Среди постоянных подвигов епископского служения престарелый святитель приблизился ко гробу. Прихварывал он давно, а за год до кончины стало изменять ему и зрение, так что потребовались очки. 1703 год, когда святитель Митрофан достиг 80–летнего возраста, был последним годом его богоугодной жизни. 2 августа постигла святителя Воронежского тяжелая болезнь, от которой он уже не оправился. Но если поучительна многолетняя жизнь его, то не менее поучительна и поистине блаженная его кончина: это была кончина праведника — достойное завершение всей святой жизни.
Без печали оставлял святитель этот мир: не скорбел он о разлуке с земными радостями и утехами, которых было мало в его подвижнической жизни. В сане епископа он получал значительные доходы и мог бы устроить жизнь свою с большими удобствами. Но святитель Митрофан не считал своими получаемые деньги, помня ту истину, что «церковное богатство — нищих богатство». В своей келейной жизни он был прост чрезвычайно, почти до убожества. Его «домовой обиход» отличался удивительною скромностью: из записи расходов на воронежский архиерейский дом видим, что для личных нужд святителя приобретались такие незатейливые покупки, как оловянные стаканы и железные щипцы для сальных свеч. В келлии Воронежского владыки не было никаких украшений, исключая упомянутой картины, подаренной царем. Пища святителя ничем не отличалась от пищи служителей архиерейского дома: она готовилась из припасов, доставляемых из вотчин епархии. Покупались к столу святителя: рыба для ухи, икра, стоившая тогда дешево, затем грибы и овощи; редко упоминаются малина и клюква. Вина святитель не пил, оно покупалось на праздники для гостей, особенно при приеме царя и его свиты, когда и стол Воронежского святителя был более изыскан. И одевался святитель очень просто. Полукафтанья и рубашки его шились из синей крашенины, из которой были сделаны и наволочки подушек. Одеяло было сшито из обыкновенных «овчин серых овец» и опушено пестрою крашениной. Даже самая архиерейская мантия святителя, для многих по его молитвам явившаяся источником исцелений, сшита из грубой крашенины. Обращая на свои потребности лишь самую малую часть дохода, получаемого с земель и угодий архиерейского дома, святой Митрофан все остальное, как уже говорилось, обращал на нужды своей епархии и главным образом — на благотворения. Доходы Воронежского святителя после увеличения епархии были немалые. Об этом можно судить хотя бы по тому, что по смерти святого Митрофана осталось денежной казны в архиерейском доме около 25 тысяч рублей на наши деньги. И тем не менее, помогая бедным и несчастным своей паствы, святитель сам умер бедняком, который не мог ничего оставить на поминовение души. «А келейных моих денег, — читаем в предсмертном завещании святого Митрофана, — у меня нет… не имам в келлии своей ни злата, ни сребра, что дати на воспоминание души моей грешной».
Путем евангельского милосердая собирал святитель себе сокровища на небеси; здесь, по слову Христову, полагал он свое сердце; сюда же возносил и ум свой. Любимой и постоянной мыслью святителя была мысль о смерти, как свидетельствует синодик Благовещенского собора, статьи которого собраны по указанию святого Митрофана. «Память смертная», как верный страж, охраняла сердце святителя от привязанности к временному и тленному, вселяя в него жажду вечного. Этой же постоянной мыслью о смерти объясняется и трогательная черта в жизни святителя, его заботливость о поминовении всех умерших безвестной, безгодной и горькой смертью, скончавшихся на войне и в бедности, без покаяния и не имевших возможности пожертвовать на свое поминовение. Синодик заканчивается следующими молитвами, которые показывают, как близки были сердцу святителя все скончавшиеся без надлежащего христианского напутствия: «Помяни, Господи, души… преставившихся скоропостижною смертию без покаяния и без причастия, без отцев духовных и утопших от Адама и до сего дни, а имена их Ты, Господи, веси, и сотвори им, Господи, вечную память и подаждь им, Господи, Царство Небесное».
«Помяни, Господи, души и тех в новопостроенной Воронежской епархии при первопрестольнике преосвященном Митрофане скоропостижною смертию преставившихся и утопших без покаяния и без причастия, без отцев духовных, которыя имена их написаны в архиерейском казенном приказе в челобитнях родственников их, такожде которые написаны ж в той епархии в городах скоропостижною смертию преставльшихся и утопших без покаяния и без причастия, без отцев духовных и сотвори им, Господи, вечную память».