Особо следует остановиться на взаимоотношениях великого русского подвижника XVI века преподобного Александра Свирского († 1535; память 30 августа/12 сентября) и святителя Макария. Преподобный Александр подвизался в пределах Новгородской епархии и был знаком святителю Макарию еще по новгородскому архипастырству. Святитель чтил преподобного за его труды и подвиги, которые Сам Господь почтил Тройческим снисхождением — посещением. Перед кончиной преподобный Александр поручил святителю Макарию свою братию и монастырь, испрося для святителя от Бога прощение. Через 12 лет после кончины преподобного митрополит Макарий повелевает игумену Иродиону написать житие преподобного, а еще через два года Александр Свирский канонизируется на Соборе 1547 года, т. е. всего через 14 лет после кончины. Святитель Макарий, таким образом, принадлежал одновременно и к числу тех, кто канонизовал преподобного Александра, и к числу тех, с кем он был лично знаком. В Покровском же соборе (храм Василия Блаженного) устроен был и первый храм в честь преподобного, освященный святителем Макарием в 1560 году. С именем преподобного Александра и святителя Макария связана одна повесть, поведанная игуменом Иродионом — автором жития преподобного Александра. «В одну ночь, когда я, смиренный Иродион, стоял в келлии своей за обычным своим правилом, то в убогой молитве моей задремал и прилег на постели моей полежать и уснул. И вот явился внезапно в окне келлии свет сильно светящий. Я же, вскочив, наклонился к окну, желая увидеть, что там, и увидел свет некий весьма светящий по всему монастырю, а от церкви Покрова Пресвятой Богородицы увидел идущего преподобного отца Александра по монастырю вокруг церкви Святой Троицы, а в руках несущего Животворящий Крест Господень; перед ним же шли отроки, в белую одежду облаченные, а в руках несшие горящие свечи. И вот слышу преподобного отца Александра, тихим голосом говорящего: «Макарий, иди следом за мной, и я покажу тебе место на воротах монастыря, на нем я хочу, чтобы воздвигнута была церковь Николая Мирликийского чудотворца». Я же внимательно слушал голос тот, и вот вижу: два мужа зело светолепно вслед святому идущих, и ведут коня, запряженного в сани, а в них сидящего Макария, митрополита Московского (тот, что раньше был архиепископом Великого Новгорода, и знаком был тогда преподобному), а в руках своих держащего образ святого Николая Чудотворца, а око его правое было закрыто. Я же, все это увидев, страха и радости исполнился, выбежал быстро из келлии и как только догнал митрополита Макария, поклонился ему и спросил его, говоря: «О, святой владыко, поведай мне, почему у тебя закрылось правое око?» Он же, ответив, сказал мне: «Чадо, грехов моих ради сие сотворил мне Бог». И услышал опять преподобного Александра, зовущего к себе митрополита, который скоро двинулся вослед преподобного. Когда же преподобный подошел ко дверям Троицкой церкви и назнаменовал ее честным крестом, тотчас отверзлись двери и вошли они оба в церковь; и опять затворились двери церковные, и уже более не были видимы».
Увиденное игуменом Иродионом о митрополите Макарии вскоре исполнилось. 21 июня 1547 года в Москве случился пожар страшной силы, дотоле еще небывалый: загорелась церковь Воздвижения на Арбате при сильной буре, огонь потек, как молния, спалил на запад все, вплоть до Москвы-реки у Семчинского сельца, крыши на царском дворе, казенный двор, Благовещенский собор; сгорела Оружейная палата с оружием, Постельная палата с казною, двор митрополичий, по каменным церквам сгорели иконостасы и людское добро, которое хранили в это время по церквам. В Успенском соборе уцелел иконостас и все сосуды церковные; митрополит Макарий едва не задохся от дыма в соборе, он вышел из него, неся образ Богородицы, написанный святителем Петром, митрополитом, за ним шел протопоп и нес церковные правила. Все сопровождавшие митрополита умерли от ожогов и удушья на площади перед собором. Митрополит Макарий чудом спасся. Он ушел было сначала на городскую стену, на тайник, проведенный к Москве-реке, но здесь не мог долго оставаться от дыма; его стали спускать с тайника на канате на взруб к реке, канат оборвался и он, 65-летний старец, сильно расшибся, едва мог прийти в себя, и был отвезен в Новоспасский монастырь. Кремлевские монастыри — Чудов и Вознесенский — сгорели; в Китай-городе сгорели все лавки с товарами и все дворы. За городом — большой посад по Неглинной, Рождественка — до Никольского Драчевского монастыря; по Мясницкой пожар шел до церкви святого Флора, на Покровке — до церкви святого Василия, народу сгорело 1700 человек. Святителю Макарию опалило глаза так, что правое око его перестало видеть.
После пожара началось восстановление Москвы. Строятся новые церкви. Святитель Макарий храмы освящает сам. Он рассылал грамоты с повелением строить храмы и в других городах: в Костроме, в Тихвинском монастыре, в Пскове. Заботясь о всей земле Русской, святитель заботится и о каждом человеке, милостиво относится к отдельным, даже заблудшим, чадам Церкви.