Он требовал, чтобы в обителях велась строгая отчетность о приходе и расходе монастырских денег; такую правильную отчетность он ввел в Дивногорском монастыре. В Покровском девичьем монастыре святитель учредил особую должность казначеи, назначаемой по общему выбору сестер. В Успенском монастыре он установил правильное распределение денежных доходов между братией. Затем святитель ходатайствовал перед царем об уменьшении государственных повинностей для некоторых обителей, и ходатайства его имели успех: на время святого Митрофана падает большая часть жалованных грамот царя Петра Алексеевича монастырям Воронежской епархии. Чтобы оценить по достоинству значение этих ходатайств святителя, должно помнить, что царь, ввиду страшного напряжения всех производительных сил страны на государственные нужды, был мало склонен на пожалования такого рода.
Заботясь о процветании благочестия и добрых нравов среди насельников обителей Воронежского края, святой Митрофан прежде всего стремился обуздать своеволие монашествующих, до сего времени почти не знавших епископского надзора. С этой стороны поучительно дело Толшевского монастыря. В Толшевской Преображенской обители возникло возмущение против святителя после того, как он запретил торговать близ монастыря вином, потому что эта торговля сопровождалась бесчинием в самом монастыре. Недовольная распоряжением святителя часть братии, действуя под влиянием усманского кабацкого откупщика Фомы Годовикова и его отца, недавно постригшегося в Толшевском монастыре, старца Пимена, постановила «отписаться в Рязанскую епархию, а к Воронежской епархии не быть». Отдаленность Толшевского монастыря от Рязани, затруднявшая наблюдение над ним со стороны Рязанских владык, была очень удобна для монахов, желавших жить не по–монашески. Это открытое противление святительской власти сопровождалось таким бесчинием, что Толшевский монастырь в конце концов пришел в полное запустение: братия принуждена была уйти из него. Святой Митрофан, ввиду притязаний на Толшевскую обитель Рязанского митрополита Павла, не решился собственною властью положить конец смуте и обратился к патриарху Иоакиму. В ответ на это грамотою патриарха (22 ноября 1684 года) Толшевский монастырь был причислен к Воронежской епархии.
При важных проступках монашествующих святитель не оказывал им снисхождения, наказывал по всей справедливости: или отдавал их на строгий суд светской власти, или подвергал наказаниям, порожденным тем суровым временем. Но при этом святой Митрофан считал необходимым и воздействие на совесть и на чувство провинившегося. В одном указе того времени игумену Покровского девичьего монастыря читаем: «тех колодниц, которыя посланы в монастырь под начал (то есть на смирение) и которыя сидят в цепях, также которыя колодницы и впредь в тот монастырь посланы будут в смирение, велеть их к церкви Божией ко всякой Божественной службе приводить непрестанно».
Стремясь к искоренению нестроений и беспорядков в обителях епархии, святой Митрофан заботился и о том, чтобы направить жизнь иноков на путь, указанный монашескими обетами. Он действовал на иноков поучениями, в которых предлагал им уроки истинного подвижничества: указывал на то, чтобы церковные службы исполнялись в соответствии с требованиями устава, чтобы пение за богослужением было единогласное и немятежное, чтобы иноки без лености ежедневно посещали храм Божий, выполняли келейное правило, соблюдали посты и каждый пост говели, жили в мире между собою и не оставляли без необходимости своего монастыря. При поступлении в новый монастырь, дозволяемом лишь по нужде, монах должен был представить настоятелю «писание того монастыря начальнаго, из котораго он пришел». От настоятелей монастырей святитель требовал, чтобы они учили братию «Господним заповедям, преданию святых апостолов и отец» и подтверждали свое учение примером собственной жизни доброй и богоугодной.
Таковы были наставления иночествующим святого Митрофана, который и своею жизнью давал им пример истинного подвижничества. Влияние этих наставлений на иноков усиливалось чуткой отзывчивостью святителя к их нуждам. Записи приходо–расходных книг Воронежского архиерейского дома при святом Митрофане содержат указание на то, что при своих объездах по епархии он брал деньги для раздачи монахам и монахиням; по просьбе нуждающихся иноков давал средства то на покупку книги, то «на погорелое место», то «на пропитание», то вообще «на монастырское строение».