К белому духовенству своей епархии святитель Митрофан относился так же строго и справедливо и в то же время участливо и отзывчиво. Пламеневший духом пастырской ревности, он стремился зажечь ее огонь и в сердцах подчиненных пастырей, рассуждая, что «простец согрешивый за свою едину душу ответ даст Богу, а иерей — за многих паствы своей». «Молением» и «наказанием» боролся святитель с недугами, которыми болели воронежские пастыри. Среди них было много людей недостойных, подававших пастве дурной пример пьянством и «безчинною» жизнью, обвинявшихся даже в воровских и разбойных делах, самовольно отлучавшихся от приходов, в которых долгое время не совершалось богослужения и не исправлялось треб. Виноватых в такого рода проступках святой Митрофан или «смирял» монастырским наказанием и снимал с них скуфью, то есть запрещал священнослужение, или даже лишал священства, отбирая ставленные грамоты, чтобы не была поругаема благодать Божия. Для предупреждения таких печальных явлений в жизни духовенства святитель со строгим выбором относился к ставленникам на освободившиеся священнические места, причем и из других епархий принимал только тех священников, которые имели отпускные грамоты от своих епископов. Наряду с мерами прещения святитель обращался к пастырям и со словом назидания — внушал им «поучать непрестанно (прихожан) от Божественного Писания», наблюдать за благочестивым хранением ими святых дней Четыредесятницы, за исполнением христианского долга исповеди и приобщения Святых Таин.
Строго относившийся к порокам священно- и церковнослужителей, святитель был отзывчив к их нуждам. Забитое и бесправное духовенство Воронежской епархии находило в своем епископе усердного и могущественного защитника. В нередких случаях обид со стороны мирян он доносил о виновных в «озорничестве к священному чину» светской власти или же сам отлучал «ругателей» от входа в церковь и от святыни до тех пор, пока виновный придет в покаяние, попросит прощение и помирится со священником. Насколько сильно любил святитель тех из духовных лиц своей епархии, которые безупречно исполняли обязанности своего служения, видно из его духовного завещания. Здесь в словах, полных любви и смирения, он просит своего преемника на кафедре «не оскорбить и не утеснить» его ближайших помощников по управлению епархии, которые «подъяли труды великие».
Как заботился святитель Митрофан о спасении мирян, об этом, к сожалению, не сохранилось достаточных известий. Нет сомнения, что святитель был вынужден вести тяжелую и упорную борьбу с нравственными нестроениями, которые изобиловали среди его своевольной паствы. Но имеются сведения, правда отрывочные, лишь об усиленном стремлении святителя Митрофана укрепить семейную жизнь своих пасомых, в которой особенно заметно и особенно пагубно было уклонение от нравственного закона. Он поставил под строгое наблюдение Церкви основу семьи — брак, чтобы предотвратить широко распространенное в его сбродной пастве сожительство без церковного благословения или браки донских казаков с воронежскими жительницами без благословения родителей. Чтобы укрепить в пасомых мысль о святости брачного союза, святой Митрофан с особенною осмотрительностью давал разрешение на развод; между тем, с просьбами о расторжении брака к святителю нередко обращались его пасомые, усвоившие на развод столь же легкомысленный взгляд, как и на самый брак. Для лиц распущенных, осквернявших семейный очаг, святитель употреблял суровые меры наказания в духе того времени: развратный помещик, вытребованный святителем в духовный приказ, по его распоряжению был посажен «за пристава», а потом, закованный в цепи, отправлен в хлебопекарню Успенского монастыря. Но эти строгие наказания налагались святителем только в исключительных случаях, когда не было смягчающих вину обстоятельств, с которыми святой епископ всегда сообразовался. Так, известен случай, когда он отменил на этом именно основании наказание, наложенное его судным приказом.
Заботясь о чистоте нравов своих пасомых, святой Митрофан вооружался против народных увеселений, носивших в то время безнравственный характер. Один указ его времени запрещает качанье на качелях, «бесовские игры», пляски и плескание руками, ибо эти богомерзкие дела противны нашему Спасителю и угодны супостату диаволу.