«Помяни, Господи, души усопших православных христиан, преставльшихся в граде сем и во всяком месте от глада и всякою нужною смертию скончавшихся с покаянием и без покаяния и без причастия изо многих городов, и которыя в полку боярина Алексия Семеновича Шеина на пути преставльшихся и под городом Азовом побиенных, и в плен заведенных… и всякою нужною смертию скончавшихся, и в полку боярина Бориса Петровича Шереметева побиенных и в плен заведенных, скончавшихся православных христиан. Ты, Господи, имена их веси».
Со смирением истинного христианина и с надеждой на милосердие Божие возлег он на смертный одр. Духовное завещание, хотя и составленное святителем несколько ранее, между 1696 и 1699 гг., живо изображает то истинно–христианское и высоко–пастырское настроение, с которым готовился святой Митрофан к концу, неизбежному для каждого смертного. Оборачиваясь на продолжительный путь своей многотрудной жизни и свидетельствуя о бессмертии человеческой души, святитель прежде всего благодарил Бога Творца и Промыслителя, благостью Которого и он родился «в мир сей»; «Непобедимому благоутробию Премудрого Бога» святитель вручает свою душу и по разрешении ее «от союза плоти».
После этих вступительных слов завещания святой Митрофан обращается к своей возлюбленной пастве и прежде всего к ближайшим сотрудникам своим в вертограде Христовом — к «священному чину». Он умоляет их охранять себя от «всяких дел нечистых» и жить «по заповедям Господним», чтобы «непорочным встать» на Страшном судилище Христовом, когда от пастырей потребуется ответ не только за себя, но и за пасомых. С особенною силою останавливается святитель на последней мысли: учением Священного Писания, отцов Церкви и собственными увещаниями он убеждает пастырей свято исполнять свой долг. Это сознание великой ответственности, с которою связано пастырское служение, видимо, нарушало его покой на пороге вечности. Он испытывал тревогу при мысли об ответе за врученный его водительству «народ христианский» и поэтому со слезами просил прощения «у всей Божией Церкви» и у своего преемника на Воронежском престоле. Усердно просил святитель у «освященного собора и у всего православного народа» молитв, чтобы Господь сподобил его Царствия Небесного. Со своей стороны святитель дарует благословение и прощение всей своей пастве, клиру и мирянам, разрешая запрещенных священнослужителей, а также мирян, наказанных епитимией. Оказывая милость согрешившим, святитель снова выражает надежду на милосердие Господа и к себе.
Расставаясь с паствою, святой Митрофан обращается и к ней с последним наставлением; привыкший руководить пасомыми при жизни, он не хотел оставлять их без назидания и по смерти. Здесь святитель дает увещания о вседушном хранении веры в ее целости и чистоте, о соблюдении правосудия. Наставление судьям проникнуто обычною для святителя любовью к сирым и угнетенным: «о правосудии в делах гражданских всячески (судьи) да попекутся и суд праведен да судят, ибо милость и любовь в том явят многу, зане зело неправда в суждениях и коварстве в людех умножися, обидами же всяких чинов люди, и вдовицы, и сироты и немощни, во убожестве же люди зело во оскорблении мнози плачут, ибо суд Божий в людех всяко от неправды умножися». Затем, предостерегши паству от вредного влияния иноземцев, святитель заключает наставления, предлагая, как общее жизненное руководство, сохранение умеренности, трудолюбия, воздержания и любви к добру: «епархии нашея всякаго чина люди имели (бы) по чину своему жити, во всяком опасстве и мерности (то есть в осторожности и умеренности), кому что должно и что кому прилично, в во всяких неполезных делах не истощеватися и не приходити тем в последнюю скудость и убожество; излишнее бо все дело непотребно, по апостолу же, весьма несть полезно кому; глумления же и играния и многое питие каждому вредно и грешно есть». Затем приводятся наставления мудрых мужей всякому человеку, полезные для спасения, благополучия жизни и здоровья тела:
За этими наставлениями в духовном завещании святого Митрофана следуют самые подробные распоряжения его относительно погребения. Оканчивается завещание следующими трогательными словами: «Все оставшиеся люди епархии нашея, всякаго чину и возраста! От (вас) святыя молитвы смиренно прошу и от всех вас прощения прошу, а вам благословение мое архиерейское оставляю; мене же грешнаго самого Божию вручаю милосердию и непостыдному предстательству Госпоже моей Пресвятей Деве Богородице Марии и Ангелу своему Хранителю и всех святых, благоугодивших Богу, молитвам, вопия и глагола Богу, Отцу нашему небесному: Отче, в руце Твои предаю дух мой, аминь».