К общей скорби жителей Кронштадта во второй период своей жизни, период своей всероссийской славы, о. Иоанн должен был оставить преподавание Закона Божия в Кронштадтском городском училище и в Кронштадтской классической гимназии, где он преподавал свыше 25 лет. А был он замечательным педагогом-законоучителем. Он никогда не прибегал к тем приемам преподавания, которые часто имели место тогда в наших учебных заведениях, то есть ни к чрезмерной строгости, ни к нравственному принижению неспособных. У о. Иоанна мерами поощрения не служили отметки, ни мерами устрашения — наказания. Успехи рождало теплое, задушевное отношение его как к самому делу преподавания, так и к ученикам. Поэтому у него не было «неспособных». На его уроках все без исключения жадно вслушивались в каждое его слово. Урока его ждали. Уроки его были скорее удовольствием, отдыхом для учащихся, чем тяжелой обязанностью, трудом. Это была живая беседа, увлекательная речь, интересный, захватывающий внимание рассказ. И эти живые беседы пастыря-отца со своими детьми на всю жизнь глубоко запечатлевались в памяти учащихся. Такой способ преподавания он в своих речах, обращаемых к педагогам перед началом учебного года, объяснял необходимостью дать отечеству прежде всего человека и христианина, отодвигая вопрос о науках на второй план. Нередко бывали случаи, когда о. Иоанн, заступившись за какого-нибудь ленивого ученика, приговоренного к исключению, сам принимался за его исправление. Проходило несколько лет и из ребенка, не подававшего, казалось, никаких надежд, вырабатывался полезный член общества. Особенное значение о. Иоанн придавал чтению житий святых и всегда приносил на уроки отдельные жития, которые раздавал учащимся для чтения на дому.
Но этот славный подвиг плодотворного законоучительства о. Иоанн должен был оставить ради еще более плодотворного и широкого подвига своего всероссийского душепопечения.
Надо только представить себе, как проходил день у о. Иоанна, чтобы понять и прочувствовать всю тяжесть и величие этого его беспримерного подвига. Вставал о. Иоанн в три часа ночи и готовился к служению Божественной литургии. Около четырех часов он отправлялся в собор к утрени. Здесь его уже встречали толпы паломников, жаждавших получить от него хотя бы благословение. Тут же было и множество нищих, которым о. Иоанн раздавал милостыню. За утреней о. Иоанн непременно сам всегда читал канон, придавая этому чтению большое значение. Перед началом литургии была исповедь. Исповедь, из-за громадного числа желавших исповедаться у о. Иоанна, была им введена, по необходимости, общая. Производила она, эта общая исповедь, на всех участников и очевидцев потрясающее впечатление: многие каялись вслух, громко выкрикивая, не стыдясь и не стесняясь, свои грехи. Андреевский собор, вмещавший до пяти тысяч человек, всегда бывал полон, а потому очень долго шло причащение, и литургия раньше 12 часов дня не оканчивалась. Служба о. Иоанна представляла собой непрерывный горячий молитвенный порыв к Богу. Во время службы он был воистину посредником между Богом и людьми, ходатаем за грехи их, был живым звеном, соединявшим Церковь земную, за которую он предстательствовал, и Церковь Небесную, среди членов которой он витал в те минуты духом. Чтение о. Иоанна на клиросе было не простым чтением, а живой восторженной беседой с Богом и с Его святыми: читал он громко, отчетливо, проникновенно, и голос его проникал в самую душу молящихся. А за Божественной литургией все возгласы и молитвы произносились им так, как будто своими просветленными очами лицом к лицу видел он пред собою Господа и разговаривал с Ним. Слезы умиления лились из его глаз, но он не замечал их. Видно было, что о. Иоанн во время Божественной литургии переживал всю историю нашего спасения, чувствовал глубоко и сильно всю любовь к нам Господа, чувствовал Его страдания. Такое служение необычайно действовало на всех присутствующих. Не все шли к нему с твердой верой: некоторые — с сомнением, другие — с недоверием, а третьи — из любопытства. Но здесь все перерождались и чувствовали, как лед сомнения и неверия постепенно таял и заменялся теплотою веры. Причащающихся после общей исповеди бывало всегда так много, что на святом престоле стояло иногда несколько больших Чаш, из которых несколько священников приобщали верующих одновременно. И такое причащение продолжалось нередко более двух часов.
Во время службы письма и телеграммы приносились о. Иоанну прямо в алтарь, и он тут же прочитывал их и молился о тех, кого просили его помянуть.
После службы, сопровождаемый тысячами верующих, о. Иоанн выходил из собора и отправлялся в Петербург по бесчисленным вызовам к больным. И редко когда возвращался домой ранее полуночи. Надо полагать, что многие ночи он совсем не имел времени спать.
Так жить и трудиться можно было, конечно, только при наличии сверхъестественной благодатной помощи Божией.