За истовое и благолепное богослужение святителя Благовещенский собор сделался любимым храмом постоянных и временных жителей Воронежа: среди вкладчиков собора, внесших имена своих почивших родных в синодик, находятся москвичи, ярославцы, зарайцы. Встречаются имена и знатных людей времени святого Митрофана, например, Льва Кирилловича Нарышкина (дяди царя Петра по матери), Феодора Аврамовича Лопухина (тестя царя), Тихона Николаевича Стрешнева (ближнего боярина государя).
Недолго просуществовал Благовещенский собор: спустя 14 лет по смерти своего создателя (ок. 1717 г.) он обрушился от близости рвов, а главное — от нетвердости фундамента. Это печальное событие по действию Промысла Божия послужило, как увидим далее, к явлению славы Божией.
Любя храм Божий и убежденный в глубоком значении его для усвоения истин веры и добрых нравов народом, святой Митрофан сумел вдохнуть эту любовь и своей пастве. Во время его управления в Воронежской епархии происходила оживленная церковно–строительная деятельность, и число храмов по сравнению с прежним увеличилось более чем на четверть.
Для новоучрежденной Воронежской епархии деятельность святого Митрофана была истинным благословением Божиим. Под мудрым управлением святителя все стороны не только церковной, но и государственной жизни края испытали благодетельную перемену. Монахи, белое духовенство и миряне — все одинаково были дороги святителю, о всех он одинаково заботился, ибо сознавал, что все без различия вручены Господом его архипастырскому водительству.
Монастыри Воронежской епархии нашли себе надежного руководителя в лице святого Митрофана. Он вступил на Воронежскую кафедру после девятнадцатилетнего пребывания в различных монастырях. 14 лет из этих 19–ти он был игуменом в двух обителях. Особенно большой опыт как в управлении братиею, так и хозяйственными делами монастырей святой Митрофан приобрел за время своего игуменства в Унженской обители, сравнительно многолюдной и богатой вотчинами.
Мероприятия святого Митрофана, касавшиеся обителей Воронежской епархии, направлены были прежде всего к искоренению упрочившихся в них нестроений, которые происходили от своеволия иноков и мирян, делавших вклады, и отражали общую беспорядочность украинской жизни. Святитель приписывал к архиерейскому дому, то есть подчинял монастыри непосредственному своему надзору, когда вмешательство «вкладчиков» — мирян во внутренний строй их в корень подрывало самые основы иноческой жизни. По этой именно причине к Воронежскому архиерейскому дому был приписан Боршевский монастырь во имя Живоначальной Троицы, построенный донскими казаками, постригавшимися здесь в старости и болезни. Обитель была богата: не мало льгот и угодий получила она от войска донского, привыкшего смотреть на нее как на свое достояние. Отсюда происходило вмешательство казаков в монастырские дела и беспорядки в обители. Своеволие иноков Боршевского монастыря, поддерживаемых донскими казаками, дошло до того, что святой Митрофан в челобитной великим государям принужден был писать: (Боршова) «монастыря и монастырских крестьян во всяких духовных и челобитных делах от донских казаков мне, богомольцу вашему, ведать невозможно». Царской грамотой (9 февраля 1686 года) монастырь этот с крестьянами, вотчинной землей и угодьями велено было приписать к Воронежскому архиерейскому дому, чем прекращалось самостоятельное существование обители. Предписано было выслать на Дон казаков из монастыря, чтобы они перестали хозяйничать в нем; казаков же, приезжавших на богомолье, разрешалось держать в обители не более трех дней. Приписаны были к архиерейскому дому при святом Митрофане и некоторые другие монастыри, а один закрыт.
Но при этом святой Митрофан много заботился о поддержке тех монастырей, которые считал необходимыми для удовлетворения духовных нужд своей паствы. С этой целью святитель основывает даже новые монастыри. По его распоряжению (в 1682 г.) Рождественский скит на Каменной горе, принадлежавший Елецкому мужскому монастырю во имя Живоначальной Троицы, был обращен в женский общежительный монастырь для поселения «черных стариц», скитавшихся в миру по городу Ельцу «с великою нуждою». Новых монастырей, возникших в Воронежской епархии во дни святителя Митрофана, два: Коротоякский в честь Вознесения Господня и Битюцкий во имя Живоначальной Троицы.
В обителях Воронежской епархии было тогда не мало нестроений и беспорядков. Монастырское хозяйство было неупорядочено и сильно расшатано непомерными государственными повинностями, а главное — жизнь монашествующих была далека от высоты иноческих обетов. На все это святитель и обратил свое внимание.