сам воспевший со Своими учениками в Сионской горнице, украсил Свою Церковь таким прекрасным пением, которое мы слышим здесь и которым возбуждается и питается наше молитвенное настроение. Не без Божией помощи наставники и руководители его ведут это дело и все участвующие в нем исполняют его. Отсюда они, вместе с кончающими здесь учение и поступающими в церковную службу, переходят в другие церкви и приносят духовную пользу.
О наших служащих в Церкви вообще я должен сказать следующее. Наши священнослужители и проповедники, наставники и наставницы, переводчики и писатели, учителя пения и псаломщики суть люди таких нравственных качеств и, большей частью, таких способностей и образований, что могли бы с большими мирскими выгодами для себя служить на гражданских поприщах; на церковной же службе у них нет решительно никаких выгод; у каждого из них едва струится тощий дымок из кухни; они со своими семьями едва питаются, едва имеют во что одеться; ни наград, ни повышений, никаких приманок у них нет впереди. Что же удерживает их на сей службе, заставляет пренебрегать всеми мирскими благами из-за нее? Что, как не Бог Своим таинственным благодатным внушением! И, кстати сказать, счастливы они, что есть у них в душе то чистое, высокое, к чему может коснуться перст Божий, чтобы разбудить их, возжечь их ревность и делать их светочами для людей».
Но бедность священников и катихизаторов сильно угнетала святителя.