Таковы были мысли и чувства святителя в ожидании смерти. По справедливому замечанию митрополита Филарета, духовное завещание святого Митрофана есть «излияние благочестивого, смиренного, ревностью о спасении паствы исполненного духа».
Чрезвычайно поучительны и последние дни жизни святого Митрофана. Чувствуя, что болезнь, постигшая его в августе 1703 г., смертельна, святитель начал готовиться к кончине. Несмотря на присутствие в Воронеже врачей, иностранцев и русских, он не обращался к их помощи, но искал облечения своим страданиям у небесного Врача: в течение болезни угодник Божий неоднократно прибегал к таинству елеосвящения и, конечно, приобщения Святых Христовых Таин. Нищелюбивый и милосердный святитель перед кончиной усилил свои заботы о нуждающихся: он посылает для раздачи щедрую милостыню в тюрьмы, по приказам, где также содержались арестанты, в богадельни; помогает ссыльным и иноземцам, прощает оброки. 10 августа болезнь усилилась, и в этот день святитель, по совершении над ним таинства елеосвящения, облекся в великий ангельский образ — принял пострижение в схиму, что было его давнишним заветным желанием. Пострижение в схиму совершал «черный священник» и, вероятно, не в храме, как происходило это обычно, а, ввиду тяжелой болезни святителя, у него на дому. При пострижении в схиму святой Митрофан принял имя Макария, в честь преподобного Макария Унженского, в обители которого святитель был игуменом перед возведением на Воронежскую кафедру.
Еще в духовном завещании святитель сделал подробные распоряжения о своем погребении и поминовении. Так, он просил положить его во гроб в схимонашеском одеянии, «архиерейскими же одеждами отнюдь не облачать». По дальности расстояния и по неудобству святой Митрофан не находил возможным «погребену быти» в Золотниковской пустыни, каково было его давнишнее обещание, и со смирением просит предать тело его земле «в приделе соборной церкви (во имя архистратига Михаила), под церковью в исподней палате, а не в великой соборной церкви». Не имея собственных келейных денег, он просит оставить половину денег, собираемых за год по окладным книгам, священникам, диаконам и причетникам всех церквей, епархий «на сорокоустие и на поминок души». Он сделал распоряжение относительно отправления сорокоуста с беспрерывным чтением Псалтири, и годичного поминовения по субботам в приделе соборной церкви. Не имея «ни злата, ни сребра», святитель, как о милости, молит, чтобы вознаграждение за поминовение выдавалось из домовой архиерейской казны. Для этого 10 августа святой Митрофан составил «духовную роспись», то есть роспись денег лицам, назначенным участвовать в богослужении при его погребении и поминовении.
Тогда же начали готовить для святителя гроб, который к 13 августа был уже окончен. В этот же день, 13–го, домовый архиерейский певчий был отправлен в Москву для покупки каменной гробницы, которую предполагалось поставить над церковным помостом, поверх могилы. К духовным властям в Москву посланы были известия о принятии святителем схимы и об отсутствии у него своих средств на погребение и поминовение. В ответ на это из монастырского приказа последовали две грамоты великого государя от 24 и 26 августа: в первой говорилось о том, чтобы «преосвященному епископу в схимонашеском чину из дому не исходить», то есть святитель мог носить одежду схимонаха только дома, а вне его должен был появляться в одеянии, присвоенном сану епископа; второй грамотой предписывалось: «на поминовение души преосвященного епископа раздать из казны архиерейской в сорокоустие и в милостыню денег семьсот рублев».
Так, истинно по–христиански приготовившись к кончине, святитель мирно почил 23 ноября того же 1703 года. Свидетели кончины святого Митрофана не оставили нам ее описания. Наиболее полная запись современника о преставлении святителя не так подробна, как бы того хотело благочестивое чувство. В ней говорится лишь следующее: «В лето от Рождества Христова 1703, ноября 23 в шестом часу дня во второй четверти, во вторник, между патриаршества, изволением всемогущего Бога он, преосвященный Митрофан, епископ Воронежский, а в схимонасех Макарий, отыде в вечное блаженство… А на престоле своем в Воронеже, в архиерействе был двадесять лет и осмь месяцев, всех же лет жития его осмдесятъ лет и полмесяца».
По кончине святого Митрофана временное управление делами в осиротившей епархии перешло в руки казенного и судного приказов, находившихся, как видно из духовного завещания святителя, в ведении близких ему лиц: казначея архиерейского дома иеромонаха Тихона, бывшего и духовником святителя, и соборного диакона Филимона. Они, конечно, распоряжались и погребением.