Но и самая слава о. Иоанна была его величайшим подвигом, тяжким трудом. Подумать только, что ведь всюду, где бы он ни показался, около него мгновенно вырастала толпа жаждавших хотя бы прикоснуться к чудотворцу. Почитатели его бросались даже за быстро мчавшейся каретой, хватая ее за колеса с опасностью быть изувеченными.
По желанию верующих о. Иоанну приходилось предпринимать поездки в разные города России. Эти поездки были настоящим триумфом смиренного Христова служителя. Стечение народа определялось десятками тысяч, и все бывали объяты чувствами сердечной веры и благоговения, страхом Божиим и жаждой получить целительное благословение. Во время проезда о. Иоанна на пароходе толпы народа бежали по берегу, многие при приближении парохода становились на колени. В имении Рыжовка, около Харькова, где поместили о. Иоанна, уничтожены были многотысячной толпой трава, цветы, клумбы. Тысячи народа проводили дни и ночи лагерем около этого имения. Харьковский собор во время служения о. Иоанна 15 июля 1890 года не мог вместить молящихся. Не только весь собор, но и площадь около собора не вместила народа, который наполнял даже все прилегающие улицы. В самом соборе певчие принуждены были поместиться в алтаре. Железные решетки оказались всюду сломанными от давки. 20 июля о. Иоанн совершал молебен на Соборной площади — народу было более 60 тыс. Точно такие же сцены происходили в поволжских городах: в Самаре, Саратове, Казани, Нижнем Новгороде.
О. Иоанн находился в царском дворце в Ливадии при последних днях жизни императора Александра III, и самая кончина государя последовала в его присутствии. Больной государь встретил о. Иоанна словами: «Я не смел пригласить вас сам. Благодарю, что вы прибыли. Прошу молиться за меня. Я очень недомогаю». Это было 12 октября 1894 года. После совместной коленопреклоненной молитвы государя наедине с о. Иоанном последовало значительное улучшение здоровья больного и явились надежды на его полное выздоровление. Так продолжалось пять дней; 17 октября началось снова ухудшение, и в этот день государь сподобился вторично приобщиться Святых Таин из рук отца Иоанна Кронштадтского. «Я не считал своей миссии выполненной, — говорил о. Иоанн, — доколе сам не причащу высокого больного. Я нуждаюсь крайне сам в ежедневном причащении Святых Таин и почитаю за великое лишение, если не причащусь; так же больной человек нуждается в этом все оживотворяющем таинстве, если не всякий день, то через некоторый промежуток, и я, отслужив 17 октября литургию в присутствии высочайших особ, отправился с Чашею Жизни вместе с протодиаконом в карете во дворец к болящему. Вошедши со Святой Чашей в помещение его, я вслух произнес слова из церковной песни: «Се входит Царь славы, се жертва тайная совершенно дориносится, верою и любовию приступим, да причастницы жизни вечныя будем»». Государь получил большое утешение благодатью Христовой. В последние часы своей жизни государь говорил о. Иоанну: «Вы — святой человек. Вы — праведник. Вот почему вас любит русский народ». «Да, — отвечал о. Иоанн, — ваш народ любит меня». «Любит, — ответил государь, — потому что он знает, кто вы и что вы» (подлинные его слова). Умирая, по принятии Святых Таин и таинства елеосвящения, государь просил о. Иоанна возложить свои руки на его голову, говоря ему: «Когда вы держите руки свои на моей голове, я чувствую большое облегчение, а когда отнимаете, очень страдаю — не отнимайте их». О. Иоанн так и продолжал держать свои руки на голове умирающего царя, пока царь не предал душу свою Богу.
Достигнув высокой степени молитвенного созерцания и бесстрастия, о. Иоанн спокойно принимал богатые одежды, преподносимые ему его почитателями, и облачался в них. Это ему даже и нужно было для прикрытия своих подвигов. Полученные же пожертвования раздавал все, до последней копейки. Так, например, получив однажды при громадном стечении народа пакет из рук купца, о. Иоанн тотчас же передал его в протянутую руку бедняка, не вскрывая даже пакета. Купец взволновался: «Батюшка, да там тысяча рублей!» — «Его счастье», — спокойно ответил о. Иоанн. Иногда, однако, он отказывался принимать от некоторых лиц пожертвование. Известен случай, когда он не принял от одной богатой дамы 30 тыс. рублей. В этом случае проявилась прозорливость о. Иоанна, ибо эта дама получила эти деньги нечистым путем, в чем после и покаялась.
Был о. Иоанн замечательным проповедником, причем говорил он весьма просто и чаще всего без особой подготовки — экспромтом. Он не искал красивых слов и оригинальных выражений, но проповеди его отличались необыкновенной силой и глубиной мысли, а вместе с тем и исключительной богословской ученостью, при всей своей доступности для понимания даже простыми людьми. В каждом слове его чувствовалась какая-то особенная сила, как отражение силы его собственного духа.