По окончании молитвы два священнослужителя, сойдя в склеп, подложили под исподнюю, уцелевшую доску гроба, лентионы, концы которых подали стоявшим по бокам могилы священникам. Наступила самая торжественная минута, наполнившая трепетом духовного восторга сердца присутствовавших: при непрерывном и тихом пении священнослужителей «Господи, помилуй» мощи святителя Митрофана на лентионах медленно поднимались из земли, где покоились 128 лет. Когда они были изнесены из могилы, епископы с помощью священнослужителей положили их в новую кипарисную раку и покрыли покровом. Затем все находившиеся в соборе, во главе со святителями, воздали земным поклонением благоговейное чествование новоявленному чудотворцу. Сейчас же началось молебное пение святителю Митрофану; во время пения тропаря, после вторичного земного поклонения честным мощам, двенадцать священников подняли раку, и по возглашении архиепископа Григория «с миром изыдем», в предшествии крестного хода и всего духовенства, с пением тропаря святителю торжественное шествие с честными мощами двинулось из Благовещенского собора в Архангельский, куда переносили святые мощи лишь на время исправления Благовещенского собора. Многочисленный народ, стоявший по пути в благоговейном ожидании появления раки с мощами святого Митрофана, при виде ее опускался на колени, воссылая горячие, слезные молитвы к новому предстателю за грешный мир перед Богом. Обойдя кругом Благовещенского собора, крестный ход с честными мощами направился в Архангельский собор, и здесь они были поставлены на ранее приготовленном перед алтарем возвышении. По окончании молебного пения была совершена малая вечерня, крестные же ходы возвратились обратно в свои церкви. В шесть часов вечера раздался благовест соборного колокола, призывавший ко всенощному бдению, которое с особенной торжественностью отправлялось в Архангельском соборе, где была поставлена рака с мощами святителя Митрофана. Во время полиелея многочисленный священный собор во главе с епископами вышел из алтаря на средину храма и окружил раку с мощами; перед пением величания святителю открыли раку. После прочтения Евангелия происходило благоговейное лобызание честных мощей, которое продолжалось и по окончании всенощного бдения: всю ночь собор не был заперт, чтобы дать возможность тысячам народа поклониться честным мощам угодника Божия, причем для назидания усердных почитателей памяти святителя читалось его духовное завещание, обращенное к пастве.
На другой день, 7–го августа, в 10–м часу утра началась в Архангельском соборе поздняя литургия, которую с многочисленным собором совершали святители Григорий и Антоний. На малом входе при пении «Приидите, поклонимся» священнослужители подняли раку с мощами угодника Божия, через царские двери внесли ее в алтарь и поставили на горнем месте, лицом к святому престолу; епископы стояли по бокам, как сослужащие. И невольно присутствовавшим казалось, что возвратилось далекое прошлое, когда святитель Митрофан священнодействовал среди паствы своей.
По окончании литургии и изнесении мощей снова на средину храма совершено было святителю Митрофану молебное пение с коленопреклонением. Затем мощи были поставлены ближе к южным боковым дверям алтаря соборного храма для всеобщего чествования. В продолжении недели, с 7–го августа по 14–е, в Архангельском соборе архиепископом Воронежским Антонием совершались ежедневно торжественные богослужения, а при мощах святителя Митрофана — молебствия. В это же время император Николай Павлович, подробно извещенный об открытии мощей святителя Митрофана, почитая новоявленного угодника Божия, прислал для возложения на его раку золотой покров, а спустя сорок дней после открытия мощей сам прибыл в Воронеж, чтобы поклониться честным мощам его святого первопрестольника.
День прославления святителя Митрофана Господь ознаменовал обильным излиянием чудес на всех, с верою притекавших к цельбоносной раке и искавших врачевства недугов душевных и телесных, что еще более увеличивало торжественную радость праздника. Многие из этих чудес сохранились лишь в благодарной памяти получивших благодатную помощь святителя Митрофана, но некоторые дошли до епархиальной власти «в определенной и правильно засвидетельствованной известности». Из них приведем следующие.
Дворовый человек Петр Юрьев, совершенно глухонемой от рождения, ко дню открытия мощей святителя Митрофана был прислан в Воронеж. Приложившись к мощам угодника Божия, он стал слышать и говорить, но, не зная названия вещей, сначала только повторял слова, произносимые другими. В следующем месяце он начал уже учиться азбуке.