Пробыв восемь лет послушником в Саровской обители, 13 августа 1786 года Прохор был пострижен в монашество настоятелем о. Пахомием; назван без его выбора Серафимом, столь удачно выражающим его подлинно пламенную любовь к Богу и стремление ревностно Ему служить. В этом же 1786 году посвящен в иеродиакона и 6 лет и 10 месяцев почти непрерывно служил. Служил он со страхом и трепетом и полным умилением, с сердечным сокрушением, глубокой верой и полной отрешенностью от всего земного. Был зрителем Ангелов в образе молниеносных юношей и слышал прекрасные голоса пения. В Великий Четверг было видение после молитвы «Сотвори со входом нашим входу св. Ангелов быти, сослужащих нам и сославословящих Твою благость». Когда после пения тропарей преподобный произнес: «Господи, спаси благочестивыя» — и, стоя в царских вратах, навел орарь на молящихся с возгласом: «И во веки веков», — внезапно его осенил светлый луч. Подняв глаза, преподобный Серафим увидел Господа Иисуса Христа, идущего по воздуху от западных дверей храма в окружении Небесных Бесплотных Сил. Дойдя до амвона, Господь благословил всех молящихся и вступил в местный образ справа от царских врат. Прп. Серафим в духовном восторге не мог ни слова проговорить, ни сойти с места. Его увели под руки в алтарь, где он простоял еще три часа, меняясь в лице от озарявшей его великой благодати. После видения преподобный усилил подвиги: днем он трудился в обители, а ночи проводил в молитве в пустынной лесной келлии. 15 лет был в монастыре прп. Серафим в таких подвигах. 2 сентября 1793 года, в возрасте 39 лет, был посвящен в иеромонахи. Душа его стремилась к уединению, и был еще и внешний повод — тяжелый недуг от стояния на молитве — опухоль, гнойные раны ног. После кончины настоятеля отца Пахомия прп. Серафим, имея его предсмертное благословение на новый подвиг — пустынножительство, взял также благословение у нового настоятеля отца Исаии и 20 ноября 1794 года ушел на холм в сосновом лесу на берегу реки Саровки, в 5–6 верстах от монастыря. Здесь он предавался уединенным молитвам, сам себе добывая пропитание — около келлии преподобный развел огород и устроил пчельник. Насекомые жестоко кусали его тело, так что оно распухало, синело и запекалось кровью. Зимой он заготавливал дрова. Келлия его состояла из одной комнаты с одним маленьким окном, были сени, крылечко, икона, печка, обрубок дерева вместо стола, кувшин для сухарей — вот убранство ее, а также огород, забор, пчельник. Это была «дальняя пустынька». Преподобный назвал евангельскими именами места, окружавшие ее: св. Иерусалим, гора Елеонская, Вифлеем, Иордан, Фавор, Голгофа. Одежда святого зимой и летом была одна и та же: камилавка, балахон на плечах из белого полотна, кожаные рукавицы, кожаные бахилы и лапти.
На груди крест — благословение матери, сумка, и там — св. Евангелие. Накануне воскресных и праздничных дней он приходил в обитель. Слушал вечерню, бдение, за ранней литургией причащался Св. Таин в больничной церкви святых Зосимы и Савватия. Затем до вечерни он оставался в своей монастырской келлии и принимал приходивших к нему из братии за советом и наставлениями. Во время вечерни, когда братия уходили в церковь, преподобный, захватив с собою хлеба на неделю, удалялся в свою пустыньку. Он питался хлебом и, любя зверей и птиц, кормил их. Даже видели огромного медведя, который, как овечка, с руки брал хлеб. Употреблял прп. Серафим с огорода картофель, свеклу, лук, потом усилил пост, отказывался от вкушения хлеба и употреблял лишь свои овощи. А три года питался травой снитью.
Всю первую неделю Великого поста он проводил в обители и совсем ничего не вкушал. При этом посте «плоть постящегося становится тонкой и легкой. Духовная жизнь приходит в совершенство и открывает себя чудными явлениями, внешние чувства точно закрываются, и ум, отрешась от земли, возносится к небу и всецело погружается в созерцание мира духовного».