В столь тяжелую годину патриарх Иоаким дал в руководители Унженской обители никого иного, как святого Митрофана, надеясь, что он сумеет укрепить веру и вселить мир в смятенных сердцах братии и множества богомольцев, приходивших на поклонение чудотворцу Макарию. И действительно, обитель получила теперь себе надежного и опытного руководителя. Святой Митрофан управлял Унженским монастырем почти семь лет. Здесь, как и в Яхромской обители, его трудами был сооружен в честь Благовещения Пресвятой Богородицы теплый каменный храм с трапезой и колокольней, причем святой украсил его утварью и иконами; некоторые из местных икон сохранились от того времени доныне. Церковь была освящена в 1680 году, через три года после закладки; за благословенной грамотой на освящение храма святой Митрофан ездил лично в Москву зимой этого года. В храме прп. Макария, основателя обители, находится образ Спасителя с надписью: «1680 года, по обещанию монаха Митрофана».
Эти памятники благочестивого храмоздательства свидетельствуют о горячей любви святого Митрофана к благолепию дома Божия. К сожалению, нет сведений, которые изображали бы нам деятельность святого игумена, направленную к созиданию храма Божия в душах вверенного ему словесного стада. Но что она была благотворна, об этом красноречиво говорит то доверие, какое питал патриарх Иоаким к Унженскому игумену. Видя, вероятно, как он мудро правит своею обителью, патриарх поручил ему исполнение важных дел, лежащих на обязанности других лиц. В 1677 году, по повелению патриарха Иоакима, Унженский игумен «дозирал святыя церкви в ветлужских селах». В том же году, по приказанию патриарха, он совместно с поповскими старостами отбирал в городах Галиче и Юрьевце Повольском с уездами, в монастырских, соборных, приходских и ружных церквах старопечатные служебники, а вместо них раздавал безденежно служебники новой печати. Вскоре святой Митрофан получил новое, уже постоянное служебное назначение. Он был поставлен десятильником. Унженская обитель принадлежала к обширной Галицкой десятине патриаршей епархии. Десятильничий двор, где сосредоточивалось управление этой десятиной, был в городе Галиче, отдаленном от обители. Обширность десятины и многочисленность входивших в нее церквей создавали большое неудобство в надзоре за духовенством. Поэтому в 1680 году, незадолго до оставления святым Митрофаном настоятельства в Унженской обители, из Галичской десятины были выделены и вновь образованы две особые десятины: Усольская и Унженская. Заведывание Унженской десятиной, в состав которой вошло 94 церкви, было поручено игуменам Макарьева монастыря. В городе Унже был устроен «десятильничий двор», или приказ духовных дел, где председательствовали Унженские игумены. Святой Митрофан, таким образом, был первым десятильником Унженской десятины.
Богоугодная жизнь святого Митрофана привлекала к нему почитателей, которые выражали свое уважение к Унженскому игумену пожертвованиями в его монастырь. Среди них по любви к святому и щедрым пожертвованиям в обитель выдавался приближенный к царю боярин Богдан Матфеевич Хитрово. До сих пор сохранились вклады этого боярина и жены его Марины: икона преподобного Макария Унженского, пожертвованная «по обещанию» в 1679 г., напрестольное Евангелие, подаренное царем Феодором Алексеевичем боярину, а им после сооружения богатого оклада отданное в Унженскую обитель, и синодик «для вечного поминовения» родителей Хитрово. И игумен Митрофан любил боярина за любовь его к обители.
Во время настоятельства святого Митрофана икону преподобного Макария, находившуюся на его гробнице, приносили, по распоряжению благочестивого царя, из Унженского монастыря в Москву, во дворец. Царь «со всем своим пресветлым домом» воздал честной иконе, «яко самому великому угоднику Божию Макарию», поклонение, совершив перед нею «молебныя пения». Потом он приказал сделать на икону новое украшение из золота и серебра, которые были выданы из царских сокровищ. Отпуская обратно честную икону, царь провожал ее со своим «синклитом с пением и со священным чином до уреченного места». Нет сомнения, что икону сопровождал в Москву сам настоятель обители святой Митрофан. Личные свидания набожного царя со святым старцем и беседы с ним западали в его душу, и царь относился к подвижнику с глубоким уважением. Об этом свидетельствуют многочисленные царские грамоты, дарованные Унженскому монастырю в то время, когда настоятелем его был святой Митрофан: в этих грамотах или вновь жаловались, или подтверждались прежние льготы обители.